+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j3x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Independent reconstruction of Mm-cpn cryo-EM density map from half dataset in the closed state (training map) | ||||||
要素 | Chaperonin | ||||||
キーワード | CHAPERONE / modeling / independent reconstruction / cryo-EM model validation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chaperonin-containing T-complex / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanococcus maripaludis (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | DiMaio, F. / Zhang, J. / Chiu, W. / Baker, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2013 タイトル: Cryo-EM model validation using independent map reconstructions. 著者: Frank DiMaio / Junjie Zhang / Wah Chiu / David Baker / 要旨: An increasing number of cryo-electron microscopy (cryo-EM) density maps are being generated with suitable resolution to trace the protein backbone and guide sidechain placement. Generating and ...An increasing number of cryo-electron microscopy (cryo-EM) density maps are being generated with suitable resolution to trace the protein backbone and guide sidechain placement. Generating and evaluating atomic models based on such maps would be greatly facilitated by independent validation metrics for assessing the fit of the models to the data. We describe such a metric based on the fit of atomic models with independent test maps from single particle reconstructions not used in model refinement. The metric provides a means to determine the proper balance between the fit to the density and model energy and stereochemistry during refinement, and is likely to be useful in determining values of model building and refinement metaparameters quite generally. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j3x.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3j3x.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j3x_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3j3x_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3j3x_validation.xml.gz | 180.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j3x_validation.cif.gz | 275.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/3j3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/3j3x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57211.828 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanococcus maripaludis (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q877G8 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mm-cpn with 1mM ATP/AlFx / タイプ: COMPLEX / 詳細: 16-mer |
---|---|
分子量 | 値: 0.96 MDa / 実験値: NO |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % 詳細: Blotted once for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III) 手法: 1 blot 3 seconds |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC / 日付: 2008年2月29日 |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 80000 X / 倍率(補正後): 112000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 4.1 mm 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification. カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / 資料ホルダタイプ: side-entry / 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター 上限: 10 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: EMAN / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: Each micrograph | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: D8 (2回x8回 2面回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Projection matching / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 22571 / ピクセルサイズ(公称値): 1.3 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.3 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: D8) / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1Q3Q Accession code: 1Q3Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
|