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- PDB-4ogq: Internal Lipid Architecture of the Hetero-Oligomeric Cytochrome b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ogq
タイトルInternal Lipid Architecture of the Hetero-Oligomeric Cytochrome b6f Complex
要素
  • (Cytochrome b6-f complex subunit ...) x 5
  • Apocytochrome f
  • Cytochrome b6
  • Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron transfer / Plastocyanin / cytochrome c6 / Thylakoid membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain ...cytochrome b6f complex / plastoquinol-plastocyanin reductase / plastoquinol--plastocyanin reductase activity / : / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 ...Single helix bin / plastocyanin oxidoreductase / Cytochrome B6-F complex subunit VI (PetL) / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f large domain / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Single helix bin / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Rudiment single hybrid motif / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1O2 / Chem-2WA / Chem-2WD / Chem-2WM / Chem-3WM / Chem-7PH / Octadecane / BETA-CAROTENE / : / CHLOROPHYLL A ...Chem-1O2 / Chem-2WA / Chem-2WD / Chem-2WM / Chem-3WM / Chem-7PH / Octadecane / BETA-CAROTENE / : / CHLOROPHYLL A / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PENTADECANE / N-OCTANE / Chem-OPC / Chem-SQD / Cytochrome b6 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 / Cytochrome b6-f complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Hasan, S.S. / Cramer, W.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Internal Lipid Architecture of the Hetero-Oligomeric Cytochrome b6f Complex.
著者: Hasan, S.S. / Cramer, W.A.
履歴
登録2014年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,32039
ポリマ－111,0228
非ポリマー15,29931
水1,67593
1
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子

A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Apocytochrome f
D: Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1
E: Cytochrome b6-f complex subunit 6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,64078
ポリマ－222,04316
非ポリマー30,59762
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area92420 Å2
ΔGint-929 kcal/mol
Surface area75820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.228, 159.228, 365.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ACD

#1: タンパク質 Cytochrome b6


分子量: 24291.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: P0A384
#3: タンパク質 Apocytochrome f


分子量: 35957.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q93SW9
#4: タンパク質 Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 / Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein 1 / ISP 1 / RISP 1 / Rieske iron- ...Plastohydroquinone:plastocyanin oxidoreductase iron-sulfur protein 1 / ISP 1 / RISP 1 / Rieske iron-sulfur protein 1


分子量: 19216.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q93SX0, EC: 1.10.9.1

-
Cytochrome b6-f complex subunit ... , 5種, 5分子 BEFGH

#2: タンパク質 Cytochrome b6-f complex subunit 4 / 17 kDa polypeptide


分子量: 17548.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q93SX1
#5: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 6 / Cytochrome b6-f complex subunit PetL / Cytochrome b6-f complex subunit VI


分子量: 3227.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: Q8YVQ2
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit PetM / Cytochrome b6-f complex subunit VII


分子量: 3547.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: P0A3Y1
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit PetG / Cytochrome b6-f complex subunit V


分子量: 3997.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: P58246
#8: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit PetN / Cytochrome b6-f complex subunit VIII


分子量: 3234.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / UTEX 2576 / 参照: UniProt: P61048

-
非ポリマー , 18種, 124分子

#9: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#10: 化合物
ChemComp-UMQ / UNDECYL-MALTOSIDE / UNDECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / ウンデシルβ-マルトシド


分子量: 496.589 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#11: 化合物
ChemComp-7PH / (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 564.732 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H57O8P
#12: 化合物
ChemComp-8K6 / Octadecane / N-Octadecane / オクタデカン


分子量: 254.494 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38
#13: 化合物 ChemComp-2WM / (1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol


分子量: 627.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H78O5
#14: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#15: 化合物 ChemComp-OPC / (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE / DIOLEOYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 801.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H87NO8P / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#17: 化合物 ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#18: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#19: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#20: 化合物 ChemComp-2WD / (1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol


分子量: 278.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O5
#21: 化合物 ChemComp-3WM / (1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#22: 化合物 ChemComp-2WA / (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol


分子量: 570.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H70O5
#23: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#24: 化合物 ChemComp-1O2 / (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-oleoyl,2-palmitoyl-3-O(alpha-D-galactopyranosyl)-sn-glycerol / 3-O-(α-D-ガラクトピラノシル)-1-O-オレオイル-2-O-パルミトイル-L-グリセロ-ル


分子量: 757.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H80O10
#25: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#26: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG550MME, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.97856
シンクロトロンAPS 19-ID20.97856
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年11月25日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年11月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1CCDSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2CCDSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.57 Å / Num. all: 505923 / Num. obs: 498334 / % possible obs: 98.5 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.501→39.57 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 4285 5.03 %
Rwork0.2006 --
obs0.2023 93385 98.25 %
all-498334 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→39.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7296 0 1007 93 8396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76611511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4833570
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5008-2.52920.38561510.34862676X-RAY DIFFRACTION90
2.5292-2.55890.351510.34782950X-RAY DIFFRACTION100
2.5589-2.59010.36171320.32122955X-RAY DIFFRACTION100
2.5901-2.62290.32821630.31662930X-RAY DIFFRACTION100
2.6229-2.65740.32331570.30062969X-RAY DIFFRACTION100
2.6574-2.69380.30291400.28732957X-RAY DIFFRACTION100
2.6938-2.73230.2751470.28232976X-RAY DIFFRACTION100
2.7323-2.77310.3031530.27072959X-RAY DIFFRACTION100
2.7731-2.81640.28551360.25992954X-RAY DIFFRACTION100
2.8164-2.86250.28261540.2552954X-RAY DIFFRACTION100
2.8625-2.91190.2841510.24812947X-RAY DIFFRACTION99
2.9119-2.96480.28881630.24212957X-RAY DIFFRACTION99
2.9648-3.02180.27751550.24482957X-RAY DIFFRACTION99
3.0218-3.08350.25271680.22072925X-RAY DIFFRACTION99
3.0835-3.15050.25311390.22622992X-RAY DIFFRACTION99
3.1505-3.22380.26161500.21662960X-RAY DIFFRACTION99
3.2238-3.30430.26841860.21322940X-RAY DIFFRACTION99
3.3043-3.39360.23761720.20812956X-RAY DIFFRACTION99
3.3936-3.49340.22021380.20062967X-RAY DIFFRACTION99
3.4934-3.60610.23281400.18632983X-RAY DIFFRACTION99
3.6061-3.73490.20951520.18952992X-RAY DIFFRACTION99
3.7349-3.88430.20871550.18252992X-RAY DIFFRACTION99
3.8843-4.0610.20421780.18222954X-RAY DIFFRACTION99
4.061-4.27480.19761960.17072922X-RAY DIFFRACTION98
4.2748-4.54230.18721790.16572986X-RAY DIFFRACTION98
4.5423-4.89240.17261510.16023003X-RAY DIFFRACTION98
4.8924-5.38370.23991670.17483023X-RAY DIFFRACTION99
5.3837-6.16020.20991510.19263059X-RAY DIFFRACTION98
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精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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精密化 TLSグループ
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28X-RAY DIFFRACTION28chain 'H' and (resid 1 through 29 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る