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- PDB-4r16: Structure of UDP-D-MAnNAc dehdrogeanse from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r16
タイトルStructure of UDP-D-MAnNAc dehdrogeanse from Pyrococcus horikoshii
要素418aa long hypothetical UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase / UDP-N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / polysaccharide biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能
: / UDP-N-acetyl-D-mannosamine/glucosamine dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain ...: / UDP-N-acetyl-D-mannosamine/glucosamine dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SAJ / UDP-N-acetyl-D-mannosamine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Pampa, K.J. / Lokanath, N.K. / Rai, R.V. / Kunishima, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of UDP-D-MAnNAc dehdrogeanse from Pyrococcus horikoshii
著者: Pampa, K.J. / Lokanath, N.K. / Rai, R.V. / Kunishima, N.
履歴
登録2014年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 418aa long hypothetical UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase
B: 418aa long hypothetical UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4824
ポリマ－93,2392
非ポリマー1,2432
水18,2311012
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area32340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.030, 74.650, 73.560
Angle α, β, γ (deg.)66.20, 70.40, 75.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 418aa long hypothetical UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronic acid dehydrogenase / UDP-D-MAnNAc dehdrogeanse


分子量: 46619.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
遺伝子: PH1618 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59284
#2: 化合物 ChemComp-SAJ / (2S,3S,4R,5S,6R)-5-acetamido-6-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid


分子量: 621.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25N3O18P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1012 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9311, 0.9721, 0.9521
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月9日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.93111
20.97211
30.95211
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 136913 / Num. obs: 135913 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→40 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 6902 4.8 %Random
Rwork0.2243 129009 --
all-136913 --
obs-135911 95.4 %-
溶媒の処理Bsol: 39.2902 Å2
原子変位パラメータBiso max: 55.3 Å2 / Biso mean: 23.2663 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.259 Å2-1.018 Å21.548 Å2
2---0.559 Å21.528 Å2
3---4.818 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6498 0 80 1012 7590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1262
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.842.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3sag.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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