PDB-3zdh: Crystal structure of Ls-AChBP complexed with carbamoylcholine ana...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zdh

タイトル

Crystal structure of Ls-AChBP complexed with carbamoylcholine analogue N,N-dimethyl-4-(1-methyl-1H-imidazol-2-yloxy)butan-2-amine

要素

ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

キーワード

ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.195 Å

データ登録者

Ussing, C.A. / Hansen, C.P. / Petersen, J.G. / Jensen, A.A. / Rohde, L.A.H. / Ahring, P.K. / Nielsen, E.O. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Frolund, B. / Balle, T.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Synthesis, Pharmacology, and Biostructural Characterization of Novel Alpha(4)Beta(2) Nicotinic Acetylcholine Receptor Agonists.
著者: Ussing, C.A. / Hansen, C.P. / Petersen, J.G. / Jensen, A.A. / Rohde, L.A.H. / Ahring, P.K. / Nielsen, E.O. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Frolund, B. / Balle, T.

履歴

登録	2012年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月27日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zdh.cif.gz	422 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zdh.ent.gz	350 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zdh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zdh_validation.pdf.gz	541.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zdh_full_validation.pdf.gz	556.4 KB	表示
XML形式データ	3zdh_validation.xml.gz	78.8 KB	表示
CIF形式データ	3zdh_validation.cif.gz	110.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/3zdh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zdgSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u8n-4 3zdg-4 3u8m-4 3zdg-2 3u8k-4 4um1-d 4um3-8 3u8n-3 4um3-1 3u8j-2 1uw6-3 3u8m-2 4alx-1 4um3-5 4um3-4 4um3-6 4nzb-3 3u8m-3 3wip-2 3u8l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

B: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

C: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

D: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

E: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

F: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

G: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

H: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

I: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

J: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

241 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

B: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

C: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

D: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

E: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

G: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

H: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

I: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

J: ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.334, 143.822, 115.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 1:39 OR RESSEQ 48:155 OR RESSEQ...

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.332179, 0.92139, -0.201737), (-0.942145, 0.334317, -0.02441), (0.044953, 0.198174, 0.979135)
ベクター: 41.6481, 21.5204, 2.13901)

#1: タンパク質

ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / ACH-BINDING PROTEIN / ACHBP

分子量: 23862.523 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

LYMNAEA STAGNALIS (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主:

SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P58154

#2: 化合物

ChemComp-XRS / (2R)-N,N-dimethyl-4-(1-methylimidazol-2-yl)oxy-butan-2-amine

分子量: 197.277 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₉N₃O

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

配列の詳細

THE UNIPROT SEQUENCE INCLUDES THE SIGNAL PEPTIDE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS (PH 8.5), 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 2 % PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日 / 詳細: DOUBLE MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→19.68 Å / Num. obs: 115372 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.19→2.31 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZDG

3zdg

解像度: 2.195→19.684 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: MLHL / 詳細: RESIDUES 156-162 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2449	2004	1.7 %
R_work	0.1912	-	-
obs	0.1921	115174	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.195→19.684 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16028	0	178	1009	17215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16743
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.103	22832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.968	6263
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	2599
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2935

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1486	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1486	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063
1	3	C	1496	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
1	4	D	1512	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	5	E	1496	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
1	6	F	1495	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	7	G	1480	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
1	8	H	1505	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	9	I	1488	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	10	J	1499	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1947-2.273	0.3384	186	0.2633	10333	X-RAY DIFFRACTION	91
2.273-2.3638	0.3095	194	0.2374	11303	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3638-2.4712	0.288	204	0.2281	11268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4712-2.6013	0.2888	206	0.2146	11314	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6013-2.7638	0.2666	197	0.2054	11374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7638-2.9765	0.2683	206	0.2083	11369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9765-3.2749	0.2596	196	0.1973	11417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2749-3.7459	0.2398	201	0.1805	11417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7459-4.7087	0.1982	208	0.1535	11552	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7087-19.6845	0.2061	206	0.1745	11823	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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