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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cib | |||||||||
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タイトル | crystal structure of cathepsin a, complexed with compound 2 | |||||||||
要素 | LYSOSOMAL PROTECTIVE PROTEIN | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / DRUG DISCOVERY / SERINE CARBOXYPEPTIDASE / CARDIOVASCULAR DRUG / HEART FAILURE / ENDOTHELIN / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / COVALENT INHIBITOR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase C / Defective NEU1 causes sialidosis / serine-type carboxypeptidase activity / regulation of chaperone-mediated autophagy / Sialic acid metabolism / Glycosphingolipid catabolism / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / carboxypeptidase activity / enzyme activator activity / MHC class II antigen presentation ...carboxypeptidase C / Defective NEU1 causes sialidosis / serine-type carboxypeptidase activity / regulation of chaperone-mediated autophagy / Sialic acid metabolism / Glycosphingolipid catabolism / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / carboxypeptidase activity / enzyme activator activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / intracellular protein transport / regulation of protein stability / azurophil granule lumen / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Schreuder, H.A. / Liesum, A. / Kroll, K. / Boehnisch, B. / Buning, C. / Ruf, S. / Buning, C. / Sadowski, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of cathepsin A, a novel target for the treatment of cardiovascular diseases. 著者: Schreuder, H.A. / Liesum, A. / Kroll, K. / Bohnisch, B. / Buning, C. / Ruf, S. / Sadowski, T. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012 タイトル: Novel Beta-Amino Acid Derivatives as Inhibitors of Cathepsin A. 著者: Ruf, S. / Buning, C. / Schreuder, H. / Horstick, G. / Linz, W. / Olpp, T. / Pernerstorfer, J. / Hiss, K. / Kroll, K. / Kannt, A. / Kohlmann, M. / Linz, D. / Hubschle, T. / Rutten, H. / Wirth, ...著者: Ruf, S. / Buning, C. / Schreuder, H. / Horstick, G. / Linz, W. / Olpp, T. / Pernerstorfer, J. / Hiss, K. / Kroll, K. / Kannt, A. / Kohlmann, M. / Linz, D. / Hubschle, T. / Rutten, H. / Wirth, K. / Schmidt, T. / Sadowski, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cib.cif.gz | 124.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cib.ent.gz | 92.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cib.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4cib_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4cib_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4cib_validation.xml.gz | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4cib_validation.cif.gz | 44.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/4cib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/4cib | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51829.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACTIVATED WITH TRYPSIN-SEPHAROSE / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P10619, carboxypeptidase C | ||||||||
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#2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-7UZ / | #4: 化合物 | ChemComp-CD / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | 2 EXTRA RESIDUES FROM PREPROMELLITIN SIGNAL SEQUENCE AT N- TERMINUS AND 1 EXTRA RESIDUE, LEFT OVER ...2 EXTRA RESIDUES FROM PREPROMELL | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: CATHEPSIN A WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD: 1 UL OF PROTEIN SOLUTION, CONTAINING 6.5 MG/ML CATHEPSIN A, 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0) AND 300 MM NACL, WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR ...詳細: CATHEPSIN A WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD: 1 UL OF PROTEIN SOLUTION, CONTAINING 6.5 MG/ML CATHEPSIN A, 25 MM TRIS-HCL (PH 8.0) AND 300 MM NACL, WAS MIXED WITH 1 UL RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 100 MM NAACETATE (PH 4.5), 18-20% PEG400 AND 100 MM CDCL2, AND SET TO EQUILIBRATE AT 4DEG.C. ROD-SHAPED CRYSTALS APPEARED IN ABOUT ONE WEEK. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→66.74 Å / Num. obs: 35026 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.12 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.94 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4AZ0 解像度: 1.89→44.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 2.815 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.551 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→44.02 Å
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拘束条件 |
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