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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45675 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM model derived from localized reconstruction of human adenovirus (Ad5)-hexon-FX complex at 3.6A resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Adenovirus / Hexon / Coagulation factor X / Coagulation factor II / Prothrombin / Complex / Interactions / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=25 icosahedral viral capsid / coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus ...T=25 icosahedral viral capsid / coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / viral capsid / host cell / positive regulation of cell migration / symbiont entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) / human blood metagenome (メタゲノム) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Reddy VS / Ma OX | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure-derived insights from blood factors binding to the surfaces of different adenoviruses. 著者: Haley E Mudrick / Shao-Chia Lu / Janarjan Bhandari / Mary E Barry / Jack R Hemsath / Felix G M Andres / Olivia X Ma / Michael A Barry / Vijay S Reddy / 要旨: The tropism of adenoviruses (Ads) is significantly influenced by the binding of various blood factors. To investigate differences in their binding, we conducted cryo-EM analysis on complexes of ...The tropism of adenoviruses (Ads) is significantly influenced by the binding of various blood factors. To investigate differences in their binding, we conducted cryo-EM analysis on complexes of several human adenoviruses with human platelet factor-4 (PF4), coagulation factors FII (Prothrombin), and FX. While we observed EM densities for FII and FX bound to all the species-C adenoviruses examined, no densities were seen for PF4, even though PF4 can co-pellet with various Ads. Similar to FX, the γ-carboxyglutamic acid (Gla) domain of FII binds within the surface cavity of hexon trimers. While FII binds equally to species-C Ads: Ad5, Ad6, and Ad657, FX exhibits significantly better binding to Ad5 and Ad657 compared to Ad6. Although only the FX-Gla domain is observed at high-resolution (3.7 Å), the entire FX is visible at low-resolution bound to Ad5 in three equivalent binding modes consistent with the 3-fold symmetric hexon. Only the Gla and kringle-1 domains of FII are visible on all the species-C adenoviruses, where the rigid FII binds in an upright fashion, in contrast to the flexible and bent FX. These data suggest that differential binding of FII and FX may shield certain species-C adenoviruses differently against immune molecules, thereby modulating their tropism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45675.map.gz | 719.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45675-v30.xml emd-45675.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_45675_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_45675.png | 52 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45675.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_45675_half_map_1.map.gz emd_45675_half_map_2.map.gz | 23 MB 23 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45675 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45675 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45675_validation.pdf.gz | 745.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45675_full_validation.pdf.gz | 745.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45675_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45675_validation.cif.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45675 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45675 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45675.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.408 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_45675_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_45675_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human adenovirus 5 (Ad5) in complex with Coagulation factor FX
全体 | 名称: Human adenovirus 5 (Ad5) in complex with Coagulation factor FX |
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要素 |
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-超分子 #1: Human adenovirus 5 (Ad5) in complex with Coagulation factor FX
超分子 | 名称: Human adenovirus 5 (Ad5) in complex with Coagulation factor FX タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Localized reconstruction. |
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由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
-超分子 #2: Hexon protein
超分子 | 名称: Hexon protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) |
-超分子 #3: Human Coagulation Factor X
超分子 | 名称: Human Coagulation Factor X / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: human blood metagenome (メタゲノム) |
-分子 #1: Hexon protein
分子 | 名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Adenovirus hexon protein / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス) |
分子量 | 理論値: 108.107617 KDa |
配列 | 文字列: MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV ...文字列: MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV FGQAPYSGIN ITKEGIQIGV EGQTPKYADK TFQPEPQIGE SQWYETEINH AAGRVLKKTT PMKPCYGSYA KP TNENGGQ GILVKQQNGK LESQVEMQFF STTEATAGNG DNLTPKVVLY SEDVDIETPD THISYMPTIK EGNSRELMGQ QSM PNRPNY IAFRDNFIGL MYYNSTGNMG VLAGQASQLN AVVDLQDRNT ELSYQLLLDS IGDRTRYFSM WNQAVDSYDP DVRI IENHG TEDELPNYCF PLGGVINTET LTKVKPKTGQ ENGWEKDATE FSDKNEIRVG NNFAMEINLN ANLWRNFLYS NIALY LPDK LKYSPSNVKI SDNPNTYDYM NKRVVAPGLV DCYINLGARW SLDYMDNVNP FNHHRNAGLR YRSMLLGNGR YVPFHI QVP QKFFAIKNLL LLPGSYTYEW NFRKDVNMVL QSSLGNDLRV DGASIKFDSI CLYATFFPMA HNTASTLEAM LRNDTND QS FNDYLSAANM LYPIPANATN VPISIPSRNW AAFRGWAFTR LKTKETPSLG SGYDPYYTYS GSIPYLDGTF YLNHTFKK V AITFDSSVSW PGNDRLLTPN EFEIKRSVDG EGYNVAQCNM TKDWFLVQML ANYNIGYQGF YIPESYKDRM YSFFRNFQP MSRQVVDDTK YKDYQQVGIL HQHNNSGFVG YLAPTMREGQ AYPANFPYPL IGKTAVDSIT QKKFLCDRTL WRIPFSSNFM SMGALTDLG QNLLYANSAH ALDMTFEVDP MDEPTLLYVL FEVFDVVRVH RPHRGVIETV YLRTPFSAGN ATT UniProtKB: Hexon protein |
-分子 #2: Coagulation factor X
分子 | 名称: Coagulation factor X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: coagulation factor Xa |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 55.286738 KDa |
配列 | 文字列: MGRPLHLVLL SASLAGLLLL GESLFIRREQ ANNILARVTR ANSFL(CGU)(CGU)MKK GHL(CGU)R(CGU)CM(CGU) (CGU)TCSY(CGU)(CGU)AR(CGU) VF(CGU)DSDKTN(CGU) FWNKYKDGDQ CETSPCQNQG KCKDGLGEYT CTCLEG FEG KNCELFTRKL ...文字列: MGRPLHLVLL SASLAGLLLL GESLFIRREQ ANNILARVTR ANSFL(CGU)(CGU)MKK GHL(CGU)R(CGU)CM(CGU) (CGU)TCSY(CGU)(CGU)AR(CGU) VF(CGU)DSDKTN(CGU) FWNKYKDGDQ CETSPCQNQG KCKDGLGEYT CTCLEG FEG KNCELFTRKL CSLDNGDCDQ FCHEEQNSVV CSCARGYTLA DNGKACIPTG PYPCGKQTLE RRKRSVAQAT SSSGEAP DS ITWKPYDAAD LDPTENPFDL LDFNQTQPER GDNNLTRIVG GQECKDGECP WQALLINEEN EGFCGGTILS EFYILTAA H CLYQAKRFKV RVGDRNTEQE EGGEAVHEVE VVIKHNRFTK ETYDFDIAVL RLKTPITFRM NVAPACLPER DWAESTLMT QKTGIVSGFG RTHEKGRQST RLKMLEVPYV DRNSCKLSSS FIITQNMFCA GYDTKQEDAC QGDSGGPHVT RFKDTYFVTG IVSWGEGCA RKGKYGIYTK VTAFLKWIDR SMKTRGLPKA KSHAPEVITS SPLK UniProtKB: Coagulation factor X |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 名称: Hepes |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 10000 / 平均電子線量: 81.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |