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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nn7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thermolysin in complex with 2-bromoacetate | ||||||
要素 | Thermolysin | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Protease / Fragment soaking / Metalloprotease / Metal-binding / Secreted / Zymogen / 2-Bromoacetate / Fragment-based lead discovery | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Behnen, J. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012 タイトル: Experimental and computational active site mapping as a starting point to fragment-based lead discovery. 著者: Behnen, J. / Koster, H. / Neudert, G. / Craan, T. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nn7.cif.gz | 79.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nn7.ent.gz | 57.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nn7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3nn7_validation.pdf.gz | 446.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3nn7_full_validation.pdf.gz | 447.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3nn7_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3nn7_validation.cif.gz | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nn7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3ms3C 3msaC 3msfC 3msnC 3n21C 3n4aC 3n9wC 3nx8C 3pczC 3prsC 3pvkC 3pwwC 2a7gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-BXA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM Tris/HCl, 50 % DMSO, 1.8 M CsCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→25 Å / Num. obs: 20506 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 18.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 971 / Rsym value: 0.497 / % possible all: 94.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 2A7G 解像度: 2.05→10 Å / Num. parameters: 10317 / Num. restraintsaints: 10068 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 2236 / Occupancy sum non hydrogen: 2573.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.09 Å / Num. reflection obs: 19520 |