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- PDB-4oe7: Crystal structure of YagE, a KDG aldolase protein, in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oe7
タイトルCrystal structure of YagE, a KDG aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
要素Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE
キーワードLYASE / tim barrel / aldolase type I / sugar binding / metal coordination / schiff base
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase / aldonic acid catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(4S)-4-hydroxy-2,5-dioxopentanoic acid / (4R)-4-hydroxy-2,5-dioxopentanoic acid / ethanedial / PYRUVIC ACID / Putative 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase YagE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Manoj Kumar, P. / Baskar, V. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of YagE, a KDG aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
著者: Manoj Kumar, P. / Baskar, V. / Manicka, S. / Krishnaswamy, S.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of YagE, a putative DHDPS-like protein from Escherichia coli K12.
著者: Manicka, S. / Peleg, Y. / Unger, T. / Albeck, S. / Dym, O. / Greenblatt, H.M. / Bourenkov, G. / Lamzin, V. / Krishnaswamy, S. / Sussman, J.L.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Identification of biochemical and putative biological role of a xenolog from Escherichia coli using structural analysis.
著者: Bhaskar, V. / Kumar, M. / Manicka, S. / Tripathi, S. / Venkatraman, A. / Krishnaswamy, S.
履歴
登録2014年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE
B: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE
C: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE
D: Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,10547
ポリマ－148,0534
非ポリマー3,05243
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18080 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area37120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.240, 155.140, 55.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12D
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 12 - 309 / Label seq-ID: 30 - 327

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21CC
12DD
22BB

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE / Probable KDGal aldolase YagE


分子量: 37013.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0268, JW0261, yagE / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P75682, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離

-
非ポリマー , 8種, 248分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GXT / ethanedial / グリオキサ-ル


分子量: 58.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O2
#6: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#7: 化合物 ChemComp-GXP / (4S)-4-hydroxy-2,5-dioxopentanoic acid


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#8: 化合物 ChemComp-GXS / (4R)-4-hydroxy-2,5-dioxopentanoic acid


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6.5
詳細: 100mM HEPES pH 6.5, 200mM Magnesium chloride, 15% PEG 3350, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2012年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→8.89 Å / Num. obs: 83414 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 14.43
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 3.42 % / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V8Z

2v8z


解像度: 1.99→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.971 / SU ML: 0.111 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23308 4171 5 %RANDOM
Rwork0.19804 ---
obs0.1998 79242 98.27 %-
all-83414 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.011 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å2-0 Å20 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9037 0 192 205 9434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0199393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.029179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.97812700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.356321087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.22951188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37824.439374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.478151483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0451544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02110525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4361.7654769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4351.7654770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9462.6355948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9432.6375949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1612.0214624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.192.0234623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1912.936754
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.10514.61610667
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.10614.61510666
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A44950.99
22D45031.13
LS精密化 シェル解像度: 1.988→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 267 -
Rwork0.273 5078 -
obs--87.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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