+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hcw | ||||||
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Title | Structure of a eukaryotic thiaminase-I | ||||||
Components | thiaminase-I | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / THIAMINE PYRIDINYLASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Naegleria gruberi (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS, pseudo-MAD phasing, molecular replacement / Resolution: 2.705 Å | ||||||
Authors | Kreinbring, C.A. / Hubbard, P.A. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: Structure of a eukaryotic thiaminase I. Authors: Kreinbring, C.A. / Remillard, S.P. / Hubbard, P. / Brodkin, H.R. / Leeper, F.J. / Hawksley, D. / Lai, E.Y. / Fulton, C. / Petsko, G.A. / Ringe, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hcw.cif.gz | 365.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hcw.ent.gz | 308.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hcw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4hcw_validation.pdf.gz | 466.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4hcw_full_validation.pdf.gz | 483.5 KB | Display | |
Data in XML | 4hcw_validation.xml.gz | 66.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4hcw_validation.cif.gz | 88.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcw | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39285.109 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Naegleria gruberi (eukaryote) / Gene: NAEGRDRAFT_78612 / Plasmid: pET19b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BLR(DE3)(recA-) / References: UniProt: D2V4Z5, thiamine pyridinylase |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.53 Å3/Da / Density % sol: 65.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 1.7 M ammonium sulfate, 15% (v/v) glycerol, 1.7% (v/v) PEG 400, 85 mM HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 0.97934 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→43.3 Å / Num. obs: 89559 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 14.5 % / Net I/σ(I): 36.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.76 Å / Redundancy: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS, pseudo-MAD phasing, molecular replacement Resolution: 2.705→43.3 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.198 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.705→43.3 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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