+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2w69 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Influenza polymerase fragment | ||||||
Components | POLYMERASE ACIDIC PROTEIN | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / RNA-DEPENDENT / RNA POLYMERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / cap snatching / endonuclease activity / host cell cytoplasm / Hydrolases; Acting on ester bonds / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | INFLUENZA A VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Dias, A. / Bouvier, D. / Crepin, T. / McCarthy, A.A. / Hart, D.J. / Baudin, F. / Cusack, S. / Ruigrok, R.W.H. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2009 Title: The CAP-Snatching Endonuclease of Influenza Virus Polymerase Resides in the Pa Subunit Authors: Dias, A. / Bouvier, D. / Crepin, T. / Mccarthy, A.A. / Hart, D.J. / Baudin, F. / Cusack, S. / Ruigrok, R.W.H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2w69.cif.gz | 251.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb2w69.ent.gz | 213.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2w69.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/2w69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/2w69 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 25300.637 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-209 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) INFLUENZA A VIRUS / Strain: A/VICTORIA/3/1975 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): RIL CODONPLUS / References: UniProt: P31343 #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | ADDITIONAL | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.7 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 8 Details: PROTEIN SOLUTION WAS AT 5-10 MG.ML-1 IN 20 MM TRIS-HCL PH 8.0, 100 MM NACL, 2.5 MM MNCL2. THE RESERVOIR COMPOSITION WAS 100 MM MES PH 6.0, 1.2 M LI2SO4, 10 MM MG ACETATE, 3 % ETHYLENE GLYCOL. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.9755 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9755 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 41831 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.84 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Redundancy: 5.64 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 2.05→75.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 11.611 / SU ML: 0.156 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.201 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→75.81 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|