PDB-4ixh: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ixh

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Cryptosporidium parvum

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold / TIM barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.105 Å

データ登録者

Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Kavitha, M. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Optimization of Benzoxazole-Based Inhibitors of Cryptosporidium parvum Inosine 5'-Monophosphate Dehydrogenase.
著者: Gorla, S.K. / Kavitha, M. / Zhang, M. / Chin, J.E. / Liu, X. / Striepen, B. / Makowska-Grzyska, M. / Kim, Y. / Joachimiak, A. / Hedstrom, L. / Cuny, G.D.

履歴

登録	2013年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月17日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ixh.cif.gz	529.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ixh.ent.gz	437.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ixh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ixh_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ixh_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	4ixh_validation.xml.gz	53.5 KB	表示
CIF形式データ	4ixh_validation.cif.gz	74.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ixh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/4ixh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ffsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rv8-d 4fo4-2 4qj1-d 4fo4-1 4ix2-2 4q33-1 2cu0-2 4ix2-1 4x3z-2 5uuw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP92622

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.185, 92.016, 92.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 38506.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: 56k.02, cgd6_20 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BM21 Magic / 参照: UniProt: Q8T6T2, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-Q21 / (2S)-2-(naphthalen-1-yloxy)-N-[2-(pyridin-4-yl)-1,3-benzoxazol-5-yl]propanamide 分子量: 409.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₁₉N₃O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 90-134 ARE DELETED AND REPLACED WITH SGG LINKER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 7 詳細: 0.1 M succinic acid pH 7.0, 15 %(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月14日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 83034 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 28.6 Å² / R_sym value: 0.119 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.66 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 3FFS

3ffs

解像度: 2.105→35.521 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2103	4141	4.99 %
R_work	0.1616	-	-
obs	0.1641	82909	98.94 %
all	-	82909	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.105→35.521 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9888	0	236	486	10610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10427
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.104	14077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.829	3894
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1659
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1762

