PDB-6fah: Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fah

タイトル

Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-CoA reductase reaction

要素

(Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit ...) x 3

キーワード

FLAVOPROTEIN / Acetogenic bacteria / bioenergetics / flavin-based electron bifurcation / electron-transfer protein/acyl-CoA dehydrogenase / ferredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

caffeoyl-CoA reductase / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / FAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

Electron transfer flavoprotein, beta-subunit, conserved site / Electron transfer flavoprotein beta-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, C-terminal / Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain ...Electron transfer flavoprotein, beta-subunit, conserved site / Electron transfer flavoprotein beta-subunit signature. / Electron transfer flavoprotein, beta subunit / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, beta subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein domain / Electron transfer flavoprotein alpha subunit/FixB / Electron transfer flavoprotein, alpha/beta-subunit, N-terminal / Electron transfer flavoprotein, alpha subunit, C-terminal / Electron transfer flavoprotein FAD-binding domain / Electron transfer flavoprotein domain / 4Fe-4S dicluster domain / Acyl-CoA dehydrogenases signature 1. / 4Fe-4S dicluster domain / Acyl-CoA dehydrogenases signature 2. / Acyl-CoA dehydrogenase, conserved site / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / TPP-binding domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / HUPs / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Acetobacterium woodii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.133 Å

データ登録者

Demmer, J.K. / Bertsch, J. / Oeppinger, C. / Wohlers, H. / Kayastha, K. / Demmer, U. / Ermler, U. / Mueller, V.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-CoA reductase reaction.
著者: Demmer, J.K. / Bertsch, J. / Oppinger, C. / Wohlers, H. / Kayastha, K. / Demmer, U. / Ermler, U. / Muller, V.

履歴

登録	2017年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fah.cif.gz	790.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fah.ent.gz	661.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kpuS 4l1fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5z2c-d 7557 21256 3310 3311 6xez-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (5) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (5)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (4)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarE

B: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarD

C: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarC

D: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarC

E: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarE

F: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarD

ヘテロ分子

231 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarE

B: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarD

C: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarC

D: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarC

E: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarE

F: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarD

ヘテロ分子

A: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarE

B: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarD

C: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarC

D: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarC

E: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarE

F: Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarD

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
463 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	213.740, 144.260, 102.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit ... , 3種, 6分子 AEBFCD

#1: タンパク質	Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarE / Electron transfer flavoprotein large subunit / ETFLS / Electron transfer flavoprotein subunit alpha ...Electron transfer flavoprotein large subunit / ETFLS / Electron transfer flavoprotein subunit alpha / Alpha-ETF 分子量: 42530.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 1 FAD; 2 Fe-S clusters 由来: (天然) Acetobacterium woodii (strain ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1) (バクテリア) 株: ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1 / 参照: UniProt: H6LGM8, caffeoyl-CoA reductase
#2: タンパク質	Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarD / Electron transfer flavoprotein small subunit / ETFSS / Electron transfer flavoprotein subunit beta / Beta-ETF 分子量: 28265.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 1 FAD 由来: (天然) Acetobacterium woodii (strain ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1) (バクテリア) 株: ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1 / 参照: UniProt: H6LGM7, caffeoyl-CoA reductase
#3: タンパク質	Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit CarC / Caffeoyl-CoA reductase CarC / NADH-dependent caffeyl-CoA reduction 分子量: 41487.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 1 FAD 由来: (天然) Acetobacterium woodii (strain ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1) (バクテリア) 株: ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1 / 参照: UniProt: H6LGM6, caffeoyl-CoA reductase

-
非ポリマー , 3種, 17分子

#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.73 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, Tris/HCl, Lithium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 40990 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4KPU, 4L1F

4kpu

4l1f

解像度: 3.133→49.522 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2862	2057	5.05 %
R_work	0.2341	-	-
obs	0.2368	40730	75.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.133→49.522 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15591	0	385	0	15976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	16270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.897	22023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.263	10439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	2499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	2767

