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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cle | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pteridine reductase 1 (PTR1) from Trypanosoma brucei in ternary complex with cofactor and inhibitor | ||||||
要素 | PTERIDINE REDUCTASE 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Barrack, K.L. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Structure-Based Design and Synthesis of Antiparasitic Pyrrolopyrimidines Targeting Pteridine Reductase 1. 著者: Khalaf, A.I. / Huggan, J.K. / Suckling, C.J. / Gibson, C.L. / Stewart, K. / Giordani, F. / Barrett, M.P. / Wong, P.E. / Barrack, K.L. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cle.cif.gz | 226.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cle.ent.gz | 182 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cle.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4cle_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4cle_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4cle_validation.xml.gz | 49.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4cle_validation.cif.gz | 71.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/4cle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/4cle | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4cl8C 4cldC 4clhC 4cloC 4clrC 4clxC 4cm1C 4cm3C 4cm4C 4cm5C 4cm6C 4cm7C 4cm8C 4cm9C 4cmaC 4cmbC 4cmcC 4cmeC 4cmgC 4cmiC 4cmjC 4cmkC 2c7vS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30669.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI BRUCEI (トリパノソーマ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76290, pteridine reductase #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | ChemComp-JR2 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE CONTAINS ADDITIONAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.59 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: RESERVOIR CONTAINED 1.7-2.7 M SODIUM ACETATE, 20-50 MM SODIUM CITRATE PH 4.5-5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU R-AXIS IV IMAGING PLATE / 日付: 2011年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→38.26 Å / Num. obs: 87484 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 85.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2C7V 解像度: 1.8→38.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.606 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES WITH INSUFFICIENT ELECTRON DENSITY WERE NOT MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.394 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.26 Å
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拘束条件 |
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