PDB-4mv5: IspH in complex with 6-chloropyridin-3-ylmethyl diphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mv5

タイトル

IspH in complex with 6-chloropyridin-3-ylmethyl diphosphate

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Iron-sulfur protein / Reductase / 6-chloropyridin-3-ylmethyl diphosphate / Cytosol

機能・相同性

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, catalytic domain / Rossmann fold - #11270 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-2E7 / FE3-S4 CLUSTER / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Span, I. / Wang, K. / Song, Y. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Oldfield, E. / Groll, M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Insights into the Binding of Pyridines to the Iron-Sulfur Enzyme IspH.
著者: Span, I. / Wang, K. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Zhang, Y. / Oldfield, E. / Groll, M.

履歴

登録	2013年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mv5.cif.gz	255.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mv5.ent.gz	207.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4mv5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mv5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4mv5_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	4mv5_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mv5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4muxC 4muyC 4mv0C 3ke8S 3dnf 3f7t S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eb3-1 3kel-3 4mv0-2 4muy-2 3szo-1 3urk-1 3szl-1 3urk-2 4mux-2 3kef-3 3uv6-1 3t0g-2 3zgl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

73.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.130, 80.900, 111.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999826, 0.005697, 0.017787), (0.005789, 0.99997, 0.005137), (-0.017757, 0.005239, -0.999829)	-65.97611, 0.17906, -0.48515

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase 分子量: 36107.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ECDH1ME8569_0026, ispH / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 blue 参照: UniProt: C9QSC3, 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#3: 化合物	ChemComp-2E7 / (6-chloropyridin-3-yl)methyl trihydrogen diphosphate / 二りん酸α-(6-クロロ-3-ピリジニルメチル) 分子量: 303.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈ClNO₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射	モノクロメーター: double-crystal fixed-exit monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 50868 / Num. obs: 50817 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 16.87
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.68 / R_sym value: 0.503 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KE8

3ke8

解像度: 1.9→14.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.713 / SU ML: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	2535	5 %
R_work	0.215	-	-
obs	0.217	50711	99.7 %
all	-	48341	-

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.45 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	48	190	5011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.976	6640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.734	3	10892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.366	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.365	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.71	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.392	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5555
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.049	1.875	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.049	1.874	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.718	2.804	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.824	3	9644
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	39.961	5	121
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	16.189	5	9895