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.133-3.2058	0.8161	50	0.6149	808	X-RAY DIFFRACTION	24
3.2058-3.286	0.6287	47	0.4504	979	X-RAY DIFFRACTION	29
3.286-3.3748	0.4023	57	0.3615	1174	X-RAY DIFFRACTION	34
3.3748-3.4741	0.359	77	0.3508	1437	X-RAY DIFFRACTION	42
3.4741-3.5862	0.3349	104	0.324	1879	X-RAY DIFFRACTION	55
3.5862-3.7143	0.374	131	0.3273	2480	X-RAY DIFFRACTION	73
3.7143-3.863	0.3379	148	0.2893	2949	X-RAY DIFFRACTION	86
3.863-4.0387	0.3303	178	0.2638	3223	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0387-4.2516	0.2993	184	0.2395	3388	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2516-4.5178	0.2818	188	0.2238	3367	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5178-4.8663	0.2519	178	0.1995	3413	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8663-5.3555	0.2741	190	0.2072	3414	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3555-6.1292	0.279	191	0.2297	3394	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1292-7.7175	0.2864	161	0.2232	3391	X-RAY DIFFRACTION	98
7.7175-49.5283	0.2056	173	0.1769	3377	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7024	4.5147	-4.6619	9.3711	-1.5575	3.6383	-0.5628	-1.7892	2.6968	-1.6981	1.5451	-0.8774	-0.5707	1.67	-0.9533	1.9917	-0.1085	0.0798	1.5938	-0.4022	2.632	-25.5941	-119.2526	-34.2627
2	3.3479	2.5925	0.2746	5.0589	-0.9249	3.8897	2.4371	-3.5935	2.0435	6.2041	-0.9907	0.2959	-1.2852	1.4441	-1.45	4.3197	-0.4483	-0.2015	1.8444	-0.414	1.8991	-14.4061	-122.6428	-30.4861
3	7.8229	-4.4313	2.2973	2.949	-1.6403	0.9362	0.9912	1.5123	-2.3653	0.8136	-2.1466	2.7965	1.3941	-1.2191	1.0755	1.7908	-0.4398	0.168	2.5319	-1.2739	2.6263	-25.6145	-103.5015	-50.9461
4	7.9952	2.8949	-4.7846	8.1093	-0.4216	4.5578	-0.3456	0.0332	-1.2101	-0.893	-0.792	1.1893	-0.4747	-0.0768	1.0925	1.6074	-0.9107	0.0406	2.4569	-0.5661	1.5024	-39.7527	-90.1969	-53.1418
5	0.5085	-0.9453	0.1732	1.7547	-0.3219	0.0588	-0.3989	2.2689	-1.0382	-1.2493	0.2124	1.3346	0.1119	0.2938	0.1682	2.2086	-1.3051	0.1544	3.4453	-1.086	2.4265	-44.5738	-98.8521	-46.0556
6	1.6372	1.7157	0.7713	3.6634	0.5542	1.3239	-0.5264	0.9882	-1.0288	-0.9208	0.3989	-0.0864	0.4667	0.0692	-0.2477	0.8275	-0.9837	0.0102	1.8151	-0.227	1.4748	-34.2288	-83.1893	-39.0126
7	6.5525	2.4749	-0.2776	5.5137	-1.2371	4.1985	-0.0647	0.8234	-0.092	-0.4242	0.394	-0.4302	-0.0257	0.2687	-0.2316	0.9213	-0.6067	0.2363	0.9219	-0.2925	1.5741	-22.1361	-88.2119	-18.1347
8	8.7775	-7.4843	-6.6776	6.855	6.8143	7.7231	-0.4601	0.6195	-0.4138	0.7365	1.5308	-2.6892	1.7307	0.6006	-1.0301	1.3005	-0.2727	0.1091	0.8521	-0.3142	2.6898	-17.3405	-99.0162	-17.6438
