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- PDB-4r1t: Crystal structure of Petunia hydrida cinnamoyl-CoA reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r1t
タイトルCrystal structure of Petunia hydrida cinnamoyl-CoA reductase
要素cinnamoyl CoA reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cinnamoyl-CoA reductase / short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


cinnamoyl-CoA reductase activity / cinnamoyl-CoA reductase / green leaf volatile biosynthetic process / phenylpropanoid biosynthetic process / lignin biosynthetic process / circadian rhythm / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
molecular iodine / Cinnamoyl-CoA reductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Petunia x hybrida (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Noel, J.P. / Louie, G.V. / Bowman, M.E. / Bomati, E.K.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2014
タイトル: Structural Studies of Cinnamoyl-CoA Reductase and Cinnamyl-Alcohol Dehydrogenase, Key Enzymes of Monolignol Biosynthesis.
著者: Pan, H. / Zhou, R. / Louie, G.V. / Muhlemann, J.K. / Bomati, E.K. / Bowman, M.E. / Dudareva, N. / Dixon, R.A. / Noel, J.P. / Wang, X.
履歴
登録2014年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cinnamoyl CoA reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5232
ポリマ－37,2701
非ポリマー2541
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.844, 127.844, 80.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-546-

HOH

21A-717-

HOH

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要素

#1: タンパク質 cinnamoyl CoA reductase


分子量: 37269.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Petunia x hybrida (ナス科) / 遺伝子: PhCCR1 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A059TC02*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-I2I / molecular iodine


分子量: 253.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 21% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.3 M calcium acetate, 100 mM sodium succinate, 0.2 M sodium iodide, and 2 mM DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→41.847 Å / Num. all: 42777 / Num. obs: 42777 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 29.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.799.60.471.65900961320.47100
1.79-1.99.70.2632.95658758250.263100
1.9-2.0313.30.1754.17310054860.175100
2.03-2.1920.10.1315.510260751030.131100
2.19-2.425.40.0997.112064747440.099100
2.4-2.69260.0729.411195442990.072100
2.69-3.125.60.0649.79827038320.064100
3.1-3.824.60.0629.48045832670.062100
3.8-5.3823.50.0512.26083025880.05100
5.38-41.84723.30.03816.23496815010.03898.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation41.85 Å2.5 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→41.847 Å / FOM work R set: 0.8765 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 2145 5.02 %random
Rwork0.1764 ---
obs0.1773 42736 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.41 Å2 / Biso mean: 34.39 Å2 / Biso min: 11.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2441 0 2 250 2693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1753406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.164918
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.73950.24881340.204826552789100
1.7395-1.78310.24061410.208626542795100
1.7831-1.83130.22811410.193826512792100
1.8313-1.88510.23481410.192226862827100
1.8851-1.9460.21051300.18226812811100
1.946-2.01550.20541320.173526842816100
2.0155-2.09620.16791490.163526692818100
2.0962-2.19160.18251730.158926372810100
2.1916-2.30720.19211400.162827022842100
2.3072-2.45170.22871420.166826932835100
2.4517-2.6410.19471400.176227082848100
2.641-2.90670.20051320.176727492881100
2.9067-3.32720.21231430.184927292872100
3.3272-4.19130.17091680.161527742942100
4.1913-41.85940.19041390.18862919305899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0910.3434-0.18312.32810.35663.6368-0.01440.4085-0.3578-0.23410.0666-0.17610.170.20750.00350.14450.03070.01560.2185-0.06780.216916.265230.7694-9.6123
23.63420.0872-0.03942.58890.03352.8606-0.06230.26840.2914-0.12410.10240.4064-0.4078-0.525-0.03260.17350.0531-0.00640.27220.04560.2085-1.588742.4699-2.4304
32.48841.4817-0.20382.2074-0.3381.86360.1499-0.19220.15870.3139-0.1325-0.0482-0.48120.1425-0.00830.2717-0.0331-0.02590.1416-0.01450.146616.74449.25485.6677
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 88 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 175 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 176 through 321 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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