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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4izu | ||||||
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タイトル | The E41Q mutant of the amidase from Nesterenkonia sp. AN1 showing the result of Michael addition of acrylamide at the active site cysteine | ||||||
![]() | Amidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / propionamide / acrylamide (prop-2-enamide) / cysteine 145 | ||||||
機能・相同性 | ![]() amidase / indoleacetamide hydrolase activity / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / beta-ureidopropionase activity / amidase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kimani, S.W. / Sewell, B.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Covalent modifications of the active site cysteine occur as a result of mutating the glutamate of the catalytic triad in the amidase from Nesterenkonia sp. 著者: Kimani, S.W. / Hunter, R. / Vlok, M. / Watermeyer, J. / Sewell, B.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30099.768 Da / 分子数: 1 / 変異: Q41E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: AN1 / 遺伝子: Nit2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-1HC / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K 詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 3350, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→38.05 Å / Num. obs: 57302 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 98.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 23.78 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.05 Å
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拘束条件 |
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