9	3.0731	-3.5526	0.3018	6.7871	3.7694	7.0464	0.0249	-0.1485	0.4381	-1.8055	0.1549	-0.9646	-0.1582	0.2263	-0.1798	2.0466	-0.2602	0.5475	1.9049	-1.3872	3.4774	-21.3018	-102.0569	-29.3565
10	1.9176	1.0917	0.5525	4.4613	-2.3731	2.5319	-0.5233	0.8921	-0.3516	-1.1668	0.9255	0.1481	1.0643	-0.2834	-0.3981	1.4568	-0.751	0.3442	1.2292	-0.3869	2.0887	-29.8498	-98.7369	-25.7848
11	3.6806	-3.2021	0.7051	3.3202	1.0519	5.3221	0.4459	-1.6054	-0.0013	0.9134	-1.0405	1.1635	0.7165	-1.2596	0.6055	1.1006	-0.7378	0.0684	1.6731	-0.504	2.038	-44.579	-95.2951	-18.4176
12	0.5331	-0.1489	0.2073	0.1192	0.1567	0.6679	0.0831	0.0428	-0.1933	0.0416	-0.0157	0.0979	0.2462	-0.1152	-0.0056	0.8644	-0.7378	-0.0327	1.1118	-0.0376	1.715	-39.3537	-90.0491	-23.0304
13	6.06	-3.8653	-4.4917	6.1437	1.9649	3.9378	-0.4372	1.3096	-2.4048	1.2865	-0.9643	-0.987	2.1287	-0.8129	1.4047	1.3124	-0.3138	0.1695	0.9493	-0.2598	2.7671	-16.4504	-99.3854	-11.2145
14	3.1413	-3.8286	0.3484	6.4885	-2.2101	2.3308	0.7602	1.4207	-1.4296	0.3657	-2.0774	-0.1241	0.1348	1.2398	1.3226	1.1475	-0.591	0.5051	2.6885	-0.7069	2.5178	-13.0395	-94.4391	-38.7121
15	5.2002	-3.6251	-2.6425	5.8415	1.1521	1.4846	-0.1023	1.6094	0.4393	-0.2904	-0.5816	-0.108	-0.2266	-0.2995	0.6687	1.1449	-0.7577	-0.291	2.6884	0.0251	1.1602	-29.2415	-58.9368	-48.5341
16	9.6457	-7.1617	6.9645	8.6825	-3.7399	6.1623	1.5983	0.5558	-3.1226	-2.1296	-0.4231	2.1865	1.3066	0.3786	-1.1529	1.85	0.1003	-0.1583	1.1944	-0.1468	2.2044	-25.6811	20.9966	34.627
17	5.2561	-4.2083	-3.5327	5.8792	4.0124	2.9327	0.8843	1.4501	-2.615	-4.06	-1.1621	1.8373	2.539	0.4276	0.2802	3.282	-0.0485	0.2124	1.2576	-0.576	2.6908	-14.6992	25.1618	31.0006
18	4.1812	5.488	1.5966	8.0226	0.8846	2.3914	0.5016	-2.0927	1.3173	-1.009	-1.0199	1.133	-2.0534	-1.2852	0.4987	1.8274	0.6845	0.3114	2.2918	-0.4499	1.6381	-26.2319	5.2758	50.6584
19	8.63	1.8554	2.9509	2.2544	0.6428	6.4362	-0.6977	-0.4748	0.4464	-0.3237	0.0609	0.6117	-0.993	-0.8366	0.6033	1.5026	0.8813	0.0197	2.097	0.6188	1.251	-39.5389	-11.7313	49.6223
20	5.4436	4.0782	-1.5666	3.9934	1.3542	7.2616	0.7994	-0.949	-0.7756	1.795	-0.1032	-0.851	1.5563	0.7998	-0.7306	2.0405	0.9616	0.0628	2.2534	0.2063	1.2305	-40.9347	-4.8181	55.1197
21	7.045	-1.4545	4.7456	9.39	-3.2261	5.1392	0.0494	-1.9977	0.2571	0.7734	0.1275	1.3187	1.5074	2.1005	-0.1741	1.6714	1.1056	0.4281	3.0224	0.028	1.7017	-45.4658	0.4588	46.0224
22	1.2267	-0.536	-0.0971	2.5472	0.4432	0.6139	-0.2431	-0.4795	0.6605	0.5561	0.3782	0.1841	-0.4053	-0.2439	0.067	0.8586	1.0407	0.1689	1.4337	0.4752	1.1051	-34.4156	-14.5768	39.0679
