PDB-3m94: Complex crystal structure of Ascaris suum eIF4E-3 with m2,2,7G cap

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3m94

タイトル

Complex crystal structure of Ascaris suum eIF4E-3 with m2,2,7G cap

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
Translation initiation factor 4E

キーワード

TRANSLATION / eIF4E / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / mTORC1-mediated signalling / TOR signaling / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ascaris suum (かいちゅう)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Liu, W. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for nematode eIF4E binding an m2,2,7G-Cap and its implications for translation initiation.
著者: Liu, W. / Jankowska-Anyszka, M. / Piecyk, K. / Dickson, L. / Wallace, A. / Niedzwiecka, A. / Stepinski, J. / Stolarski, R. / Darzynkiewicz, E. / Kieft, J. / Zhao, R. / Jones, D.N. / Davis, R.E.

履歴

登録	2010年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3m94.cif.gz	56.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3m94.ent.gz	40.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3m94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3m94_validation.pdf.gz	700.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3m94_full_validation.pdf.gz	701.9 KB	表示
XML形式データ	3m94_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	3m94_validation.cif.gz	9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m94	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m93C 2v8wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m93-d 5syn-2 5ubb-d 1ej4-d 1wdu-2 6zys-2 5ypi-5 6a8d-d 6ogo-2 1lm4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

C: ACETYL GROUP

ヘテロ分子

24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.977, 104.977, 46.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	Translation initiation factor 4E 分子量: 22169.328 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 49-236 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / 株: Ascaris suum / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6PKX2
#2: タンパク質・ペプチド	Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 / eIF4E-binding protein 1 / 4E-BP1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by ...eIF4E-binding protein 1 / 4E-BP1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by insulin 1 / PHAS-I 分子量: 2144.564 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 51-67 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13541
#3: 化合物	ChemComp-M7M / N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) 分子量: 487.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₃N₅O₁₁P₂
#4: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% MMG PEG 2000, 0.2 M (NH4)2SO4 and 100 mM Na-Critate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 15993 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2v8W

2v8w

解像度: 2.05→19.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 9.344 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2443	1632	10.2 %	RANDOM
R_work	0.20363	-	-	-
obs	0.20766	14361	99.03 %	-
all	-	15993	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.338 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1558	0	34	39	1631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.266	1.957	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.326	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.119	23.718	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.506	15	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.214	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.532	1.5	959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.99	2	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.639	3	673
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.482	4.5	688
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.104 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	120	-
R_work	0.251	980	-
obs	-	-	94.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9018	-2.6338	-2.6045	2.9678	0.8921	7.6313	0.0259	0.094	-0.0768	0.1704	-0.0132	0.2205	0.0575	-0.2981	-0.0128	0.263	0.0078	0.077	0.15	-0.0424	0.2217	-17.3442	31.1416	21.2971
2	5.1529	-1.5646	-1.6813	7.0516	4.4347	6.0217	-0.0109	0.3446	-0.2618	-0.0538	0.1747	0.0003	0.2077	0.0797	-0.1638	0.1304	0.0115	-0.0545	0.1826	-0.0641	0.1093	-8.585	20.3185	7.5596
3	1.4833	-0.1726	-2.2494	5.6227	4.08	9.4305	0.1151	0.7174	-0.1191	-0.8883	-0.0477	-0.0441	-0.1021	0.0724	-0.0674	0.5062	0.1369	0.0362	0.8037	-0.1725	0.311	-4.8953	13.9831	-3.0611
4	1.3571	0.1489	-0.1757	5.0508	1.9425	2.7252	0.1908	0.0945	-0.053	0.1742	-0.0391	-0.0719	0.144	-0.1481	-0.1516	0.0872	-0.0116	-0.0548	0.1296	-0.0367	0.1671	-13.9631	18.6478	15.9373
5	3.7236	-0.2989	0.8907	7.912	-0.1115	4.3436	0.2014	0.3023	-0.56	-0.3359	0.0553	0.055	0.4495	0.3715	-0.2567	0.1318	0.0771	-0.0606	0.1318	-0.1524	0.2107	-3.6359	13.4879	8.664
6	7.3454	-3.0246	-6.888	4.5724	1.2919	9.4645	0.1747	0.802	0.3012	-0.5204	-0.0573	-0.2368	0.1577	-0.0573	-0.1174	0.1366	0.021	0.0042	0.4669	-0.002	0.1792	-3.435	26.7541	4.0054
7	9.9506	-1.8807	3.7641	8.7322	-4.2673	7.6093	0.1604	0.93	0.5859	-0.2795	0.0704	-0.3266	-0.1812	0.2116	-0.2308	0.1559	-0.0246	0.0938	0.2741	-0.0637	0.1846	3.3979	29.0722	3.3609
8	3.4716	3.2566	-1.6164	9.3254	-2.5391	4.8702	-0.1655	-0.2881	-0.6877	0.0121	0.269	-0.3346	0.8764	0.3866	-0.1035	0.2283	0.1094	-0.1088	0.2302	-0.0581	0.388	6.0959	11.3354	18.2919
9	2.8396	0.0497	0.9283	5.8788	0.8958	2.7236	0.1967	-0.0632	-0.0731	0.1914	-0.0476	-0.2384	0.0378	0.271	-0.1491	0.0968	0.0036	-0.0314	0.1777	-0.0689	0.1726	-2.2618	23.5019	20.9465
10	4.1511	0.3454	1.2562	0.094	-0.3326	3.3909	0.2469	0.3214	-0.2599	0.0029	-0.038	-0.0233	0.1304	0.6291	-0.2089	0.1167	0.0481	0.0446	0.2573	-0.182	0.2997	2.1328	19.5347	11.4618
11	4.9571	2.5005	0.8261	5.6772	-0.2834	3.8077	-0.0163	0.5189	0.4593	-0.272	0.1914	-0.1913	-0.273	0.7491	-0.1751	0.0755	-0.0237	0.0419	0.2969	-0.1177	0.2331	7.2245	29.2759	12.0646
12	6.1306	3.9274	-0.6978	8.5059	-2.7854	4.9128	0.2446	-0.4837	-0.0782	0.5476	-0.017	-0.2004	-0.0282	0.0697	-0.2276	0.0957	0.0134	-0.06	0.2038	-0.1127	0.15	6.4469	25.5101	23.7943
13	5.2389	-1.3188	1.4209	4.579	-3.6971	9.613	0.0899	0.017	-0.3307	-0.172	-0.0466	-0.386	0.7574	0.4722	-0.0433	0.147	0.0289	-0.0179	0.2235	-0.1028	0.287	12.1174	20.2939	16.9283
14	7.5387	-3.9791	-7.1793	4.09	6.146	9.8317	0.1343	-0.1251	0.4991	-0.3184	0.0422	-0.2647	-0.2726	0.283	-0.1764	0.278	0.1168	0.1652	0.4316	0.1155	0.6217	17.8339	23.5461	10.397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	52 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	62 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	85 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	95 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	103 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	113 - 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	126 - 145
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	146 - 161
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	162 - 176
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	177 - 188
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	189 - 200
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	201 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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