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- PDB-3wpn: Kinesin spindle protein Eg5 in complex with ATP-competitive inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wpn
タイトルKinesin spindle protein Eg5 in complex with ATP-competitive inhibitor PVZB1194
要素Kinesin-like protein KIF11
キーワードCELL CYCLE / motor domain / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / spindle organization / kinesin complex / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / spindle organization / kinesin complex / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / mitotic spindle / spindle pole / spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cell division / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B4S / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Katoh, S. / Fujii, S.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of new allosteric inhibition in Kinesin spindle protein eg5
著者: Yokoyama, H. / Sawada, J. / Katoh, S. / Matsuno, K. / Ogo, N. / Ishikawa, Y. / Hashimoto, H. / Fujii, S. / Asai, A.
履歴
登録2014年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1952
ポリマ－42,8761
非ポリマー3191
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.912, 95.425, 59.015
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / Kinesin spindle protein Eg5


分子量: 42875.633 Da / 分子数: 1 / 断片: motor domain, residues 1-369 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EG5, KIF11 / プラスミド: pColdIII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P52732
#2: 化合物 ChemComp-B4S / 3'-fluoro-4'-(trifluoromethyl)biphenyl-4-sulfonamide / PVZB-1194


分子量: 319.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H9F4NO2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 19% PEG3350, 0.1M MES, 0.2M NaNO3, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月4日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 10303 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 65.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 38.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0044精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q0B

1q0b


解像度: 2.8→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 14.955 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29008 1017 9.9 %RANDOM
Rwork0.22455 ---
obs0.23121 9251 97.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2434 0 21 8 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222492
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.9893369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4215304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.68523.981108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.39415465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.351520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1146.3141231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6749.4421530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7056.7591261
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7096.7681257
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5129.9161834
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.61351.6423587
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.6151.6353587
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.798→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 70 -
Rwork0.289 661 -
obs--99.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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