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1053-2.1293	0.3227	102	0.2602	2452	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1293-2.1543	0.2957	140	0.246	2540	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1543-2.1806	0.3328	139	0.2357	2582	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1806-2.2082	0.2616	157	0.2286	2572	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2082-2.2372	0.2897	136	0.2165	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2372-2.2679	0.2595	137	0.2145	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2679-2.3003	0.2812	134	0.2059	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3003-2.3346	0.3002	131	0.1974	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3346-2.3711	0.253	128	0.1975	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3711-2.4099	0.2517	131	0.1972	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4099-2.4515	0.2792	137	0.1889	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4515-2.4961	0.3022	127	0.1776	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4961-2.544	0.2395	146	0.1666	2612	X-RAY DIFFRACTION	99
2.544-2.596	0.2091	133	0.1721	2606	X-RAY DIFFRACTION	99
2.596-2.6524	0.2492	140	0.1606	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6524-2.7141	0.2063	131	0.1648	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7141-2.7819	0.2114	157	0.1532	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7819-2.8571	0.2529	134	0.1559	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8571-2.9411	0.1939	149	0.1569	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9411-3.036	0.2256	134	0.1646	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.036-3.1445	0.192	143	0.1573	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1445-3.2703	0.2255	141	0.1558	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2703-3.419	0.2459	134	0.1571	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.419-3.5991	0.18	130	0.1421	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5991-3.8243	0.1952	134	0.1463	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8243-4.1192	0.1773	140	0.1331	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1192-4.533	0.1749	137	0.1287	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
4.533-5.1872	0.1594	143	0.1241	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1872-6.5287	0.1777	166	0.1659	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5287-35.5259	0.1647	150	0.1575	2673	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1497	1.0615	-2.2907	3.162	-2.8183	5.7809	-0.0613	0.1226	0.1103	-0.0842	-0.1158	-0.0443	0.3192	0.1587	0.1992	0.0773	0.0373	-0.0088	0.1562	-0.0029	0.1625	34.1146	-18.334	-2.6038
2	1.1775	-0.1587	-0.2217	2.3961	-1.2231	2.3336	-0.0477	-0.1629	0.1449	0.529	-0.0654	0.3378	-0.4322	-0.1316	0.0018	0.3492	0.0954	0.0794	0.224	-0.0728	0.2748	22.1647	-1.8214	6.8192
3	1.7949	0.5962	0.1284	1.9646	-0.0241	0.964	-0.0565	-0.1141	0.4187	0.0553	0.0268	0.6539	-0.5176	-0.2516	-0.0114	0.4593	0.1887	0.0186	0.257	-0.0926	0.4216	17.1104	11.9686	0.0573
4	3.6967	-3.1869	-2.9569	3.8677	3.9758	6.1564	-0.0131	0.1739	0.4697	-0.0917	-0.0471	-0.0713	-0.1406	-0.1914	0.0366	0.3804	0.0111	-0.081	0.1385	-0.0137	0.2375	31.858	12.4577	-6.8566
5	1.0374	-0.4456	-0.1083	1.4636	-0.4019	2.3152	-0.0672	-0.0422	0.111	0.0195	0.0132	-0.0509	-0.2464	-0.0024	0.0618	0.1353	0.0271	-0.004	0.1013	-0.0005	0.1591	32.4385	-2.6276	-5.2026
6	3.6885	-0.9439	0.0431	1.6618	0.072	1.8875	-0.0659	0.1898	0.0951	-0.221	-0.2302	0.5474	-0.1818	-0.6503	0.1644	0.2641	0.0935	-0.039	0.2944	-0.1096	0.4066	11.0812	-2.7788	-10.4835
7	3.0804	-0.8311	-0.3237	2.8514	-0.5721	1.7773	0.1413	-0.4491	0.1894	0.8774	-0.1968	0.3733	-0.1546	-0.1671	0.1911	0.3006	0.0302	0.1391	0.1998	-0.062	0.2101	23.8059	-12.6224	9.3956
