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万見
- PDB-3oh1: Protein structure of USP from L. major bound to URIDINE-5'-DIPHOS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oh1
タイトルProtein structure of USP from L. major bound to URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-Galacturonic acid
要素UDP-sugar pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / left handed beta helix / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / UDP sugar pyrophosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase / uridylyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 - #30 / UDP-sugar pyrophosphorylase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex ...UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 - #30 / UDP-sugar pyrophosphorylase / UDPGP family / UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UGB / UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.-C. / Lamerz, A. / Routier, F. / Ficner, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the broad substrate range of the UDP-sugar pyrophosphorylase from Leishmania major.
著者: Dickmanns, A. / Damerow, S. / Neumann, P. / Schulz, E.C. / Lamerz, A.C. / Routier, F.H. / Ficner, R.
履歴
登録2010年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-sugar pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3044
ポリマ－70,5401
非ポリマー7643
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.226, 122.320, 61.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-657-

HOH

21A-691-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UDP-sugar pyrophosphorylase


分子量: 70539.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: 5ASKH / 遺伝子: USP / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D3G6S4, UTP-monosaccharide-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-UGB / (2S,3R,4S,5R,6R)-6-[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-hydroxy-phosphoryl]oxy-3,4,5-trihydroxy-oxane-2-carboxylic acid / ウリジン5′-二りん酸β-(α-D-ガラクトピラヌロノシル)


分子量: 580.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N2O18P2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1-0.2 M sodium tartrate, 16-20% PEG5000, 10 mM DTT, pH 7-8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 292K
PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. all: 39888 / Num. obs: 39879 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 33.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.044 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.18-2.265.70.30140221.038100
2.26-2.355.80.42139511.02199.3
2.35-2.466.40.18340010.953100
2.46-2.586.50.11939640.996100
2.58-2.756.40.08840060.994100
2.75-2.966.50.05839741.082100
2.96-3.266.50.04440201.008100
3.26-3.736.40.03740041.008100
3.73-4.76.40.02640260.99100
4.7-506.10.02439111.00696.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3OGZ

3ogz


解像度: 2.18→29.509 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 1840 4.87 %RANDOM
Rwork0.1996 ---
obs0.2017 37777 94.2 %-
all-39879 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.856 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 257.93 Å2 / Biso mean: 60.5152 Å2 / Biso min: 24.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.0927 Å2-0 Å2-0.8422 Å2
2---8.1125 Å20 Å2
3---0.0198 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.33 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→29.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4522 0 49 219 4790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3766397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0371769
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.18-2.23750.5912940.57591877197164
2.2375-2.30330.54931420.5172419256183
2.3033-2.37760.36881330.29562505263886
2.3776-2.46260.25731500.20642885303599
2.4626-2.56110.22481450.186129193064100
2.5611-2.67760.25311670.192528963063100
2.6776-2.81870.27951490.191729233072100
2.8187-2.99510.26721520.194129323084100
2.9951-3.22610.19391460.178129213067100
3.2261-3.55030.22381390.17332921306099
3.5503-4.06290.19331480.16442923307199
4.0629-5.11450.17171290.136729773106100
5.1145-29.51130.17061460.15032839298596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.80710.5472-1.28680.91430.33081.44350.2088-0.13950.28340.5636-0.16050.35990.5597-0.19130.01370.5655-0.26750.15680.5203-0.09750.6457.805229.880148.4837
21.45060.53991.17020.67181.05921.8303-0.3940.14270.9949-0.67610.024-0.3955-1.25380.45050.27110.9982-0.4450.03870.5730.03311.275931.126912.816324.5405
31.2525-0.25230.27252.1650.31972.08980.1767-0.01120.0711-0.0199-0.1593-0.3028-0.0860.0069-0.01010.2657-0.0480.01240.27060.04750.23539.521-6.632724.5975
41.25740.22431.10180.50910.871.9208-0.05450.2722-0.2702-0.31420.11770.0834-0.42360.3569-0.07060.7127-0.2057-0.11410.5179-0.02820.452814.778625.861530.2983
52.64181.4560.99771.10450.52760.7179-0.0250.13630.3607-0.1617-0.41480.82720.1857-0.30820.37510.5253-0.2112-0.05140.4809-0.1420.77865.74825.654538.0471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:76)A1 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 77:85 or resid 300:356)A77 - 85
3X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 77:85 or resid 300:356)A300 - 356
4X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)A86 - 195
5X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)A224 - 299
6X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)A357 - 378
7X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resid 86:195 or resid 224:299 or resid 357:378 or resid 406:615)A406 - 615
8X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resid 379:405)A379 - 405
9X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resid 196:223)A196 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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