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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fil | ||||||
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タイトル | Structure of FhuD2 from Staphylococcus Aureus with Bound Ferrioxamine B | ||||||
![]() | Ferric hydroxamate receptor 2 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Class III Solute Binding Protein / primary binding site for iron-hydroxamate siderophores / FhuCBG / extracellular | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Briere, L.K. / Heinrichs, D.E. / Shilton, B.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal and solution structure analysis of FhuD2 from Staphylococcus aureus in multiple unliganded conformations and bound to ferrioxamine-B. 著者: Podkowa, K.J. / Briere, L.A. / Heinrichs, D.E. / Shilton, B.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 232.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29299.451 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 44-302 / 変異: K117A, K118A, K121A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: fhud2, SAV2284 / プラスミド: pGEX-FhuD2(delta)43 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-0UE / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.9 M NaCl, 100 mM imidazole, 250 mM Zn(OAc)2, 30 mg/mL FhuD2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | タイプ: pseudo-merohedral / Operator: -h,-k,h+l / Fraction: 0.33 |
反射 | 解像度: 2.4→45 Å / Num. all: 54573 / Num. obs: 50153 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6402 / % possible all: 81.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4FKM 解像度: 2.4→45 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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