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- PDB-3fdz: Crystal structure of phosphoglyceromutase from burkholderia pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fdz
タイトルCrystal structure of phosphoglyceromutase from burkholderia pseudomallei 1710b with bound 2,3-diphosphoglyceric acid and 3-phosphoglyceric acid
要素(2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate ...) x 2
キーワードISOMERASE / SSGCID / Phosphoglyceromutase / Burkholderia pseudomallei / Glycolysis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / phosphoglycerate mutase activity / gluconeogenesis / glycolytic process
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / (2R)-2,3-diphosphoglyceric acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: An ensemble of structures of Burkholderia pseudomallei 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase.
著者: Davies, D.R. / Staker, B.L. / Abendroth, J.A. / Edwards, T.E. / Hartley, R. / Leonard, J. / Kim, H. / Rychel, A.L. / Hewitt, S.N. / Myler, P.J. / Stewart, L.J.
履歴
登録2008年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
B: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6616
ポリマ－57,9972
非ポリマー6644
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
2
A: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3313
ポリマ－28,9591
非ポリマー3722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3313
ポリマ－28,9591
非ポリマー3722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.390, 48.480, 62.090
Angle α, β, γ (deg.)106.03, 91.54, 107.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The asymmetric unit contains two biological units

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要素

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2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase / Phosphoglyceromutase / PGAM / BPG-dependent PGAM / dPGM


分子量: 28958.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌)
株: 1719B / 遺伝子: BURPS1710b_0662, gpmA / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q3JWH7, EC: 5.4.2.1
#2: タンパク質 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase / Phosphoglyceromutase / PGAM / BPG-dependent PGAM / dPGM


分子量: 29037.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌)
株: 1719B / 遺伝子: BURPS1710b_0662, gpmA / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q3JWH7, EC: 5.4.2.1

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非ポリマー , 4種, 227分子

#3: 化合物 ChemComp-DG2 / (2R)-2,3-diphosphoglyceric acid / 2,3-Bisphosphoglyceric acid / 2,3-bisphosphoglycerate / 2,3-BPG / 2,3-diphosphoglyceric acid / 2,3-diphosphoglycerate / 2,3-DPG / (2~{R})-2,3-diphosphonooxypropanoic acid / 2,3-ジホスホグリセリン酸


分子量: 266.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O10P2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化温度: 289 K / pH: 6
詳細: 30% PEG 600, 5% PEG 1000, 10% GLYCEROL, 100 MM MES PH 6.0, CRYSTALS SOAKED OVERNIGHT WITH 20 MM 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID, VAPOR DIFFUSION, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.25 Å / Num. obs: 20934 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 29.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.43
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0053精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 7.03 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1066 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.187 20934 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20.12 Å2-1.14 Å2
2---0.45 Å2-0.05 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3668 0 40 223 3931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223796
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.9745175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6985457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.44523.39177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59315610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9041532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5851.52291
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05923693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92331505
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0134.51482
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 82 -
Rwork0.252 1440 -
obs--90.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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