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万見
- EMDB-3944: BK polyomavirus + 20 mM GT1b oligosaccharide -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3944
タイトルBK polyomavirus + 20 mM GT1b oligosaccharide
マップデータBK polyomavirus in complex with GT1b oligosaccharide.
試料BK polyomavirus != Human polyomavirus 1

BK polyomavirus

  • ウイルス: Human polyomavirus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein VP2
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードPolyomavirus / Receptor / Complex / Glycan / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / T=7 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / T=7 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / viral capsid / host cell / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Polyomavirus coat protein VP2 / Polyomavirus coat protein / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP1 / Minor capsid protein VP2 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種BK polyomavirus (ウイルス) / Human polyomavirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hurdiss DL / Ranson NA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust102572/B/13/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: The Structure of an Infectious Human Polyomavirus and Its Interactions with Cellular Receptors.
著者: Daniel L Hurdiss / Martin Frank / Joseph S Snowden / Andrew Macdonald / Neil A Ranson /
要旨: BK polyomavirus (BKV) causes polyomavirus-associated nephropathy and hemorrhagic cystitis in immunosuppressed patients. These are diseases for which we currently have limited treatment options, but ...BK polyomavirus (BKV) causes polyomavirus-associated nephropathy and hemorrhagic cystitis in immunosuppressed patients. These are diseases for which we currently have limited treatment options, but potential therapies could include pre-transplant vaccination with a multivalent BKV vaccine or therapeutics which inhibit capsid assembly or block attachment and entry into target cells. A useful tool in such efforts would be a high-resolution structure of the infectious BKV virion and how this interacts with its full repertoire of cellular receptors. We present the 3.4-Å cryoelectron microscopy structure of native, infectious BKV in complex with the receptor fragment of GT1b ganglioside. We also present structural evidence that BKV can utilize glycosaminoglycans as attachment receptors. This work highlights features that underpin capsid stability and provides a platform for rational design and development of urgently needed pharmacological interventions for BKV-associated diseases.
履歴
登録2017年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2018年5月2日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.046
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.046
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6esb
  • 表面レベル: 0.046
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6esb
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3944.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BK polyomavirus in complex with GT1b oligosaccharide.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 600 pix.
= 639.06 Å		1.07 Å/pix.
x 600 pix.
= 639.06 Å		1.07 Å/pix.
x 600 pix.
= 639.06 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0651 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.046 / ムービー #1: 0.046
最小 - 最大-0.14084125 - 0.25638077
平均 (標準偏差)0.0017956675 (±0.013506392)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 639.06 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06511.06511.0651
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z639.060639.060639.060
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.1410.2560.002

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添付データ

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追加マップ: BK polyomavirus in complex with GT1b oligosaccharide (unsharpened...

ファイルemd_3944_additional.map
注釈BK polyomavirus in complex with GT1b oligosaccharide (unsharpened map).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BK polyomavirus

全体名称: BK polyomavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human polyomavirus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein VP2
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Human polyomavirus 1

超分子名称: Human polyomavirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 1891762 / 生物種: Human polyomavirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Icosahedron / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: BK polyomavirus (ウイルス)
分子量理論値: 40.053449 KDa
配列文字列: APTKRKGECP GAAPKKPKEP VQVPKLLIKG GVEVLEVKTG VDAITEVECF LNPEMGDPDE NLRGFSLKLS AENDFSSDSP ERKMLPCYS TARIPLPNLN EDLTCGNLLM WEAVTVQTEV IGITSMLNLH AGSQKVHEHG GGKPIQGSNF HFFAVGGDPL E MQGVLMNY ...文字列:
APTKRKGECP GAAPKKPKEP VQVPKLLIKG GVEVLEVKTG VDAITEVECF LNPEMGDPDE NLRGFSLKLS AENDFSSDSP ERKMLPCYS TARIPLPNLN EDLTCGNLLM WEAVTVQTEV IGITSMLNLH AGSQKVHEHG GGKPIQGSNF HFFAVGGDPL E MQGVLMNY RTKYPDGTIT PKNPTAQSQV MNTDHKAYLD KNNAYPVECW VPDPSRNENT RYFGTFTGGE NVPPVLHVTN TA TTVLLDE QGVGPLCKAD SLYVSAADIC GLFTNSSGTQ QWRGLARYFK IRLRKRSVKN PYPISFLLSD LINRRTQRVD GQP MYGMES QVEEVRVFDG TERLPGDPDM IRYIDKQGQL QTKML

UniProtKB: Capsid protein VP1

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分子 #2: Minor capsid protein VP2

分子名称: Minor capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: BK polyomavirus (ウイルス)
分子量理論値: 38.25273 KDa
配列文字列: GAALALLGDL VASVSEAAAA TGFSVAEIAA GEAAAAIEVQ IASLATVEGI TSTSEAIAAI GLTPQTYAVI AGAPGAIAGF AALIQTVSG ISSLAQVGYR FFSDWDHKVS TVGLYQQSGM ALELFNPDEY YDILFPGVNT FVNNIQYLDP RHWGPSLFAT I SQALWHVI ...文字列:
GAALALLGDL VASVSEAAAA TGFSVAEIAA GEAAAAIEVQ IASLATVEGI TSTSEAIAAI GLTPQTYAVI AGAPGAIAGF AALIQTVSG ISSLAQVGYR FFSDWDHKVS TVGLYQQSGM ALELFNPDEY YDILFPGVNT FVNNIQYLDP RHWGPSLFAT I SQALWHVI RDDIPSITSQ ELQRRTERFF RDSLARFLEE TTWTIVNAPI NFYNYIQQYY SDLSPIRPSM VRQVAEREGT RV HFGHTYS IDDADSIEEV TQRMDLRNQQ SVHSGEFIEK TIAPGGANQR TAPQWMLPLL LGLYGTVTPA LEAYEDGPNQ KKR RVSRGS SQKAKGTRAS AKTTNKRRSR SSRS

UniProtKB: Minor capsid protein VP2

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Sphere generated in SPIDER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40334
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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