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- PDB-3zcw: Eg5 - New allosteric binding site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zcw
タイトルEg5 - New allosteric binding site
要素KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11
キーワードCELL CYCLE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / spindle / spindle pole / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / ciliary basal body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4A2 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.691 Å
データ登録者Ulaganathan, V. / Talapatra, S.K. / Kozielski, F. / Pannifer, A.D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into a Unique Inhibitor Binding Pocket in Kinesin Spindle Protein.
著者: Ulaganathan, V. / Talapatra, S.K. / Rath, O. / Pannifer, A.D. / Hackney, D.D. / Kozielski, F.
履歴
登録2012年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Structure summary
改定 1.22013年2月27日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5227
ポリマ－38,8071
非ポリマー1,7156
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.940, 62.890, 75.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2032-

HOH

21A-2194-

HOH

31A-2203-

HOH

41A-2448-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 KINESIN-LIKE PROTEIN KIF11 / KINESIN-LIKE PROTEIN 1 / KINESIN-LIKE SPINDLE PROTEIN HKSP / KINESIN-RELATED MOTOR PROTEIN EG5 / ...KINESIN-LIKE PROTEIN 1 / KINESIN-LIKE SPINDLE PROTEIN HKSP / KINESIN-RELATED MOTOR PROTEIN EG5 / THYROID RECEPTOR-INTERACTING PROTEIN 5 / TR-INTERACTING PROTEIN 5 / TRIP-5


分子量: 38807.059 Da / 分子数: 1 / 断片: MOTOR DOMAIN, RESIDUES 16-363 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODON PLUS / 参照: UniProt: P52732

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非ポリマー , 6種, 456分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-4A2 / (2E)-2-(3-fluoranyl-4-methoxy-phenyl)imino-1-[[2-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-3H-benzimidazole-5-carboxylic acid


分子量: 459.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H17F4N3O3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.9
詳細: 20% PEG3350, 2MM MAGNESIUM CHLORIDE, 100MM HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→36.96 Å / Num. obs: 49475 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 21.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.69→1.78 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WOG

2wog


解像度: 1.691→28.468 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 2504 5.1 %
Rwork0.1941 --
obs0.196 49418 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.812 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5704 Å20 Å2-3.116 Å2
2---0.0374 Å20 Å2
3---2.6078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.691→28.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 0 113 450 3059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4143750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9651071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.691-1.72350.29911440.30072543X-RAY DIFFRACTION98
1.7235-1.75870.28171420.27122556X-RAY DIFFRACTION99
1.7587-1.79690.31421350.25542649X-RAY DIFFRACTION100
1.7969-1.83870.30361480.24412609X-RAY DIFFRACTION99
1.8387-1.88470.27241430.26462592X-RAY DIFFRACTION99
1.8847-1.93570.40281390.35462578X-RAY DIFFRACTION99
1.9357-1.99260.25071350.24762607X-RAY DIFFRACTION99
1.9926-2.05690.22241370.17932621X-RAY DIFFRACTION100
2.0569-2.13040.21411260.18492623X-RAY DIFFRACTION99
2.1304-2.21570.26491410.19872609X-RAY DIFFRACTION99
2.2157-2.31640.33091540.27992581X-RAY DIFFRACTION99
2.3164-2.43850.21911440.18672593X-RAY DIFFRACTION100
2.4385-2.59120.23041620.17722617X-RAY DIFFRACTION100
2.5912-2.79110.26141360.18192621X-RAY DIFFRACTION99
2.7911-3.07170.24831380.17552619X-RAY DIFFRACTION99
3.0717-3.51550.1891290.16532638X-RAY DIFFRACTION99
3.5155-4.42640.19741150.15382612X-RAY DIFFRACTION97
4.4264-28.47210.16681360.172646X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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