PDB-4hcw: Structure of a eukaryotic thiaminase-I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hcw

タイトル

Structure of a eukaryotic thiaminase-I

要素

thiaminase-I

キーワード

TRANSFERASE / THIAMINE PYRIDINYLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散, pseudo-MAD phasing,

分子置換 / 解像度: 2.705 Å

データ登録者

Kreinbring, C.A. / Hubbard, P.A. / Petsko, G.A. / Ringe, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of a eukaryotic thiaminase I.
著者: Kreinbring, C.A. / Remillard, S.P. / Hubbard, P. / Brodkin, H.R. / Leeper, F.J. / Hawksley, D. / Lai, E.Y. / Fulton, C. / Petsko, G.A. / Ringe, D.

履歴

登録	2012年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hcw.cif.gz	365.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hcw.ent.gz	308.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hcw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hcyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hcy-4 4hcy-6 4hcy-2 4hcy-5 4hcy-1 4hcy-3 4p7o-2 4zjv-2 3b50-d 2yhw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: thiaminase-I

B: thiaminase-I

C: thiaminase-I

D: thiaminase-I

E: thiaminase-I

F: thiaminase-I

236 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: thiaminase-I

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: thiaminase-I

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: thiaminase-I

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: thiaminase-I

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: thiaminase-I

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: thiaminase-I

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.56, 203.05, 309.18
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	thiaminase-I 分子量: 39285.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria gruberi (グルーバーネグレリア) 遺伝子: NAEGRDRAFT_78612 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR(DE3)(recA-) / 参照: UniProt: D2V4Z5, thiamine pyridinylase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 15% (v/v) glycerol, 1.7% (v/v) PEG 400, 85 mM HEPES , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→43.3 Å / Num. obs: 89559 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.5 % / Net I/σ(I): 36.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.76 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.843 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	AutoSol	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	AutoSol	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散, pseudo-MAD phasing,

分子置換
解像度: 2.705→43.3 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2653	4484	5.01 %	random
R_work	0.2291	-	-	-
obs	0.2309	89479	99.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.198 Å² / k_sol: 0.309 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.953 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	15.9678 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.0148 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.705→43.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16344	0	0	0	16344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	16668
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.57	22665
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.061	6088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2655
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2916

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7052-2.7359	0.385	140	0.3666	2544	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7359-2.7681	0.382	131	0.3601	2795	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7681-2.8018	0.4417	122	0.3548	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8018-2.8373	0.3646	153	0.3356	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8373-2.8746	0.3974	141	0.3226	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8746-2.914	0.3106	170	0.3087	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.914-2.9556	0.3455	130	0.3219	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9556-2.9997	0.3641	151	0.3146	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9997-3.0466	0.3596	152	0.3174	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0466-3.0965	0.3873	147	0.3073	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0965-3.1499	0.3639	151	0.3033	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1499-3.2072	0.3071	160	0.3015	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2072-3.2688	0.3559	148	0.2948	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2688-3.3355	0.3419	160	0.2801	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3355-3.408	0.3103	159	0.2892	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.408-3.4873	0.3023	145	0.2694	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4873-3.5744	0.3129	157	0.2734	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5744-3.671	0.3187	147	0.2654	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.671-3.779	0.2682	144	0.2439	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.779-3.9009	0.2698	158	0.2155	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9009-4.0402	0.2637	146	0.2147	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0402-4.2019	0.2603	148	0.2071	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2019-4.3929	0.2101	153	0.2002	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3929-4.6243	0.2238	147	0.1771	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6243-4.9136	0.2109	163	0.1787	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9136-5.2924	0.2062	168	0.186	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2924-5.8239	0.2341	165	0.1972	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8239-6.664	0.282	142	0.2165	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
6.664-8.3859	0.1949	138	0.1758	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3859-43.311	0.2102	148	0.1955	3031	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)