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- PDB-3j7q: Structure of the idle mammalian ribosome-Sec61 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j7q
タイトルStructure of the idle mammalian ribosome-Sec61 complex
要素
  • (Ribosomal protein ...) x 42
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Sec61 alpha subunit
  • Sec61 beta subunit
  • Sec61 gamma subunit
キーワードRIBOSOME / mammalian / Sec61 / translocation / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of cell cycle => GO:0051726 / regulation of cell cycle => GO:0051726 / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) ...: / regulation of cell cycle => GO:0051726 / regulation of cell cycle => GO:0051726 / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein-transporting ATPase activity / embryonic brain development / translation at presynapse / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / organelle membrane / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / protein localization to nucleus / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-RNA complex assembly / protein targeting / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / cytosolic ribosome / rough endoplasmic reticulum / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of translation / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / protein tag activity / large ribosomal subunit / protein transport / ribosome biogenesis / presynapse / regulation of translation / heparin binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / membrane => GO:0016020 / cytoplasmic translation / postsynaptic density / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / synapse / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex ...: / : / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L18e signature. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L30, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein uL18 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 / 60S ribosomal protein L35a / 60S ribosomal protein L23a / 60S ribosomal protein L3 isoform a / 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L8 / 60S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L37 / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L7 / Protein transport protein Sec61 subunit gamma / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L28 isoform 2 / 60S ribosomal protein L13a isoform 1 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL15 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Ribosomal protein L18 / 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL29
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Voorhees, R.M. / Fernandez, I.S. / Scheres, S.H.W. / Hegde, R.S.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structure of the mammalian ribosome-Sec61 complex to 3.4 Å resolution.
著者: Rebecca M Voorhees / Israel S Fernández / Sjors H W Scheres / Ramanujan S Hegde /
要旨: Cotranslational protein translocation is a universally conserved process for secretory and membrane protein biosynthesis. Nascent polypeptides emerging from a translating ribosome are either ...Cotranslational protein translocation is a universally conserved process for secretory and membrane protein biosynthesis. Nascent polypeptides emerging from a translating ribosome are either transported across or inserted into the membrane via the ribosome-bound Sec61 channel. Here, we report structures of a mammalian ribosome-Sec61 complex in both idle and translating states, determined to 3.4 and 3.9 Å resolution. The data sets permit building of a near-complete atomic model of the mammalian ribosome, visualization of A/P and P/E hybrid-state tRNAs, and analysis of a nascent polypeptide in the exit tunnel. Unprecedented chemical detail is observed for both the ribosome-Sec61 interaction and the conformational state of Sec61 upon ribosome binding. Comparison of the maps from idle and translating complexes suggests how conformational changes to the Sec61 channel could facilitate translocation of a secreted polypeptide. The high-resolution structure of the mammalian ribosome-Sec61 complex provides a valuable reference for future functional and structural studies.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年9月3日ID: 3J72, 4W24, 4W25
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Structure summary
置き換え2014年12月10日ID: 4W24, 4W25
改定 1.22014年12月10日Group: Other
改定 1.32014年12月17日Group: Other
改定 1.42018年7月18日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_software / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id
改定 2.02019年10月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2650
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
5: 28S ribosomal RNA
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
A: Ribosomal protein uL2
B: Ribosomal protein uL3
C: Ribosomal protein uL4
D: Ribosomal protein uL18
E: Ribosomal protein eL6
F: Ribosomal protein uL30
G: Ribosomal protein eL8
H: Ribosomal protein uL6
I: Ribosomal protein uL16
J: Ribosomal protein uL5
L: Ribosomal protein eL13
M: Ribosomal protein eL14
N: Ribosomal protein eL15
O: Ribosomal protein uL13
P: Ribosomal protein uL22
Q: Ribosomal protein eL18
R: Ribosomal protein eL19
S: Ribosomal protein eL20
T: Ribosomal protein eL21
U: Ribosomal protein eL22
V: Ribosomal protein uL14
W: Ribosomal protein eL24
X: Ribosomal protein uL23
Y: Ribosomal protein uL24
Z: Ribosomal protein eL27
a: Ribosomal protein uL15
b: Ribosomal protein eL29
c: Ribosomal protein eL30
d: Ribosomal protein eL31
e: Ribosomal protein eL32
f: Ribosomal protein eL33
g: Ribosomal protein eL34
h: Ribosomal protein uL29
i: Ribosomal protein eL36
j: Ribosomal protein eL37
k: Ribosomal protein eL38
l: Ribosomal protein eL39
m: Ribosomal protein eL40
n: Ribosomal protein eL41
o: Ribosomal protein eL42
p: Ribosomal protein eL43
r: Ribosomal protein eL28
1: Sec61 alpha subunit
2: Sec61 gamma subunit
3: Sec61 beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,172,228181
ポリマ－2,168,87348
非ポリマー3,356133
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 578

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1206101.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: GenBank: 371913672
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: GenBank: 115552481

+
Ribosomal protein ... , 42種, 42分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...

