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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y85 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of COT kinase domain in complex with 5-(5-(1H-indol-3-yl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)-1,3,4-oxadiazol-2-amine | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 8 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / COT / Tpl-2 / MAP3K8 / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / T cell costimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding ...MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / T cell costimulation / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Gutmann, S. / Hinniger, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: The Crystal Structure of Cancer Osaka Thyroid Kinase Reveals an Unexpected Kinase Domain Fold. 著者: Gutmann, S. / Hinniger, A. / Fendrich, G. / Druckes, P. / Antz, S. / Mattes, H. / Mobitz, H. / Ofner, S. / Schmiedeberg, N. / Stojanovic, A. / Rieffel, S. / Strauss, A. / Troxler, T. / Glatthar, R. / Sparrer, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4y85.cif.gz | 364 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4y85.ent.gz | 296.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4y85.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/4y85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/4y85 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37635.199 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP resdiues 36-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K8, COT, ESTF / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P41279, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.2, 24% PEGMME 550, 0.05 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→73.77 Å / Num. obs: 45307 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.72 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 10.55 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.4 Å / 冗長度: 3.19 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9113 / SU R Cruickshank DPI: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.28 / SU Rfree Blow DPI: 0.192 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
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原子変位パラメータ | Biso max: 135.47 Å2 / Biso mean: 34.49 Å2 / Biso min: 5.94 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.268 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.33→46.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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