PDB-4alx: Crystal Structure of Ls-AChBP complexed with the potent nAChR ant...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4alx

タイトル

Crystal Structure of Ls-AChBP complexed with the potent nAChR antagonist DHbE

要素

ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

キーワード

ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN / LYMNAEA STAGNALIS / DIHYDRO-B-ERYTHROIDINE / ANTAGONIST / C-LOOP

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Shahsavar, A. / Kastrup, J.S. / Nielsen, E.O. / Kristensen, J.L. / Gajhede, M. / Balle, T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Lymnaea Stagnalis Achbp Complexed with the Potent Nachr Antagonist Dh-Betab-E Suggests a Unique Mode of Antagonism
著者: Shahsavar, A. / Kastrup, J.S. / Nielsen, E.O. / Kristensen, J.L. / Gajhede, M. / Balle, T.

履歴

登録	2012年3月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4alx.cif.gz	427.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4alx.ent.gz	350.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4alx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4alx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4alx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i9b 1uv6 1uw6 1ux2
類似構造データ	3zdg-2 4um1-d 3u8k-1 3u8k-3 3zdh-1 1uw6-1 3u8m-3 3u8k-4 4um3-7 3wto-d 3u8l-2 4nzb-3 3u8j-2 1uv6-1 4um3-2 1i9b-d 4um3-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

B: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

C: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

D: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

E: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

F: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

G: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

H: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

I: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

J: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

265 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

G: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

H: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

I: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

J: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

B: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

C: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

D: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

E: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.249, 121.308, 152.074
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ...
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ...
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ...
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ...
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ...
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ...
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ...
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ...
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ 26:109 OR RESSEQ 111:154 OR RESSEQ 164:202 )
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 1:2 OR RESSEQ 4:21 OR RESSEQ...

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.312083, -0.146433, 0.938702), (0.112376, 0.986804, 0.116576), (-0.943385, 0.069106, 0.32442)	-7.03101, 5.13143, -39.0114
3	given	(-0.815055, -0.124515, 0.565845), (0.038218, 0.962953, 0.266949), (-0.578121, 0.239204, -0.780101)	-47.2696, 5.31774, -44.8625
4	given	(-0.803499, 0.048137, -0.593357), (-0.11691, 0.964556, 0.236565), (0.583714, 0.259449, -0.769392)	-64.9306, -0.02565, -8.56653
5	given	(0.31502, 0.119159, -0.941575), (-0.141437, 0.986903, 0.077575), (0.938487, 0.108736, 0.327748)	-35.2278, -3.22189, 19.1
6	given	(-0.704618, 0.121121, -0.699173), (0.087626, -0.962931, -0.255121), (-0.704155, -0.241028, 0.667885)	-62.4091, -20.6284, -29.2585
7	given	(-0.892556, -0.053558, 0.447745), (-0.071072, -0.963804, -0.256965), (0.4453, -0.261177, 0.856443)	-50.9771, -25.6471, 8.6772
8	given	(0.164249, -0.130293, 0.977776), (-0.119539, -0.986562, -0.111383), (0.979149, -0.098588, -0.177617)	-11.2945, -25.1392, 9.57055
9	given	(0.988141, 0.013506, 0.152953), (0.014803, -0.999863, -0.007341), (0.152833, 0.009518, -0.988206)	2.11165, -19.3118, -27.6875
10	given	(0.455383, 0.147228, -0.878038), (0.138744, -0.985918, -0.09336), (-0.879418, -0.079308, -0.469397)	-29.5334, -17.0302, -51.4655

#1: タンパク質	ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / ACH-BINDING PROTEIN / ACHBP 分子量: 26087.311 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物) / プラスミド: PFASTBAC 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P58154
#2: 化合物	ChemComp-IZN / (4bS,6S)-6-methoxy-1,4,6,7,9,10,12,13-octahydro-3H,5H-pyrano[4',3':3,4]pyrido[2,1-i]indol-3-one / (2S,13bS)-2-Methoxy-2,3,5,6,8,9,10,13-octahydro-1H,12H-benzo[i]pyrano[3,4-g]indolizin-12-one / ジヒドロ-β-エリトロイジン分子量: 275.343 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₁NO₃
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	DIHYDRO-BETA-ERYTHROIDINE (DHBE) BINDS AT THE LIGAND-BINDING POCKET AT THE INTERFACE OF EACH TWO MONOMERS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 25% V/V PEG 400, AND 0.2 M MGCL2.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.997
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20.1 Å / Num. obs: 97154 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 35 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→20.158 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE F-LOOP PORTION OF THE MOLECULE, RESIDUES 154-160 IN SUBUNITS B AND E AND 155- -160 IN SUBUNITS C, G, H, I, AND J, IS NOT COMPLETELY MODELED DUE TO LACK OF CLEAR ELECTRON DENSITY, ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	4863	5 %
R_work	0.2033	-	-
obs	0.2056	97154	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.442 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3472 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.3974 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.7446 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20.158 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16170	0	292	688	17150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16901
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.126	23035
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.028	6232
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	2605
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2956

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1439	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1439	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
1	3	C	1438	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	4	D	1385	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
1	5	E	1417	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
1	6	F	1420	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.071
1	7	G	1405	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	8	H	1406	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
1	9	I	1451	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	10	J	1416	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.3744	145	0.3148	2689	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3261-2.3534	0.323	144	0.2875	2811	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3534-2.3821	0.2977	144	0.2791	2989	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3821-2.4122	0.3127	162	0.2679	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4122-2.4439	0.3016	184	0.2861	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4439-2.4773	0.3745	166	0.2823	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4773-2.5126	0.3832	137	0.2827	3084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5126-2.5501	0.3039	146	0.2607	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5501-2.5898	0.3371	196	0.2583	3062	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5898-2.6322	0.3243	154	0.2665	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6322-2.6775	0.3272	154	0.2351	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6775-2.7261	0.2872	175	0.2296	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7261-2.7784	0.2787	164	0.2186	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7784-2.8349	0.2762	164	0.2251	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8349-2.8964	0.2745	171	0.2115	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8964-2.9636	0.2944	147	0.2119	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9636-3.0375	0.244	154	0.2043	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0375-3.1193	0.2549	158	0.2093	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1193-3.2107	0.2989	163	0.2101	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2107-3.3139	0.293	145	0.2151	3110	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3139-3.4318	0.2243	166	0.1937	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4318-3.5685	0.2252	130	0.1834	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5685-3.7299	0.2304	179	0.1859	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7299-3.9252	0.2326	150	0.1749	3131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9252-4.1691	0.1928	171	0.1631	3085	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1691-4.4877	0.1943	155	0.1494	3157	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4877-4.9334	0.1968	173	0.1605	3105	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9334-5.6336	0.2085	179	0.1811	3149	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6336-7.0469	0.2686	194	0.2096	3154	X-RAY DIFFRACTION	99
7.0469-20.1589	0.2018	193	0.192	3238	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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