8	2.5504	0.9273	-1.542	3.0914	-1.376	4.3761	-0.5103	0.4795	-0.3485	-0.3572	0.7725	0.8112	0.3935	-1.12	-0.3438	0.5194	-0.0088	0.0558	0.3913	0.1555	0.5308	22.5579	-26.8444	-5.0301
9	0.9143	-0.2805	-0.0308	1.1563	0.7768	2.2254	0.0693	0.1643	0.1234	-0.3428	-0.0203	-0.111	-0.5699	0.0369	-0.0233	0.2688	-0.0129	0.0164	0.1639	0.0115	0.1594	37.9366	-6.1555	-29.9764
10	1.648	-0.2557	-0.2056	1.2083	-0.0799	2.783	-0.0085	0.3958	0.0654	-0.5935	0.0004	-0.0391	-0.0401	-0.0861	0.0222	0.5417	0.015	0.0315	0.2854	0.0416	0.1589	36.6471	-11.5564	-52.0652
11	0.4661	0.0917	0.4547	2.2876	0.31	1.478	0.0144	0.1534	-0.0109	-0.1385	-0.02	-0.0955	-0.1559	0.0295	0.0129	0.2219	0.0297	0.0156	0.1654	0.0138	0.1199	37.5725	-15.0748	-35.2845
12	2.2124	0.0211	-0.1942	3.9856	-0.3405	2.684	0.2051	0.268	-0.2407	0.2143	0.3772	0.7709	0.002	-0.9619	-0.4764	0.422	-0.0315	-0.053	0.6112	0.1881	0.3805	14.105	-12.7522	-42.5033
13	1.5599	0.6368	0.9214	1.9523	0.278	2.6291	0.0518	0.2083	0.072	-0.2391	0.0948	0.1427	-0.0981	-0.1667	-0.0805	0.2883	0.062	-0.013	0.2254	0.0623	0.164	27.984	-8.7538	-35.8548
14	5.5673	-1.7872	-1.4239	3.3428	0.6391	1.9788	0.1654	-0.1471	-0.7098	0.2681	-0.3725	0.7559	-0.4268	-0.6298	0.3089	0.4654	0.0355	0.0216	0.4305	-0.0648	0.3124	25.8409	-13.3433	-16.5921
15	1.4583	-0.1612	-0.5746	2.5603	-2.2264	6.6193	0.154	-0.1295	-0.0496	-0.049	-0.1582	-0.2712	-0.2557	-0.0197	0.0239	0.1475	0.0031	0.0044	0.1302	-0.0111	0.1962	40.0717	-33.5503	-26.513
16	1.5793	0.5191	-0.3175	2.5847	-1.0505	2.779	-0.099	0.1722	-0.2566	-0.7748	-0.0368	0.0705	0.5136	0.0829	0.1305	0.5076	0.0068	-0.0273	0.2112	-0.0861	0.2195	33.8828	-50.8217	-39.8069
17	2.6268	0.7369	-0.2611	2.0571	1.3376	2.206	0.0452	0.0974	-0.3106	-0.6307	-0.0799	0.8483	0.7047	-0.1846	0.0711	0.5957	-0.0313	-0.1872	0.2347	-0.1018	0.4218	23.8699	-62.0741	-38.9727
18	2.6717	-0.4895	-0.0579	0.6843	-0.3568	3.8587	0.0309	0.2775	-0.6967	-0.4895	0.0684	0.5107	0.2582	0.2699	-0.0228	0.5419	-0.0442	-0.1207	0.203	-0.0922	0.3301	30.5178	-67.0196	-32.7545
19	1.2739	0.6397	-0.1363	3.2983	3.2292	3.6971	0.0845	0.0649	-0.3178	-0.0535	-0.1837	0.0796	0.8355	0.0077	0.1547	0.4744	0.035	-0.0462	0.1754	-0.0205	0.286	36.4268	-64.4156	-24.0564
20	4.6766	0.202	-0.1364	7.7343	2.6176	4.2171	-0.0723	-0.0713	-0.2954	-0.1238	-0.0006	-0.4598	0.6233	0.2651	-0.0386	0.2068	0.0512	-0.0249	0.1564	0.0298	0.1818	41.5081	-57.7479	-24.0928
21	0.4292	0.4912	-0.6409	2.1622	-0.3073	2.7407	0.0416	0.0679	-0.0872	-0.1964	-0.027	0.0266	0.2129	0.0147	-0.0528	0.1728	0.0158	-0.0341	0.1405	-0.0205	0.1438	35.3082	-46.1836	-26.241
22	4.3007	-0.8222	2.7821	0.5613	-0.4159	5.7741	0.0961	-0.0229	-0.3042	-0.1555	-0.2667	0.6325	-0.018	-0.8487	0.1944	0.4047	-0.0228	-0.1187	0.3531	-0.155	0.4418	13.0771	-49.8938	-31.172
23	2.4315	-0.7391	2.1223	1.098	-2.566	7.9988	-0.1853	0.0865	-0.2792	-0.1558	0.1198	0.3322	0.0012	-0.462	0.1117	0.4759	0.0231	-0.2179	0.3156	-0.1695	0.3972	15.7933	-48.4436	-27.2792
24	2.2926	1.4707	-0.2516	3.662	0.1397	2.6367	0.2774	0.4193	-0.1768	-0.8519	-0.2319	0.0931	0.3535	0.1577	0.0233	0.3428	0.0636	-0.069	0.1547	-0.0445	0.1466	36.6794	-39.4001	-41.8704
25	6.4117	-2.2413	4.0926	2.0178	-1.7115	4.5851	-0.9894	-0.3435	0.5551	0.0505	0.632	0.1037	-0.3486	-1.2951	0.3846	0.4706	0.0346	-0.0367	0.4955	0.0413	0.3228	28.6801	-25.2751	-29.7937
26	1.19	1.0111	0.4015	5.4633	2.6823	2.6743	0.0556	-0.1023	0.1332	-0.1131	-0.1173	0.1442	0.107	-0.0371	0.0181	0.0707	0.0086	-0.0196	0.1433	0.0119	0.1294	34.8868	-39.278	-7.1399
27	1.158	-0.2291	0.1794	2.2162	0.672	1.9509	0.1228	-0.1304	-0.1133	0.2781	0.1576	-0.0594	0.6134	-0.5655	0.0196	0.3713	-0.1084	0.0784	0.3172	0.1049	0.2275	22.18	-49.7091	7.385
28	2.5933	-0.3921	-1.2152	1.2542	0.0143	2.1791	0.1427	-0.239	-0.1071	0.7739	-0.0133	0.454	0.7082	-0.9324	-0.0013	0.4147	-0.1804	0.1846	0.5964	0.075	0.3227	10.2629	-46.5638	16.0554
