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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wif | ||||||
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タイトル | Crystal structure of anti-prostaglandin E2 Fab fragment 9Cl-PGF2beta complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / immunogloblin / Anti-Prostaglandin E2 antibody / Prostaglandin E2 | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-ON5 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Sugahara, M. / Ago, H. / Saino, H. / Miyano, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of anti-Prostaglandin E2 Fab fragment with Prostaglandin E2 著者: Sugahara, M. / Ago, H. / Saino, H. / Miyano, M. / Kurahashi, Y. / Aoyama, S. / Takehira, M. / Yutani, K. / Yamamoto, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wif.cif.gz | 116.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wif.ent.gz | 87.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wif.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3wif_validation.pdf.gz | 689 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3wif_full_validation.pdf.gz | 691.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3wif_validation.xml.gz | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3wif_validation.cif.gz | 40.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/3wif | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23511.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma |
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#2: 抗体 | 分子量: 23893.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: Hybridoma |
#3: 化合物 | ChemComp-ON5 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE REFERENCE SEQUENCE OF CHAIN A IS BAL50003 AND CHAIN B IS BAL50004 IN GENBANK. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: oil microbatch / pH: 5 詳細: 0.1M Na acetate, 25%(w/v) PEG3350, pH 5.0, OIL MICROBATCH, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) DOUBL CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→35.64 Å / Num. obs: 53235 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 7287 / % possible all: 94.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2DDQ 解像度: 1.7→35.33 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8959 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 17.19 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: The structure was refined also with REFMAC5 and CNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.11 Å2 / Biso mean: 20.8515 Å2 / Biso min: 3.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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