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Yorodumi- PDB-3mcy: Crystal structure of FimH lectin domain bound to biphenyl mannosi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3mcy | ||||||
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Title | Crystal structure of FimH lectin domain bound to biphenyl mannoside meta-methyl ester. | ||||||
Components | FimH | ||||||
Keywords | carbohydrate binding protein / lectin / mannoside / immunogobulin fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Ford, B.A. / Hultgren, S.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2010 Title: Structure-based drug design and optimization of mannoside bacterial FimH antagonists. Authors: Han, Z. / Pinkner, J.S. / Ford, B. / Obermann, R. / Nolan, W. / Wildman, S.A. / Hobbs, D. / Ellenberger, T. / Cusumano, C.K. / Hultgren, S.J. / Janetka, J.W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3mcy.cif.gz | 259.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3mcy.ent.gz | 212.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3mcy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3mcy_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3mcy_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 3mcy_validation.xml.gz | 29.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3mcy_validation.cif.gz | 40 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mc/3mcy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1uwfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ADBC
#1: Protein | Mass: 19496.621 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: FimH lectin domain, UNP residues 22-196 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: J96 / Gene: fimH / Plasmid: pTRC99a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C600 / References: UniProt: Q9S497 |
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-Non-polymers , 5 types, 195 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZH1 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.2 Å3/Da / Density % sol: 70.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Co-crystallized FimH/mannoside 8a in 20% ethanol, 100mM imidazole pH 8.0, 200mM MgCl2. Crystals diffract only after incubation in stabilizing solution containing 15% ethanol, 100mM imidazole ...Details: Co-crystallized FimH/mannoside 8a in 20% ethanol, 100mM imidazole pH 8.0, 200mM MgCl2. Crystals diffract only after incubation in stabilizing solution containing 15% ethanol, 100mM imidazole pH 8.0, 200mM MgCl2, 10% PEG200, 5% glycerol and 1mM compound 8a, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: NOIR-1 / Detector: CCD / Date: Feb 19, 2009 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock monochromator 1: double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→70.3 Å / Num. all: 30391 / Num. obs: 30391 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 35.3 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 15.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1UWF Resolution: 2.9→59.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 24.793 / SU ML: 0.226 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.509 / ESU R Free: 0.306 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.316 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→59.95 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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