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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jd7 | ||||||
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タイトル | The novel asymmetric entry intermediate of a picornavirus captured with nanodiscs | ||||||
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![]() | VIRUS / picornavirus / entry intermediate | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA-protein covalent cross-linking / : / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C ...RNA-protein covalent cross-linking / : / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
![]() | Lee, H. / Shingler, K.L. / Organtini, L.J. / Ashley, R.E. / Makhov, A.M. / Conway, J.F. / Hafenstein, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The novel asymmetric entry intermediate of a picornavirus captured with nanodiscs. 著者: Hyunwook Lee / Kristin L Shingler / Lindsey J Organtini / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Susan Hafenstein / ![]() 要旨: Many nonenveloped viruses engage host receptors that initiate capsid conformational changes necessary for genome release. Structural studies on the mechanisms of picornavirus entry have relied on in ...Many nonenveloped viruses engage host receptors that initiate capsid conformational changes necessary for genome release. Structural studies on the mechanisms of picornavirus entry have relied on in vitro approaches of virus incubated at high temperatures or with excess receptor molecules to trigger the entry intermediate or A-particle. We have induced the coxsackievirus B3 entry intermediate by triggering the virus with full-length receptors embedded in lipid bilayer nanodiscs. These asymmetrically formed A-particles were reconstructed using cryo-electron microscopy and a direct electron detector. These first high-resolution structures of a picornavirus entry intermediate captured at a membrane with and without imposing icosahedral symmetry (3.9 and 7.8 Å, respectively) revealed a novel A-particle that is markedly different from the classical A-particles. The asymmetric receptor binding triggers minimal global capsid expansion but marked local conformational changes at the site of receptor interaction. In addition, viral proteins extrude from the capsid only at the site of extensive protein remodeling adjacent to the nanodisc. Thus, the binding of the receptor triggers formation of a unique site in preparation for genome release. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31380.068 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 571-851 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q66282, UniProt: Q5UEA3*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28877.592 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-332 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q66282, UniProt: Q5UEA3*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 26198.684 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 333-570 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q66282, UniProt: Q5UEA3*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 7379.065 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-69 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q66282, UniProt: Q5UEA3*PLUS |
#5: 化合物 | ChemComp-PLM / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human coxsackievirus B3 / タイプ: VIRUS |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / Temp: 102 K / 湿度: 90 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3) |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年11月21日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5875 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1362 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 9685 |
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解析
CTF補正 | 詳細: Each particle | ||||||||||||
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 / 粒子像の数: 57203 / ピクセルサイズ(公称値): 1.37 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.37 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: I) | ||||||||||||
原子モデル構築 | 手法: Real-space refinement / B value: 193 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: Initial local fitting was done using Chimera. Phenix was then used for real-space refinement. | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1COV PDB chain-ID: 4 / Accession code: 1COV / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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