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万見
- PDB-1yr1: Structure of the major extracytoplasmic domain of the trans isome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yr1
タイトルStructure of the major extracytoplasmic domain of the trans isomer of the bacterial cell division protein divib from geobacillus stearothermophilus
要素cell-division initiation protein
キーワードCELL CYCLE / cell-division initiation protein / DIVIB / FTSQ / DIVISOME
機能・相同性
機能・相同性情報


FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10960 / Cell division protein DivIB / : / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / POTRA domain / POTRA domain profile. / Rossmann fold ...Rossmann fold - #10960 / Cell division protein DivIB / : / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / POTRA domain / POTRA domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein DivIB
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics (CANDID, CYANA), simulated annealing (XPLOR)
データ登録者Robson, S.A. / King, G.F.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Domain architecture and structure of the bacterial cell division protein DivIB.
著者: Robson, S.A. / King, G.F.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1989
タイトル: Cloning and expression of a Bacillus subtilis division initiation gene for which a homolog has not been identified in another organism
著者: Harry, E.J. / Wake, R.G.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1989
タイトル: Nucleotide sequence and insertional inactivation of a Bacillus subtilis gene that affects cell division, sporulation, and temperature sensitivity.
著者: Beall, B. / Lutkenhaus, J.
#3: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1997
タイトル: DivIB, FtsZ and cell division in Bacillus subtilis.
著者: Rowland, S.L. / Katis, V.L. / Partridge, S.R. / Wake, R.G.
#4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1999
タイトル: Membrane-bound division proteins DivIB and DivIC of Bacillus subtilis function solely through their external domains in both vegetative and sporulation division.
著者: Katis, V.L. / Wake, R.G.
履歴
登録2005年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月16日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 999SEQUENCE DivIB fragment was subcloned as a translational fusion to the C-terminus of Schistosoma ...SEQUENCE DivIB fragment was subcloned as a translational fusion to the C-terminus of Schistosoma japonicum glutathione S-transferase. The gene sequence encoding this protein domain was cloned using chromosomal DNA from Geobacillus stearothermophilus. The sequence matches that of the corresponding domain of the DivIB ortholog from Geobacillus kaustophilus HTA426 (SWISS-PROT entry Q5L0X5_GEOKA).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cell-division initiation protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3651
ポリマ－13,3651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 60lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 cell-division initiation protein / divIB / FtsQ


分子量: 13365.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: divIB / プラスミド: pSAR19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5L0X5*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 13C-separated NOESY
1413D 15N-separated NOESY
151HNHA
161HNHB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM DivIB, 150 mM NaCl, 10 mM sodium phosphate, 10 micromolar EDTA, 10 micromolar 4-(2-aminoethyl)benzenesulfonyl flouride (AEBSF), 0.02% sodium azide, pH 6.0, 92.5% H2O, 7.5% D2O92.5% H2O, 7.5% D2O
21 mM DivIB, 150 mM NaCl, 10 mM sodium phosphate, 10 micromolar EDTA, 10 micromolar 4-(2-aminoethyl)benzenesulfonyl flouride (AEBSF), 0.02% sodium azide, pH 6.0, 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 0.16 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.2Frank Delaglio解析
XEASY1.3.13Tai-he Xia and Christian Bartelsデータ解析
CANDID1.1Peter Guntert構造決定
CYANA1.1Peter Guntert構造決定
XPLOR3.1Axel T. Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics (CANDID, CYANA), simulated annealing (XPLOR)
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2709 NOE-derived distance restraints, 82 restraints defining 41 hydrogen bonds, and 196 dihedral angle restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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