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万見
- PDB-4tw9: Difluoro-dioxolo-benzoimidazol-benzamides as potent inhibitors of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tw9
タイトルDifluoro-dioxolo-benzoimidazol-benzamides as potent inhibitors of CK1delta and epsilon with nanomolar inhibitory activity on cancer cell proliferation
要素Casein kinase I isoform delta
キーワードTRANSFERASE / CK1delta / CK1epsilon / phosphorylation / small molecule inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / midbrain dopaminergic neuron differentiation / COPII vesicle coating / microtubule nucleation / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport ...positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / midbrain dopaminergic neuron differentiation / COPII vesicle coating / microtubule nucleation / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / tau-protein kinase activity / Golgi organization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spindle assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / AURKA Activation by TPX2 / cellular response to nerve growth factor stimulus / ciliary basal body / circadian regulation of gene expression / spindle microtubule / regulation of circadian rhythm / Wnt signaling pathway / spindle / endocytosis / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Circadian Clock / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-386 / octyl beta-L-talopyranoside / Casein kinase I isoform delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Richter, J. / Bischof, J. / Zaja, M. / Kohlhof, H. / Othersen, O. / Vitt, D. / Alscher, V. / Pospiech, I. / Garcia-Reyes, B. / Berg, S. ...Richter, J. / Bischof, J. / Zaja, M. / Kohlhof, H. / Othersen, O. / Vitt, D. / Alscher, V. / Pospiech, I. / Garcia-Reyes, B. / Berg, S. / Leban, J. / Knippschild, U.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Difluoro-dioxolo-benzoimidazol-benzamides As Potent Inhibitors of CK1 delta and epsilon with Nanomolar Inhibitory Activity on Cancer Cell Proliferation.
著者: Richter, J. / Bischof, J. / Zaja, M. / Kohlhof, H. / Othersen, O. / Vitt, D. / Alscher, V. / Pospiech, I. / Garcia-Reyes, B. / Berg, S. / Leban, J. / Knippschild, U.
履歴
登録2014年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_validate_chiral / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase I isoform delta
B: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,19220
ポリマ－68,6212
非ポリマー2,57118
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area26920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.049, 135.707, 57.183
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A5 - 85
2116B5 - 85
1126A86 - 300
2126B86 - 300
1134A1006
2134B1006

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Casein kinase I isoform delta / CKId / Tau-protein kinase CSNK1D / Casein Kinase 1 delta


分子量: 34310.613 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-295 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#3: 糖 ChemComp-HSJ / octyl beta-L-talopyranoside / octyl beta-L-taloside / octyl L-taloside / octyl taloside


タイプ: L-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6

-
非ポリマー , 5種, 251分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-386 / N-(2,2-difluoro-5H-[1,3]dioxolo[4,5-f]benzimidazol-6-yl)-2-{[2-(trifluoromethoxy)benzoyl]amino}-1,3-thiazole-4-carboxamide / N-(2,2-ジフルオロ-5H-1,3-ジオキソロ[4,5-f]ベンゾイミダゾ-ル-6-イル)-2-[[2-(トリフル(以下略)


分子量: 527.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H10F5N5O5S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium chloride, 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.86 Å / Num. obs: 26368 / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 1.7 % / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 24.642 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.568 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2979 1282 4.9 %RANDOM
Rwork0.2055 25036 --
obs0.2099 26318 86.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.79 Å2 / Biso mean: 42.796 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å20.32 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4734 0 158 235 5127
Biso mean--74.1 21.66 -
残基数----579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.9956767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88838519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7385581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71922.983238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.91915893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1891538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9841.52873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2451.51190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68124613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92232149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.34.52152
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11032LOOSE POSITIONAL0.615
11032LOOSE THERMAL1.8110
22950LOOSE POSITIONAL0.485
22950LOOSE THERMAL1.9810
341MEDIUM POSITIONAL0.350.5
341MEDIUM THERMAL0.432
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 111 -
Rwork0.264 1942 -
all-2053 -
obs--91.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.11452.3016-0.39833.5353-0.5290.5198-0.03590.29810.0827-0.10020.09410.2726-0.076-0.2876-0.05820.09480.0231-0.0120.17450.00210.2332-3.5574-6.81764.5122
24.68211.03511.13054.3955-0.33371.9788-0.10060.19540.2156-0.1701-0.0061-0.4083-0.05840.41490.10670.0189-0.02450.04420.1085-0.05960.24929.7756-32.15314.6937
32.7031-1.1767-0.16363.24890.59891.7461-0.0154-0.1536-0.07130.14390.0183-0.04890.0215-0.0955-0.00290.0343-0.0008-0.00270.00240.00610.125317.65052.932414.7098
43.0816-0.40450.75092.4682-0.84851.83810.0683-0.27340.1250.0868-0.0296-0.06810.0762-0.0758-0.03870.0147-0.0280.01210.0356-0.04450.11377.1968-43.328310.813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3A86 - 295
4X-RAY DIFFRACTION4B86 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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