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- PDB-4a6r: Crystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a6r
タイトルCrystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium violaceum in the apo form, crystallised from polyacrylic acid
要素OMEGA TRANSAMINASE
キーワードTRANSFERASE / PLP-BINDING ENZYME / TRANSAMINASE FOLD TYPE I
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
POLYACRYLIC ACID / Probable aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.349 Å
データ登録者Logan, D.T. / Hakansson, M. / Yengo, K. / Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of the Chromobacterium Violaceum Omega-Transaminase Reveal Major Structural Rearrangements Upon Binding of Coenzyme Plp.
著者: Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Hakansson, M. / Kimbung, Y.R. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P. / Logan, D.T.
履歴
登録2011年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OMEGA TRANSAMINASE
B: OMEGA TRANSAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1394
ポリマ－102,5592
非ポリマー5812
水15,169842
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.590, 61.870, 63.540
Angle α, β, γ (deg.)108.03, 87.31, 105.16
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9972, -0.05709, 0.04849), (-0.06842, 0.4309, -0.8998), (0.03047, -0.9006, -0.4336)
ベクター: 65.81, 34.71, 50.55)

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要素

#1: タンパク質 OMEGA TRANSAMINASE / PROBABLE AMINOTRANSFERASE


分子量: 51279.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7NWG4, beta-alanine-pyruvate transaminase, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-TA8 / POLYACRYLIC ACID / OCTANE-1,3,5,7-TETRACARBOXYLIC ACID


分子量: 290.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18O8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細POLYACRYLIC ACID (TA8): POLYACRYLIC ACID (N=3)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4
詳細: 0.2 M MGCL2, 0.1 M HEPES PH 7.5, 22% W/V POLYACRYLIC ACID 5100 SODIUM SALT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0397
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月16日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR, VERTICALLY FOCUSING
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0397 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 690977 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.35→1.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HMU

3hmu


解像度: 1.349→23.287 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1627 8516 5 %
Rwork0.1335 --
obs0.135 169719 94.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.043 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9941 Å20.7765 Å20.2733 Å2
2--0.0858 Å20.4737 Å2
3---0.9082 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.349→23.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6640 0 40 842 7522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2199386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0982522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.349-1.36430.35182670.29944957X-RAY DIFFRACTION86
1.3643-1.38040.26462730.22125269X-RAY DIFFRACTION92
1.3804-1.39720.25092740.20795151X-RAY DIFFRACTION91
1.3972-1.41490.26842780.19365279X-RAY DIFFRACTION92
1.4149-1.43350.22152800.18865243X-RAY DIFFRACTION92
1.4335-1.45310.24162850.1825246X-RAY DIFFRACTION92
1.4531-1.47390.21182640.16545375X-RAY DIFFRACTION92
1.4739-1.49590.1892880.1525198X-RAY DIFFRACTION92
1.4959-1.51930.19562610.14335315X-RAY DIFFRACTION93
1.5193-1.54420.17572930.13455304X-RAY DIFFRACTION93
1.5442-1.57080.17192870.12785276X-RAY DIFFRACTION94
1.5708-1.59930.15722730.12145360X-RAY DIFFRACTION94
1.5993-1.63010.15632870.11325356X-RAY DIFFRACTION93
1.6301-1.66330.16152940.11465322X-RAY DIFFRACTION94
1.6633-1.69950.17253020.11435345X-RAY DIFFRACTION94
1.6995-1.7390.16323100.11465339X-RAY DIFFRACTION94
1.739-1.78250.15572780.10895458X-RAY DIFFRACTION95
1.7825-1.83070.14222710.10435401X-RAY DIFFRACTION94
1.8307-1.88450.13622990.11065399X-RAY DIFFRACTION95
1.8845-1.94530.14892850.11255436X-RAY DIFFRACTION95
1.9453-2.01480.15492850.11555408X-RAY DIFFRACTION95
2.0148-2.09540.15982820.11555477X-RAY DIFFRACTION96
2.0954-2.19070.15072750.1145514X-RAY DIFFRACTION96
2.1907-2.30610.1432620.11085521X-RAY DIFFRACTION96
2.3061-2.45050.14312840.11565523X-RAY DIFFRACTION96
2.4505-2.63940.13762910.12235512X-RAY DIFFRACTION97
2.6394-2.90460.16572840.13455550X-RAY DIFFRACTION97
2.9046-3.32390.16592740.14215590X-RAY DIFFRACTION98
3.3239-4.18380.153230.13675542X-RAY DIFFRACTION98
4.1838-23.290.14273070.14875537X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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