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	184	-
R_work	0.278	3493	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9255	-2.9243	-2.1159	1.758	1.2148	1.544	-0.033	-0.0633	0.0137	0.0491	0.0433	-0.0073	0.0783	0.09	-0.0103	0.0585	0.0074	-0.0037	0.0698	0.0101	0.0603	-5.8382	-9.3151	-7.7008
2	0.6919	0.355	0.1477	0.5769	0.0659	0.0321	0.0529	-0.0168	-0.0598	-0.0275	-0.0349	-0.0041	0.0133	-0.0036	-0.0181	0.0264	-0.0012	-0.0084	0.0745	-0.0037	0.0434	-29.7679	-9.891	-11.005
3	1.0946	-0.0775	0.3658	1.7979	-0.4561	0.2261	0.1005	0.0367	-0.0792	0.0281	-0.0324	0.1924	0.0191	0.0193	-0.0681	0.0667	0.0111	-0.0314	0.0763	-0.0178	0.0492	-40.1166	-13.4232	-21.6918
4	0.7153	-0.0821	0.1972	0.6028	-0.0976	0.064	0.0469	0.0551	-0.0652	-0.0378	-0.0309	0.026	0.0142	0.0188	-0.016	0.0439	0.0098	-0.004	0.0751	-0.0059	0.0418	-27.0265	-10.0567	-21.4775
5	1.5373	-1.2321	0.5821	1.3079	0.0015	0.9275	0.0605	0.1275	0.0114	-0.1149	-0.081	-0.0173	-0.0852	0.0325	0.0205	0.0642	0.0175	-0.0234	0.1143	-0.0247	0.0529	-37.4669	-9.6321	-27.5963
6	0.5187	0.1543	0.6863	1.5477	0.5711	0.9986	0.0676	0.0475	0.0038	-0.081	-0.0841	0.0448	0.0622	0.0306	0.0165	0.0237	0.0163	-0.0116	0.1043	-0.0061	0.0341	-41.2246	-5.1404	-20.6858
7	1.653	0.0215	0.0966	2.9096	1.1205	1.734	0.1075	0.1094	-0.0376	-0.0932	-0.1207	0.3528	-0.0638	-0.0046	0.0133	0.0392	0.0234	-0.0493	0.0882	-0.0245	0.1103	-48.2988	-0.0033	-22.5822
8	0.1683	-0.3654	0.0099	0.9515	0.0422	0.0367	0.0189	-0.0021	0.0006	0.0042	-0.0277	0.0469	0.0159	-0.0359	0.0088	0.0223	0.003	0.0028	0.0804	-0.0002	0.0501	-38.8158	-0.3796	-11.5195
9	0.488	-0.6512	0.6489	1.8625	-0.2445	1.2561	-0.0309	-0.0805	-0.075	0.0312	0.0395	0.2672	-0.0504	-0.1342	-0.0087	0.0049	0.0024	0.0185	0.095	-0.0094	0.1242	-43.9187	14.9343	-8.8838
10	0.0209	0.154	0.0929	2.1332	1.355	1.0971	0.0178	0.0085	-0.0004	-0.0341	0.0767	-0.0787	0.027	0.0223	-0.0945	0.0445	0.0043	0.0026	0.0731	0.0024	0.0446	-30.9811	12.2586	-17.2862
11	0.3929	0.2079	-0.1608	0.7014	0.0036	0.0798	0.0155	0.0172	0.0391	-0.0692	-0.0149	0.0889	-0.0193	-0.012	-0.0006	0.0253	0.0128	-0.0074	0.0709	0.0037	0.0561	-34.6451	21.0899	-16.2795
12	0.0608	-0.065	-0.0737	0.0707	0.0767	0.0928	0.0101	0.004	0.0198	-0.0116	0.0043	-0.0246	-0.0051	-0.015	-0.0144	0.0248	0.0032	0.0049	0.0655	-0.0015	0.0509	-24.6795	14.2469	-10.2737
13	0.4741	0.2164	0.0456	1.4848	-1.2529	1.1751	0.0293	-0.0139	0.0771	0.0016	-0.0551	0.0159	0.0161	0.0463	0.0258	0.0256	0.0086	0.0159	0.0738	-0.0044	0.0436	-29.2222	22.7742	-5.2683
14	0.2528	-0.1896	0.0947	0.3986	-0.2051	0.1117	-0.0249	0.0014	0.0083	0.0048	0.0125	-0.029	-0.0104	-0	0.0124	0.0256	0.0002	-0.0006	0.0694	-0.0043	0.0425	-19.0648	2.693	-6.0629
15	0.4695	-0.0475	-0.0665	0.2688	0.0382	0.0132	0.0079	-0.0002	0.0018	-0.0419	-0.0031	-0.0406	-0.0062	-0.0022	-0.0047	0.0243	0.0025	0.0118	0.0718	0.0039	0.0495	-11.452	0.3274	-15.8489
16	0.3069	-0.0627	-0.5133	0.3683	-0.3017	1.3286	-0.0102	-0.0273	0.033	-0.0727	-0.0208	-0.0916	0.1024	0.0934	0.031	0.0176	0.0067	0.0256	0.0837	-0.0091	0.0889	-2.4548	-8.7813	-20.4894
17	0.9333	-0.2182	-0.1053	0.4551	-0.0511	0.0279	0.0313	-0.0195	0.0055	-0.0304	-0.0273	-0.0333	0.0026	0.0011	-0.004	0.0329	0.0032	-0.0008	0.0693	0.0044	0.0485	-14.79	-11.7068	-13.8151
18	1.325	-0.916	-0.8466	0.9681	1.1957	1.6825	-0.0131	-0.0586	-0.0709	0.0319	0.043	-0.0042	0.0465	0.0819	-0.0299	0.021	-0.0022	0.0053	0.0672	0.0197	0.0543	-7.5731	-11.6879	-8.1783
19	0.1149	-0.1768	0.1339	0.2734	-0.2039	0.162	-0.034	-0.0166	0.0005	0.0501	0.0197	0.0059	-0.0328	-0.0233	0.0143	0.0233	-0.0044	0.0061	0.0856	-0.0043	0.0444	-31.7784	-7.4599	-2.2745
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39	1.3624	-0.4723	0.36	0.5549	0.158	0.3015	-0.0686	0.0668	0.0074	0.047	0.0397	0.0262	-0.007	0.0582	0.0289	0.0279	-0.0016	0.0009	0.0828	0.0026	0.0306	-33.0406	-7.7488	3.2007
40	2.5958	-2.9465	-0.516	16.7924	0.8404	0.1584	-0.0814	0.2057	0.0982	-0.108	0.0082	-0.3979	0.1322	0.0017	0.0732	0.2658	0.0757	0.1407	0.1015	0.0427	0.0956	-22.5557	-15.6008	7.7312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	217 - 235
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	236 - 248
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	249 - 261
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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