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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3599 | |||||||||
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タイトル | Snake Adenovirus type 1 | |||||||||
マップデータ | Snake Adenovirus type 1 | |||||||||
試料 | Snake Adenovirus type 1 != Snake adenovirus 1 Snake Adenovirus type 1
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生物種 | Snake adenovirus 1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.9 Å | |||||||||
データ登録者 | San Martin C / Menendez-Conejero R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: Structure of a Reptilian Adenovirus Reveals a Phage Tailspike Fold Stabilizing a Vertebrate Virus Capsid. 著者: Rosa Menéndez-Conejero / Thanh H Nguyen / Abhimanyu K Singh / Gabriela N Condezo / Rachel E Marschang / Mark J van Raaij / Carmen San Martín / 要旨: Although non-human adenoviruses (AdVs) might offer solutions to problems posed by human AdVs as therapeutic vectors, little is known about their basic biology. In particular, there are no structural ...Although non-human adenoviruses (AdVs) might offer solutions to problems posed by human AdVs as therapeutic vectors, little is known about their basic biology. In particular, there are no structural studies on the complete virion of any AdV with a non-mammalian host. We combine mass spectrometry, cryo-electron microscopy, and protein crystallography to characterize the composition and structure of a snake AdV (SnAdV-1, Atadenovirus genus). SnAdV-1 particles contain the genus-specific proteins LH3, p32k, and LH2, a previously unrecognized structural component. Remarkably, the cementing protein LH3 has a trimeric β helix fold typical of bacteriophage host attachment proteins. The organization of minor coat proteins differs from that in human AdVs, correlating with higher thermostability in SnAdV-1. These findings add a new piece to the intriguing puzzle of virus evolution, hint at the use of cell entry pathways different from those in human AdVs, and will help development of new, thermostable SnAdV-1-based vectors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3599.map.gz | 232.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3599-v30.xml emd-3599.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3599_fsc.xml | 14.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3599.png | 156.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3599 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3599 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3599_validation.pdf.gz | 343.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3599_full_validation.pdf.gz | 342.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3599_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3599 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3599 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3599.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 259.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Snake Adenovirus type 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.75 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Snake Adenovirus type 1
全体 | 名称: Snake Adenovirus type 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Snake adenovirus 1
超分子 | 名称: Snake adenovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 189830 / 生物種: Snake adenovirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 940.0 Å / T番号(三角分割数): 25 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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グリッド | モデル: quantifoil / 材質: COPPER/RHODIUM / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 平均電子線量: 12.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 50000 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |