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万見
- PDB-4fw6: Crystal Structure of the LpxC in complex with N-[(2S,3R)-3-HYDROX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fw6
タイトルCrystal Structure of the LpxC in complex with N-[(2S,3R)-3-HYDROXY-1-(HYDROXYAMINO)-1-OXOBUTAN-2-YL]-4-(PHENYLETHYNYL)BENZAMIDE inhibitor
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Hydrolase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-L59 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of the LpxC
著者: Kang, Y.N. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
C: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
D: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,20436
ポリマ－133,6764
非ポリマー3,52932
水12,214678
1
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,39610
ポリマ－33,4191
非ポリマー9779
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,44310
ポリマ－33,4191
非ポリマー1,0249
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2178
ポリマ－33,4191
非ポリマー7987
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1488
ポリマ－33,4191
非ポリマー7297
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.477, 89.630, 169.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / Protein envA / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 33418.875 Da / 分子数: 4 / 変異: C43S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: envA, lpxC, PA4406 / プラスミド: pMOCR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI
参照: UniProt: P47205, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 7種, 710分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-L59 / N-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-(hydroxyamino)-1-oxobutan-2-yl]-4-(phenylethynyl)benzamide


分子量: 338.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N2O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.17 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 24-30% PEG8000, 0.2M Sodium Acetate, 0.1M Sodium acetate pH 4.9, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月16日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 90449 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.83-1.8650.39643940.748192.7
1.86-1.950.33742570.811193.4
1.9-1.9350.29643420.867193.1
1.93-1.974.90.25144360.949193.7
1.97-2.0150.22642920.995194.5
2.01-2.0650.18944221.104194.6
2.06-2.1150.17244281.123194.4
2.11-2.1750.15844391.155195.5
2.17-2.2350.14545081.204195.9
2.23-2.315.10.13644421.263197.1
2.31-2.3950.12245811.372197.2
2.39-2.485.10.12245401.5197.4
2.48-2.65.10.11746081.646198.5
2.6-2.735.20.11346611.944198.9
2.73-2.95.20.10545941.869199.3
2.9-3.135.20.09446641.956199.9
3.13-3.445.40.07946821.923199.5
3.44-3.945.50.05847301.696199.8
3.94-4.975.70.04346491.697199.1
4.97-505.60.03847801.448199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MD2データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→39.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9608 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9437 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1971 4543 5.02 %RANDOM
Rwork0.1629 ---
obs0.1646 90426 96.44 %-
原子変位パラメータBiso max: 101.92 Å2 / Biso mean: 28.8515 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1974 Å20 Å2-0.005 Å2
2--0.5021 Å20 Å2
3----2.6995 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.185 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→39.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9254 0 226 678 10158
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4756SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes258HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1607HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10015HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1308SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance16HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle24HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12442SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10015HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13668HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.65
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 297 4.82 %
Rwork0.1847 5870 -
all0.1859 6167 -
obs--96.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.693-0.0170.20740.7299-0.02770.68960.04120.0022-0.0676-0.00380.0120.02080.08120.0196-0.0532-0.0409-0.001-0.0025-0.0453-0.007-0.031616.527715.49227.3013
20.72380.0452-0.20070.7165-0.05350.63150.04440.0070.06720.00710.01110.0142-0.06720.0135-0.0555-0.04480.0060.0042-0.0505-0.0088-0.021916.622759.690757.7803
30.9356-0.0539-0.15980.5931-0.53822.07890.0431-0.03060.08650.0309-0.0381-0.0485-0.07310.0488-0.005-0.0763-0.0289-0.0112-0.0505-0.013-0.072432.037463.259313.2472
40.96370.05380.12820.5866-0.52492.11540.03370.0278-0.0901-0.0312-0.0397-0.04870.08270.02890.006-0.07230.03190.012-0.0635-0.0148-0.068532.056311.818171.7499
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C-2 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D-2 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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