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- PDB-4izw: The E41L mutant of the amidase from Nesterenkonia sp. AN1 showing... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4izw
タイトルThe E41L mutant of the amidase from Nesterenkonia sp. AN1 showing covalent addition of the acetamide moiety of fluoroacetamide at the active site cysteine
要素Amidase
キーワードHYDROLASE / active site / fluoroacetamide / acetamide
機能・相同性
機能・相同性情報


amidase / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / amidase activity
類似検索 - 分子機能
(R)-stereoselective amidase RamA-like / : / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / 2-fluoroacetamide / Amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kimani, S.W. / Sewell, B.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Covalent modifications of the active site cysteine occur as a result of mutating the glutamate of the catalytic triad in the amidase from Nesterenkonia sp.
著者: Kimani, S.W. / Hunter, R. / Vlok, M. / Watermeyer, J. / Sewell, B.T.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3755
ポリマ－30,0851
非ポリマー2904
水2,918162
1
A: Amidase
ヘテロ分子

A: Amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,75010
ポリマ－60,1702
非ポリマー5808
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.626, 114.382, 64.767
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-522-

HOH

21A-547-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Amidase


分子量: 30084.795 Da / 分子数: 1 / 変異: E41Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア)
株: AN1 / 遺伝子: Nit2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VWZ1, amidase
#2: 化合物 ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#3: 化合物 ChemComp-FTM / 2-fluoroacetamide / フルオロアセトアミド


分子量: 77.058 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4FNO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium, 2% PEG 400, 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9184 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→42.87 Å / Num. obs: 35169 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.61 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 7.9 / Scaling rejects: 695
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.662.590.3353929735870.9996.9
1.66-1.722.60.2223.3928535730.9596.6
1.72-1.82.60.2413.5930935750.9896.5
1.8-1.92.610.1954927535430.9895.9
1.9-2.022.610.1515.2930435461.0495.2
2.02-2.172.630.1186.5912334680.9494.1
2.17-2.392.620.1067.2924835080.9393.6
2.39-2.742.640.0898.9930635010.9393.1
2.74-3.452.560.05913.3890034350.9290.7
3.45-42.872.670.03824.2955434331.1487.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 31.3 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å42.9 Å
Translation2.5 Å42.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
d*TREK9.7Lデータ削減
PHASER2.1.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→42.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.2186 / WRfactor Rwork: 0.1914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8639 / SU B: 1.582 / SU ML: 0.054 / SU R Cruickshank DPI: 0.0902 / SU Rfree: 0.0903 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1765 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.1845 35166 93.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.62 Å2 / Biso mean: 19.9973 Å2 / Biso min: 9.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1961 0 19 162 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0360.0222052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5691.9942798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2035266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21823.84691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.09515315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.81518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2350.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0221611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6291.51319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.56622114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0063733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5554.5681
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 136 -
Rwork0.298 2506 -
all-2642 -
obs--96.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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