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万見
- PDB-4i9b: Structure of aminoaldehyde dehydrogenase 1 from Solanum lycopersi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i9b
タイトルStructure of aminoaldehyde dehydrogenase 1 from Solanum lycopersium (SlAMADH1) with a thiohemiacetal intermediate
要素Putative betaine aldehyde dehyrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDH10 family fold
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glycine betaine biosynthetic process from choline ...gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase / gamma-guanidinobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase / 4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glycine betaine biosynthetic process from choline / sodium ion binding / cellular detoxification of aldehyde / nucleotide binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2-hydroxyethoxy)acetaldehyde / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Aminoaldehyde dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A. / Kopecny, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Plant ALDH10 family: identifying critical residues for substrate specificity and trapping a thiohemiacetal intermediate.
著者: Kopecny, D. / Koncitikova, R. / Tylichova, M. / Vigouroux, A. / Moskalikova, H. / Soural, M. / Sebela, M. / Morera, S.
履歴
登録2012年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative betaine aldehyde dehyrogenase
B: Putative betaine aldehyde dehyrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,54611
ポリマ－112,6912
非ポリマー1,8559
水12,502694
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10250 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area34200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.150, 94.790, 118.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative betaine aldehyde dehyrogenase / aminoaldehyde dehydrogenase / AMADH


分子量: 56345.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: Solyc06g071290.2 / プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q56R04

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非ポリマー , 6種, 703分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-1KA / (2-hydroxyethoxy)acetaldehyde


分子量: 104.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 694 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 1000, 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月9日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44 Å / Num. all: 75800 / Num. obs: 75000 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 23.75 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PX1データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IWJ

3iwj


解像度: 1.9→27.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9373 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9223 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2119 3725 5 %RANDOM
Rwork0.1742 ---
all0.18 75800 --
obs0.1761 74515 99.28 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.3699 Å20 Å20 Å2
2--6.1827 Å20 Å2
3---5.1872 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.202 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7580 0 88 694 8362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017835HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1210628HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2708SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes176HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1144HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7835HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1053SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9942SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2904 265 4.99 %
Rwork0.2408 5049 -
all0.2432 5314 -
obs--99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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