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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4avg | ||||||
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タイトル | Influenza strain pH1N1 2009 polymerase subunit PA endonuclease in complex with diketo compound 2 | ||||||
要素 | POLYMERASE PA | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE / MANGANESE-DEPENDENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kowalinski, E. / Zubieta, C. / Wolkerstorfer, A. / Szolar, O.H. / Ruigrok, R.W. / Cusack, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012 タイトル: Structural Analysis of Specific Metal Chelating Inhibitor Binding to the Endonuclease Domain of Influenza Ph1N1 (2009) Polymerase. 著者: Kowalinski, E. / Zubieta, C. / Wolkerstorfer, A. / Szolar, O.H. / Ruigrok, R.W. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4avg.cif.gz | 176.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4avg.ent.gz | 141.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4avg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4avg_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4avg_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4avg_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4avg_validation.cif.gz | 45.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4avg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4avg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23939.291 Da / 分子数: 4 / 断片: ENDONUCLEASE, RESIDUES 1-198 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) 株: A/CALIFORNIA/04/2009 (H1N1) / 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3W5S0 #2: 化合物 | ChemComp-SL6 / ( #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GENBANK NUMBER ACP44156 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS, PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 45289 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.51 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2W69 解像度: 2.2→43.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 5.434 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.692 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.96 Å
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拘束条件 |
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