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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xnx | |||||||||
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タイトル | X-ray structure of Drosophila dopamine transporter in complex with reboxetine | |||||||||
要素 |
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キーワード | transport protein/inhibitor / integral membrane protein / all-alpha helical antidepressant complex / transport protein-inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / response to odorant / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / norepinephrine transport / dopamine transport / symporter activity ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / response to odorant / dopamine:sodium symporter activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / norepinephrine transport / dopamine transport / symporter activity / sleep / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Aravind, P. / Wang, K. / Gouaux, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015 タイトル: X-ray structures of Drosophila dopamine transporter in complex with nisoxetine and reboxetine. 著者: Penmatsa, A. / Wang, K.H. / Gouaux, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xnx.cif.gz | 207.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xnx.ent.gz | 158.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xnx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#2: 抗体 | 分子量: 23306.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#3: 抗体 | 分子量: 25921.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60148.539 Da / 分子数: 1 / 変異: V74, L415A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: DAT, Dmel_CG8380 / 細胞株 (発現宿主): GnTI-HEK293s / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B4KEX2, UniProt: Q7K4Y6*PLUS |
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#4: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltose |
-非ポリマー , 5種, 12分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 化合物 | ChemComp-41X / ( | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.02 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 350 MME 38%, Glycine 0.1M / PH範囲: 9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.997→48.417 Å / Num. obs: 46863 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 116.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4M48 解像度: 3→48.42 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: Residue H CYS 134 and Residue H THR 138 are not properly linked: distance between C and N is 9.24.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 110.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→48.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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