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- EMDB-3310: Cryo-EM structure of Ebola GP-Fab100-Fab114 ternary complex at pH 7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3310
タイトルCryo-EM structure of Ebola GP-Fab100-Fab114 ternary complex at pH 7.4
マップデータCryo-EM reconstruction of Ebola GP-Fab100-Fab114 ternary complex at pH 7.4
試料
  • 試料: Ebola GP binds to Fab Fragments of mAb100 and mAb114
  • タンパク質・ペプチド: Ebola virus glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: mAb100
  • タンパク質・ペプチド: mAb114
キーワードEbola virus neutralization antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Misasi J / Gilman M / Kanekiyo M / Gui M / Cagigi A / Mulangu S / Corti D / Ledgerwood J / Lanzavecchia A / Cunningham J ...Misasi J / Gilman M / Kanekiyo M / Gui M / Cagigi A / Mulangu S / Corti D / Ledgerwood J / Lanzavecchia A / Cunningham J / Muyembe-Tamfun J / Baxa U / Graham B / Xiang Y / Sullivan N / McLellan J
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Structural and molecular basis for Ebola virus neutralization by protective human antibodies.
著者: John Misasi / Morgan S A Gilman / Masaru Kanekiyo / Miao Gui / Alberto Cagigi / Sabue Mulangu / Davide Corti / Julie E Ledgerwood / Antonio Lanzavecchia / James Cunningham / Jean Jacques ...著者: John Misasi / Morgan S A Gilman / Masaru Kanekiyo / Miao Gui / Alberto Cagigi / Sabue Mulangu / Davide Corti / Julie E Ledgerwood / Antonio Lanzavecchia / James Cunningham / Jean Jacques Muyembe-Tamfun / Ulrich Baxa / Barney S Graham / Ye Xiang / Nancy J Sullivan / Jason S McLellan /
要旨: Ebola virus causes hemorrhagic fever with a high case fatality rate for which there is no approved therapy. Two human monoclonal antibodies, mAb100 and mAb114, in combination, protect nonhuman ...Ebola virus causes hemorrhagic fever with a high case fatality rate for which there is no approved therapy. Two human monoclonal antibodies, mAb100 and mAb114, in combination, protect nonhuman primates against all signs of Ebola virus disease, including viremia. Here, we demonstrate that mAb100 recognizes the base of the Ebola virus glycoprotein (GP) trimer, occludes access to the cathepsin-cleavage loop, and prevents the proteolytic cleavage of GP that is required for virus entry. We show that mAb114 interacts with the glycan cap and inner chalice of GP, remains associated after proteolytic removal of the glycan cap, and inhibits binding of cleaved GP to its receptor. These results define the basis of neutralization for two protective antibodies and may facilitate development of therapies and vaccines.
履歴
登録2016年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年2月24日-
マップ公開2016年3月2日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0232
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0232
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3310.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of Ebola GP-Fab100-Fab114 ternary complex at pH 7.4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 240 pix.
= 316.8 Å		1.32 Å/pix.
x 240 pix.
= 316.8 Å		1.32 Å/pix.
x 240 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0232 / ムービー #1: 0.0232
最小 - 最大-0.03626272 - 0.09304488
平均 (標準偏差)0.00045744 (±0.00424892)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 316.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.800316.800316.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0360.0930.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ebola GP binds to Fab Fragments of mAb100 and mAb114

全体名称: Ebola GP binds to Fab Fragments of mAb100 and mAb114
要素
  • 試料: Ebola GP binds to Fab Fragments of mAb100 and mAb114
  • タンパク質・ペプチド: Ebola virus glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: mAb100
  • タンパク質・ペプチド: mAb114

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超分子 #1000: Ebola GP binds to Fab Fragments of mAb100 and mAb114

超分子名称: Ebola GP binds to Fab Fragments of mAb100 and mAb114
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One trimer of Ebola GP binds to three fab fragments of mAb100 and three fab fragments of mAb114
Number unique components: 3
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: Ebola virus glycoprotein

分子名称: Ebola virus glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: GP / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス) / 株: Mayinga / 別称: Ebola virus
配列UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #2: mAb100

分子名称: mAb100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293Freestyle cells / 組換プラスミド: CMV/R type and VRC8400

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分子 #3: mAb114

分子名称: mAb114 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293Freestyle cells / 組換プラスミド: CMV/R type and VRC8400

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM HEPES, 150mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2015年3月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 8144
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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