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- PDB-4mwc: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mwc
タイトルTrypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor 1-(3-{[(2-methyl-1-benzothiophen-3-yl)methyl]amino}propyl)-3-thiophen-3-ylurea (Chem 1540)
要素Methionyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann fold / translation / nucleotide binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / chloroplast stroma / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2EM / METHIONINE / methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.649 Å
データ登録者Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Liu, J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2014
タイトル: Structures of Trypanosoma brucei Methionyl-tRNA Synthetase with Urea-Based Inhibitors Provide Guidance for Drug Design against Sleeping Sickness.
著者: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Liu, J. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionyl-tRNA synthetase
B: Methionyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,47116
ポリマ－122,8692
非ポリマー1,60214
水5,801322
1
A: Methionyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2239
ポリマ－61,4351
非ポリマー7888
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methionyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2497
ポリマ－61,4351
非ポリマー8146
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.742, 105.737, 206.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methionyl-tRNA synthetase


分子量: 61434.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-773 / 変異: K456A, K457R, E458A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 336分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#6: 化合物 ChemComp-2EM / 1-(3-{[(2-methyl-1-benzothiophen-3-yl)methyl]amino}propyl)-3-thiophen-3-ylurea


分子量: 359.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21N3OS2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0-2.3 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0-6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
PH範囲: 6.0-6.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月3日
回折測定詳細: 0.50 degrees, 30.0 sec, detector distance 62.00 mm
放射モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.121 / 数: 218354
反射解像度: 2.649→50 Å / Num. obs: 56308 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.121 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.649→2.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 1.938 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 218354

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.65 Å29.54 Å
Translation2.65 Å29.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMACrefmac_5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EG8

4eg8


解像度: 2.649→29.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / WRfactor Rfree: 0.255 / WRfactor Rwork: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 17.087 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2552 2858 5.1 %RANDOM
Rwork0.2148 ---
obs0.2168 56253 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 136.59 Å2 / Biso mean: 36.8537 Å2 / Biso min: 9.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.53 Å2-0 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.649→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8502 0 97 322 8921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0198817
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.96311973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72319255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6951063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15623.475400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.429151451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2251558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8372.1614258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8372.1614259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4853.2375316
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.649-2.7170.332060.2763864409499.414
2.717-2.7910.3242440.26437553999100
2.791-2.8710.3112040.25836683872100
2.871-2.9590.3081950.23535913786100
2.959-3.0550.2831880.23134953683100
3.055-3.1610.2881720.2393380355499.944
3.161-3.2790.2891500.2213283343599.942
3.279-3.4110.2341700.2183156333199.85
3.411-3.5610.2581430.2243016316699.779
3.561-3.7320.271800.2072871305999.738
3.732-3.930.2291440.1992773292799.658
3.93-4.1640.1961410.1822617277199.531
4.164-4.4460.2171230.1782437258698.995
4.446-4.7930.1841090.1772313243799.384
4.793-5.2370.2241180.2042113226398.586
5.237-5.8330.2921070.2431928206598.547
5.833-6.6930.287850.2481723183898.368
6.693-8.0980.26870.2111466159297.55
8.098-11.0560.181610.1481176127597.02
11.056-300.305310.26677083695.813
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4725-0.4499-0.6961.85960.85951.9060.04380.2274-0.138-0.1118-0.11870.05090.0858-0.22060.07490.16550.02270.01860.0555-0.00380.0415-11.399-6.973-56.725
21.0795-0.4759-0.44921.51640.29691.2712-0.05460.0005-0.0188-0.04540.03590.0330.02940.01180.01870.1428-0.00680.03090.049-0.00830.07652.162-16.43-51.465
31.3549-0.1832-0.36274.66610.61863.3547-0.02870.227-0.6069-0.143-0.04950.2120.6836-0.19190.07820.1616-0.0456-0.00950.0762-0.10650.2808-28.382-8.968-42.307
41.7213-0.4357-0.37051.27210.28291.3521-0.0314-0.0524-0.0030.04010.04530.098-0.2305-0.244-0.01380.11110.04290.03610.06380.00560.0229-26.88813.448-31.32
52.98021.8912-0.53544.6275-0.0113.43580.08060.3645-0.0342-0.2709-0.00450.6880.105-0.5347-0.07610.13310.0451-0.04150.1329-0.02090.1657-30.36512.967-39.41
61.235-0.3557-0.7230.3540.54271.182-0.0737-0.1111-0.07750.0991-0.00680.04340.09680.06720.08050.12510.01270.01520.0905-0.0040.0398-31.17612.10210.825
73.45313.10880.868710.18871.60042.01680.2444-0.1812-0.3932-0.0660.05940.9850.6943-0.6017-0.30380.4147-0.2316-0.20930.34780.16260.4606-60.86819.42410.708
81.0631-0.6425-0.68671.34860.20851.74860.02120.02580.090.0582-0.0236-0.0162-0.0167-0.08890.00240.087-0.00790.01510.078-0.00720.0721-37.79822.454.396
91.7583-0.3221-0.68681.33820.21011.4171-0.076-0.0411-0.16920.04990.00220.12060.24880.03980.07380.14220.02020.02380.0569-0.01670.0484-16.909-4.619-10.364
107.32431.1363-0.01194.7827-0.28372.35180.1297-0.4387-0.61330.47450.0392-0.35450.3670.2431-0.16890.1480.0521-0.06240.0660.01040.0815-7.639-4.818-6.022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A238 - 337
2X-RAY DIFFRACTION2A338 - 546
3X-RAY DIFFRACTION3A547 - 616
4X-RAY DIFFRACTION4A617 - 737
5X-RAY DIFFRACTION5A738 - 768
6X-RAY DIFFRACTION6B-4 - 351
7X-RAY DIFFRACTION7B352 - 405
8X-RAY DIFFRACTION8B406 - 545
9X-RAY DIFFRACTION9B546 - 735
10X-RAY DIFFRACTION10B736 - 767

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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