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- PDB-3g76: Crystal structure of XIAP-BIR3 in complex with a bivalent compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g76
タイトルCrystal structure of XIAP-BIR3 in complex with a bivalent compound
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
キーワードLIGASE / Apoptosis / IAP / SmacDIABLO / peptidomimetics / pro-apoptotic drugs / Cytoplasm / Metal-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Protease inhibitor / Thiol protease inhibitor / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process ...regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / Regulation of the apoptosome activity / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of innate immune response / protein K63-linked ubiquitination / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon production / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of JNK cascade / Regulation of necroptotic cell death / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZ3 / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Cossu, F. / Milani, M. / Mastrangelo, E. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for bivalent smac-mimetics recognition in the IAP protein family
著者: Cossu, F. / Milani, M. / Mastrangelo, E. / Vachette, P. / Servida, F. / Lecis, D. / Canevari, G. / Delia, D. / Drago, C. / Rizzo, V. / Manzoni, L. / Seneci, P. / Scolastico, C. / Bolognesi, M.
履歴
登録2009年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
G: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
H: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,25824
ポリマ－112,9818
非ポリマー8,27716
水9,098505
1
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1573
ポリマ－14,1231
非ポリマー1,0352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1573
ポリマ－14,1231
非ポリマー1,0352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1573
ポリマ－14,1231
非ポリマー1,0352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1573
ポリマ－14,1231
非ポリマー1,0352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1573
ポリマ－14,1231
非ポリマー1,0352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1573
ポリマ－14,1231
非ポリマー1,0352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1573
ポリマ－14,1231
非ポリマー1,0352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Baculoviral IAP repeat-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1573
ポリマ－14,1231
非ポリマー1,0352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.077, 119.077, 105.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / X-linked inhibitor of ...E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP / IAP-like protein / HILP


分子量: 14122.637 Da / 分子数: 8 / 断片: BIR3 domain, UNP residues 241-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CZ3 / 1,1'-{hexa-2,4-diyne-1,6-diylbis[oxy{(2S,3R)-2-[(N-methyl-L-alanyl)amino]-1-oxobutane-3,1-diyl}(2S)pyrrolidine-1,2-diylmethanediyl]}bis[5-(phenylsulfanyl)-1H-tetrazole] / 3,3′-[2,4-ヘキサジイン-1,6-ジイルビス(オキシ)]ビス[(2S,3R)-1-[(2S)-2-[5-(フェ(以下略)


分子量: 969.189 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H60N14O6S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: 20% PEG MME 2000, 60mM sodium acetate tri-hydrate, 120mM Ammonium sulfate, 400mM sodium-potassium tartrate tetra-hydrate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日
詳細: Liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator and a cylindrical grazing incidence mirror
放射モノクロメーター: high resolution Si(311) cut and a lower resolution Si(111) cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. obs: 33440 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101
反射 シェル最高解像度: 3 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4861

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BIR3 DOMAIN FROM PDB ENTRY 3CLX

3clx


解像度: 3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.613 / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.311 1688 5.1 %RANDOM
Rwork0.231 31727 --
obs0.235 33415 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 172.64 Å2 / Biso mean: 72.888 Å2 / Biso min: 4.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å21.33 Å20 Å2
2--2.66 Å20 Å2
3----4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6533 0 552 505 7590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0422.0089889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9855794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39724.094342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.837151065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5951528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6091.54018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.38326403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.20433281
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.964.53486
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 116 -
Rwork0.285 2325 -
obs-17810 99.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.741 Å / Origin y: 17.166 Å / Origin z: 24.886 Å
111213212223313233
T0.0126 Å2-0.0198 Å20.0036 Å2-0.0686 Å20.0058 Å2---0.0087 Å2
L0.1024 °2-0.0481 °20.016 °2-0.0236 °20.0096 °2--0.3085 °2
S-0.0457 Å °-0.0632 Å °-0.0072 Å °-0.0088 Å °0.0166 Å °0.0022 Å °-0.0057 Å °0.0019 Å °0.029 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A200 - 600
2X-RAY DIFFRACTION1B200 - 600
3X-RAY DIFFRACTION1C200 - 600
4X-RAY DIFFRACTION1D200 - 600
5X-RAY DIFFRACTION1E200 - 600
6X-RAY DIFFRACTION1F200 - 600
7X-RAY DIFFRACTION1G200 - 600
8X-RAY DIFFRACTION1H200 - 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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