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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fqc | ||||||
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タイトル | Staphylococcus aureus dihydrofolate reductase complexed with NADPH and 2,4-diamino-5-[3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pent-1-ynyl]-6-methylpyrimidine (UCP115A) | ||||||
要素 | Trimethoprim-sensitive dihydrofolate reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-55V / Chem-NDP / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus RF122 (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Anderson, A.C. / Frey, K.M. / Liu, J. / Lombardo, M.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Crystal structures of wild-type and mutant methicillin-resistant Staphylococcus aureus dihydrofolate reductase reveal an alternate conformation of NADPH that may be linked to trimethoprim resistance. 著者: Frey, K.M. / Liu, J. / Lombardo, M.N. / Bolstad, D.B. / Wright, D.L. / Anderson, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fqc.cif.gz | 82.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fqc.ent.gz | 62.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fqc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fqc_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fqc_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3fqc_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fqc_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/3fqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/3fqc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18015.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus RF122 (黄色ブドウ球菌) 株: RF122 / ET3-1 / 遺伝子: dfrB, SAB1281c / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YY41, dihydrofolate reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.07 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15% PEG 10000, 150mM Sodium acetate, 100mM MES pH 6.5, 5% Butyrlactone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77.2 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0809 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→42.99 Å / Num. obs: 16818 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1212 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Sa F98Y DHFR bound to Folate and NADPH (Dale et al., J.Mol.Biol. 1997, structure not deposited in the PDB) 解像度: 2.35→42.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.831 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.345 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 309.36 Å2 / Biso mean: 47.163 Å2 / Biso min: 27.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
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