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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pds | ||||||
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タイトル | Irreversible Agonist-Beta2 Adrenoceptor Complex | ||||||
要素 | Fusion protein Beta-2 adrenergic receptor/Lysozyme | ||||||
キーワード | Membrane Protein/Hydrolase / GPCR / signaling / beta adrenergic agonist / fusion protein / Membrane Protein-Hydrolase complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / positive regulation of AMPA receptor activity / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine binding / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / Adrenoceptors / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / positive regulation of AMPA receptor activity / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine binding / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / heat generation / Adrenoceptors / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / negative regulation of multicellular organism growth / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / response to psychosocial stress / endosome to lysosome transport / adrenergic receptor signaling pathway / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of protein kinase A signaling / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / brown fat cell differentiation / regulation of sodium ion transport / viral release from host cell by cytolysis / response to cold / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / lysozyme / lysozyme activity / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / lysosome / early endosome / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / endosome / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Rosenbaum, D.M. / Zhang, C. / Lyons, J.A. / Holl, R. / Aragao, D. / Arlow, D.H. / Rasmussen, S.G.F. / Choi, H.-J. / DeVree, B.T. / Sunahara, R.K. ...Rosenbaum, D.M. / Zhang, C. / Lyons, J.A. / Holl, R. / Aragao, D. / Arlow, D.H. / Rasmussen, S.G.F. / Choi, H.-J. / DeVree, B.T. / Sunahara, R.K. / Chae, P.S. / Gellman, S.H. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Weis, W.I. / Caffrey, M. / Gmeiner, P. / Kobilka, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2011 タイトル: Structure and function of an irreversible agonist-beta(2) adrenoceptor complex 著者: Rosenbaum, D.M. / Zhang, C. / Lyons, J.A. / Holl, R. / Aragao, D. / Arlow, D.H. / Rasmussen, S.G.F. / Choi, H.J. / Devree, B.T. / Sunahara, R.K. / Chae, P.S. / Gellman, S.H. / Dror, R.O. / ...著者: Rosenbaum, D.M. / Zhang, C. / Lyons, J.A. / Holl, R. / Aragao, D. / Arlow, D.H. / Rasmussen, S.G.F. / Choi, H.J. / Devree, B.T. / Sunahara, R.K. / Chae, P.S. / Gellman, S.H. / Dror, R.O. / Shaw, D.E. / Weis, W.I. / Caffrey, M. / Gmeiner, P. / Kobilka, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pds.cif.gz | 194 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pds.ent.gz | 153.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pds.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pds_validation.pdf.gz | 873.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3pds_full_validation.pdf.gz | 878 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3pds_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pds_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pds ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/3pds | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2rh1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52453.273 Da / 分子数: 1 / 変異: H93C,N187E,C265A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P07550, UniProt: P00720, lysozyme |
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#2: 化合物 | ChemComp-ERC / |
#3: 化合物 | ChemComp-CLR / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 19 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.7 詳細: 26 %(v/v) PEG 400, 200 mM Li2SO4, 4 %(v/v) DMSO, 3.5 %(v/v) 1,4-butandediol, 100 mM MES pH 6.7, Lipidic Cubic Phase, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月30日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→65 Å / Num. all: 10025 / Num. obs: 9385 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.202 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2RH1 解像度: 3.5→65.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8466 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7701 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 81.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.879 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→65.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.91 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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