#4: タンパク質 Ribosomal protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480Q387
#5: タンパク質 Ribosomal protein uL3


分子量: 44759.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480L253
#6: タンパク質 Ribosomal protein uL4


分子量: 41635.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A287AE76, UniProt: F1SJJ5*PLUS
#7: タンパク質 Ribosomal protein uL18


分子量: 34417.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A287ASD0
#8: タンパク質 Ribosomal protein eL6


分子量: 27052.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: Q2YGT9
#9: タンパク質 Ribosomal protein uL30


分子量: 26590.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480W0U3
#10: タンパク質 Ribosomal protein eL8


分子量: 30166.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A4X1W808
#11: タンパク質 Ribosomal protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: I3LP78
#12: タンパク質 Ribosomal protein uL16 / Protein QM homolog / Ribosomal protein L10


分子量: 24465.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: Q29195
#13: タンパク質 Ribosomal protein uL5


分子量: 20248.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: Q29205
#14: タンパク質 Ribosomal protein eL13


分子量: 24365.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A4X1TBV3
#15: タンパク質 Ribosomal protein eL14


分子量: 23383.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A1XQU3
#16: タンパク質 Ribosomal protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A286ZL65
#17: タンパク質 Ribosomal protein uL13


分子量: 23435.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A481CAM4
#18: タンパク質 Ribosomal protein uL22


分子量: 17757.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A287B386
#19: タンパク質 Ribosomal protein eL18


分子量: 21588.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A4X1W0N5
#20: タンパク質 Ribosomal protein eL19


分子量: 23567.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480VXS3
#21: タンパク質 Ribosomal protein eL20


分子量: 26103.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A287APR1
#22: タンパク質 Ribosomal protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: P49666
#23: タンパク質 Ribosomal protein eL22 / Heparin-binding protein HBp15


分子量: 14784.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: P67985
#24: タンパク質 Ribosomal protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480VZZ1
#25: タンパク質 Ribosomal protein eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A4X1SH42
#26: タンパク質 Ribosomal protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480KZ98
#27: タンパク質 Ribosomal protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A4X1V977
#28: タンパク質 Ribosomal protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A1XQU5
#29: タンパク質 Ribosomal protein uL15


分子量: 16631.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A4X1SN08
#30: タンパク質 Ribosomal protein eL29


分子量: 17545.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: Q95281
#31: タンパク質 Ribosomal protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A4X1TXJ8
#32: タンパク質 Ribosomal protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: P62901
#33: タンパク質 Ribosomal protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: Q6QAT0
#34: タンパク質 Ribosomal protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480KUB2
#35: タンパク質 Ribosomal protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: Q29223
#36: タンパク質 Ribosomal protein uL29


分子量: 14591.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: Q29361
#37: タンパク質 Ribosomal protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480QBP0
#38: タンパク質 Ribosomal protein eL37


分子量: 10102.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480UVT3
#39: タンパク質 Ribosomal protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: F2Z568
#40: タンパク質 Ribosomal protein eL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A4X1VIM4
#41: タンパク質 Ribosomal protein eL40 / CEP52 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: P63053
#42: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas
#43: タンパク質 Ribosomal protein eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480LCM6
#44: タンパク質 Ribosomal protein eL43


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480WPS5
#45: タンパク質 Ribosomal protein eL28


分子量: 14301.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480YX24

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タンパク質 , 2種, 2分子 12

#46: タンパク質 Sec61 alpha subunit


分子量: 52279.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480EHF8
#47: タンパク質 Sec61 gamma subunit


分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: A0A480WFL1

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 3

#48: タンパク質・ペプチド Sec61 beta subunit


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas

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非ポリマー , 2種, 133分子

#49: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#50: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The ribosome-Sec61 complex purified from porcine pancreas
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin
pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil R2/2 400 mesh copper grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 120 K
詳細: 3 uL sample was incubated on the grid for 30 seconds and blotted for 9 seconds before being plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年4月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 104478 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / 温度: 70 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
詳細: Back-thinned
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1REFMACモデルフィッティング
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Single particle / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80019 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 37 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-factor and FSC / 詳細: METHOD--Maximum likelihood
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
13J3B

3j3b
PDB 未公開エントリ

1
23J3F

3j3f
PDB 未公開エントリ

1
精密化解像度: 3.5→268 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.856 / SU B: 22.493 / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / ESU R: 0.873
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2823 722418 -
obs0.2823 -100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.35 Å2 / Biso mean: 48.645 Å2 / Biso min: 14.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0.22 Å2-1.11 Å2
2---1.22 Å20.01 Å2
3---1.16 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0110.014150793
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0050.0293579
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.9161.5218388
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.6213219530
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg28.5197.0418037
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg38.91220.9442299
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg22.7031510642
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg23.16115709
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.6150.21824826
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.020.02105984
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0050.0234523
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it1.8144.03225785
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other1.8134.03225784
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.2146.03732156
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.406 53450 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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