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万見
- PDB-4gup: Structure of MHC-class I related molecule MR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gup
タイトルStructure of MHC-class I related molecule MR1
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC Class I-related protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-6-carbaldehyde / PHOSPHATE ION / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Patel, O. / Le Nours, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: MR1 presents microbial vitamin B metabolites to MAIT cells
著者: Kjer-Nielsen, L. / Patel, O. / Corbett, A.J. / Le Nours, J. / Meehan, B. / Liu, L. / Bhati, M. / Chen, Z. / Kostenko, L. / Reantragoon, R. / Williamson, N.A. / Purcell, A.W. / Dudek, N.L. / ...著者: Kjer-Nielsen, L. / Patel, O. / Corbett, A.J. / Le Nours, J. / Meehan, B. / Liu, L. / Bhati, M. / Chen, Z. / Kostenko, L. / Reantragoon, R. / Williamson, N.A. / Purcell, A.W. / Dudek, N.L. / McConville, M.J. / O'Hair, R.A.J. / Khairallah, G.N. / Godfrey, D.I. / Fairlie, D.P. / Rossjohn, J. / McCluskey, J.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4328
ポリマ－86,9204
非ポリマー5134
水00
1
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7815
ポリマ－43,4602
非ポリマー3223
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
2
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6513
ポリマ－43,4602
非ポリマー1911
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.154, 89.777, 171.338
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, residues 23-292 / 変異: C261S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: 化合物 ChemComp-6FP / 2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridine-6-carbaldehyde / 6-formylpterin / 6-ホルミルプテリン


分子量: 191.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5N5O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02M MgCl2, 0.1M HEPES, 22% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95453 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→89.78 Å / Num. all: 15374 / Num. obs: 15374 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 54.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.266 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 7389 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YDP

1ydp


解像度: 3.2→85.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8749 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2595 764 4.98 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.1964 15334 --
obs0.1964 15334 97.66 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.138 Å20 Å20 Å2
2--1.2054 Å20 Å2
3---4.9325 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→85.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5762 0 32 0 5794
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2602SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes138HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes868HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5975HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion751SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6241SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5975HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8150HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.67
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3154 131 4.94 %
Rwork0.219 2521 -
all0.224 2652 -
obs-2652 97.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8110.40180.06361.5225-0.65030.9757-0.08140.004-0.0432-0.00940.07620.0240.0386-0.140.0052-0.06620.0490.0092-0.0724-0.0299-0.09884.7717-5.6857-18.0601
23.62745.82081.617312.8014-0.03385.0510.14250.0723-0.25950.45530.0806-0.4162-0.09750.2096-0.223-0.19660.0063-0.0731-0.0848-0.0256-0.112820.09591.1078-8.2997
31.2880.4604-0.01551.8578-0.17080.3642-0.02780.08190.0288-0.02920.1325-0.1365-0.12580.0238-0.1048-0.08530.03230.0098-0.119-0.0372-0.180827.980144.9517-28.1729
42.60940.1485-2.06738.5252.45214.36930.0827-0.2489-0.3411-0.1185-0.0316-0.0491-0.1048-0.0517-0.0511-0.17240.0215-0.0084-0.110.0557-0.129.165741.0395-19.2629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A2 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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