29	3.9719	1.9029	0.4535	4.9856	-0.2502	3.2392	-0.189	-0.2969	-0.2899	0.7656	0.2665	0.0494	0.4182	-0.4298	-0.0604	0.4561	-0.0406	0.1346	0.386	0.0586	0.2461	16.6815	-42.631	22.7445
30	2.5258	1.1615	-1.4893	4.3977	-2.9767	2.7726	0.0563	-0.3792	0.0452	0.3849	0.2102	0.1965	-0.1497	-0.3649	-0.2729	0.4006	-0.0133	0.0931	0.3234	0.009	0.1939	24.9573	-35.0201	22.0844
31	5.4292	-0.231	-1.0367	4.4811	-3.7036	6.6477	-0.0405	-0.4743	0.0287	0.3617	-0.0231	-0.1797	0.524	0.0545	0.0715	0.3079	-0.0315	0.0356	0.1713	-0.0546	0.1135	31.38	-36.2512	16.8103
32	1.3151	-0.4475	-0.8976	2.8339	0.932	1.7961	-0.0011	-0.2061	-0.0305	0.2116	0.0539	0.0055	0.0559	0.0118	-0.0528	0.1339	-0.0254	0.0343	0.1452	0.004	0.1354	29.2075	-33.1755	6.1624
33	3.5891	0.5963	0.5162	1.8248	-0.1071	2.0058	0.128	-0.1642	0.0681	-0.0457	0.0653	0.2593	0.0448	-0.5417	-0.1517	0.2257	-0.0441	0.0568	0.2326	0.0209	0.1758	20.3665	-42.5713	1.8239
34	4.582	3.6835	1.5748	6.0646	1.4865	2.425	-0.1019	-0.0911	0.5201	-0.3571	0.1021	0.5669	-0.1492	-0.6573	0.0162	0.2851	-0.0389	0.0977	0.4902	0.1268	0.404	5.743	-33.2487	1.5127
35	5.4281	0.007	-0.8337	1.6152	0.523	1.5036	0.049	-0.1228	-0.4597	0.1397	0.1098	0.1147	0.7924	-0.1785	0.0184	0.3101	-0.111	0.0033	0.1536	0.0491	0.2006	26.9645	-52.3919	-3.1764
36	6.2981	2.6909	4.1864	3.6448	2.4111	4.6491	-0.3717	0.4607	0.4788	-0.8964	-0.2089	0.9843	-0.5514	-0.427	0.716	0.4505	0.0894	-0.0627	0.3982	-0.0752	0.3873	25.8214	-38.6599	-18.2108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 154 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 155 through 182 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 183 through 267 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 268 through 340 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 341 through 370 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 371 through 392 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2 through 47 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 48 through 203 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 204 through 274 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 275 through 300 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 301 through 370 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 371 through 392 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 25 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 26 through 55 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 56 through 90 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 91 through 154 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 155 through 182 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 183 through 203 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 204 through 274 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 275 through 310 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 311 through 340 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 341 through 370 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 371 through 392 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 2 through 25 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 26 through 55 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 56 through 90 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 91 through 154 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 155 through 182 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 183 through 203 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 204 through 245 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 246 through 287 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 288 through 340 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 341 through 370 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 371 through 392 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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