23	3.6856	0.66	-0.1158	3.4237	0.8185	3.1439	0.2713	-0.2181	-0.1367	-0.0088	0.1338	-0.4205	0.3207	0.2648	-0.074	0.7229	0.5978	0.0523	0.5739	0.3217	1.1347	-22.1884	-9.3324	18.1375
24	5.0631	3.1569	3.6352	5.3577	4.4554	5.9588	0.4492	-0.3348	0.5578	-0.9713	0.1447	-1.4961	-0.7932	-0.2957	-0.5012	1.1024	0.2794	0.1973	0.6539	0.2501	1.9921	-17.6844	1.2379	17.6799
25	9.1074	4.2092	-3.483	8.278	-1.6074	1.332	0.7317	-0.9375	2.6036	-0.8048	0.1941	0.6735	-2.0981	-0.3239	-0.9181	1.5366	0.0383	0.5339	0.8082	-0.2528	1.9062	-21.6079	4.1764	29.4876
26	2.281	-1.1145	-0.0941	1.2633	0.0623	1.0672	0.031	0.0244	0.5403	-0.0363	0.0155	-0.247	-0.5252	-0.1308	-0.009	1.1575	0.7459	0.1508	1.1105	0.3084	1.3614	-30.0494	0.8838	25.7088
27	7.483	-0.1297	0.0194	8.1684	4.646	2.6439	0.0022	0.2276	0.3247	-0.9868	-0.5232	1.8322	-0.4986	-0.2382	0.5203	1.1779	0.8034	0.1505	1.7222	0.5355	1.6913	-44.8201	-2.7066	18.7864
28	0.3602	0.1703	-0.4513	0.096	-0.1762	0.7381	-0.0349	-0.0206	0.2882	-0.0274	0.0006	0.0944	-0.1679	-0.1689	0.0892	0.7739	0.7103	0.0552	0.9311	0.3575	1.3355	-39.5265	-7.7471	23.0371
29	4.8246	2.4053	3.0356	2.9321	4.6635	7.6261	-0.419	-0.5373	1.9256	-1.0659	0.1993	-1.0474	-2.6682	-0.7301	0.2207	1.4533	0.3784	0.0345	0.6945	0.2407	2.0774	-16.59	1.6342	11.2725
30	5.2685	-3.6184	3.586	3.8264	-3.4439	4.2825	0.7805	-1.0758	1.5909	-2.3686	-2.7988	-2.4877	0.1655	0.3052	2.0305	1.2037	0.6335	0.0387	1.9796	0.3015	1.4501	-13.3994	-3.0487	38.479
31	3.2003	3.6113	-0.2179	6.311	-0.7356	5.4445	0.6712	-1.1478	0.1972	0.6927	-0.5006	0.4065	-0.0664	0.2153	-0.1776	1.1619	0.706	0.3333	2.3388	0.4263	0.8584	-28.7049	-38.3396	49.0116
32	5.5763	0.638	-1.2051	3.4348	-0.9282	1.4261	0.0997	-0.0427	0.6765	0.2277	0.3038	-0.2771	-0.2435	-0.2258	-0.2531	0.7175	0.267	0.1284	0.392	0.272	0.8592	-15.1737	-18.7992	6.039
33	2.8148	-1.597	2.6318	4.1832	-1.5488	3.9768	-0.1607	-0.1853	-0.0017	-0.1524	0.1252	0.4336	-0.3011	-0.3614	0.0342	0.2936	0.2748	0.0346	0.7837	0.5451	0.6272	-33.0573	-30.1567	2.2563
34	0.2041	-0.145	0.3598	0.2219	0.189	2.1813	-0.0976	0.3221	0.4047	-0.4534	0.0427	0.2274	-0.6165	-0.1738	0.2249	0.5636	0.242	-0.0903	0.5905	0.794	0.7307	-20.3418	-22.3051	-6.2028
35	0.0737	-0.2916	0.143	1.9379	0.8508	2.4725	-0.0508	0.2769	0.3006	-0.4284	0.0309	0.185	-0.8077	-0.3116	-0.1346	0.5519	-0.1164	-0.251	1.0642	0.9651	0.8448	-27.3343	-28.5173	-23.247
36	0.6686	-0.7617	1.3519	3.1062	-2.16	4.8319	-0.0416	0.2318	0.1158	-0.071	-0.1271	-0.2222	0.0069	0.3917	0.239	0.476	-0	-0.1137	0.9105	0.6398	0.5345	-24.7204	-30.3353	-29.4199
