ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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MAR345 | | データ収集 | PHENIX | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.7.3_928)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.05→27.347 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2503 | 688 | 5 % | Random |
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Rwork | 0.2081 | - | - | - |
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obs | 0.2102 | 13762 | 97.58 % | - |
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all | - | 14103 | - | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.195 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -8.1826 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -8.1826 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 16.3652 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→27.347 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 3506 | 178 | 1 | 3685 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 4107 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.189 | 6452 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d18.153 | 2011 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.063 | 830 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.008 | 187 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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3.0503-3.2854 | 0.2976 | 140 | 0.2558 | 2592 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 3.2854-3.6154 | 0.263 | 159 | 0.2122 | 2566 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 3.6154-4.137 | 0.2533 | 121 | 0.1991 | 2618 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 4.137-5.2063 | 0.2433 | 126 | 0.1946 | 2633 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 5.2063-27.3477 | 0.2397 | 142 | 0.2091 | 2665 | X-RAY DIFFRACTION | 95 |
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