37	0.4295	-0.0451	-0.5248	0.5731	-0.0273	1.9036	0.0113	0.3837	0.3747	-0.2767	0.1394	0.0992	-0.367	-0.1361	-0.2086	0.3933	-0.3713	-0.1672	1.0002	0.7523	0.7222	-29.3025	-33.8511	-21.942
38	1.2111	-0.2796	0.0684	1.6352	-0.5211	1.1465	-0.0775	0.0803	0.4076	0.0031	0.4839	0.0067	-0.1612	-0.0398	0.5393	-0.0795	0.4755	-0.0758	0.1402	0.3528	0.2832	-9.3392	-35.8572	2.7217
39	0.2483	0.0511	-0.2986	0.0842	-0.0941	0.7213	0.0164	0.1423	0.0735	-0.1032	0.2834	0.2816	-0.1764	-0.3149	0.237	0.1457	0.0727	-0.1933	0.4302	0.6203	0.4286	-13.503	-40.9017	-5.5158
40	2.6593	-0.2171	0.2681	5.2986	0.2644	1.589	-0.1155	0.0828	-0.3635	0.2548	-0.0111	-0.4021	0.4109	0.0054	0.093	0.9237	-0.316	-0.0758	0.2953	-0.0265	1.1072	-15.8798	-78.75	-5.955
41	4.5549	2.191	-2.4051	7.2521	-0.1206	5.2706	-0.3197	0.4031	0.388	0.0916	0.4712	1.2366	0.4431	-0.7049	-0.2052	0.3298	-0.1503	-0.047	0.6723	0.4793	0.8632	-33.062	-67.3989	-1.868
42	1.3956	0.2505	-0.5784	3.4099	0.361	3.3552	-0.0723	-0.3299	-0.5485	0.461	0.0035	-0.0386	0.9581	-0.2805	0.2526	0.4788	-0.1823	0.0806	0.2863	0.3609	0.8643	-20.2055	-75.2262	4.273
43	-0.0076	0.0403	-0.0099	1.4974	-0.9842	1.8433	-0.0254	-0.2183	-0.3138	0.3806	-0.014	0.0708	0.7784	-0.0321	-0.3519	0.7195	0.2171	0.1785	0.7624	0.9921	0.8525	-25.6878	-69.1468	24.883
44	0.0851	0.2309	0.2712	1.0015	0.1078	2.164	0.0621	-0.248	-0.2819	0.4286	0.0904	0.0228	0.5569	-0.1076	-0.2115	0.4603	0.2517	0.0793	0.7566	0.7861	0.768	-28.9153	-63.832	22.3371
45	1.1981	0.1679	-0.1109	1.8906	-0.5187	1.6181	-0.1992	0.0096	-0.5451	0.1807	0.2981	-0.1304	0.2408	0.0636	0.2095	-0.1106	-0.346	-0.1286	0.1253	0.215	0.4015	-9.3735	-61.6858	-2.6032
46	1.3218	0.5186	0.5296	1.0695	-0.0664	1.7492	0.0268	-0.1172	-0.2302	0.0469	0.192	0.2339	0.381	-0.2417	-0.1931	0.0734	0.0675	0.0053	0.2989	0.377	0.4643	-13.421	-56.7739	5.6655

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'E' and (resid 12 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'E' and (resid 43 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 60 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 77 through 123 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 124 through 142 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 143 through 329 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'F' and (resid 1 through 75 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'F' and (resid 76 through 93 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'F' and (resid 94 through 105 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'F' and (resid 106 through 144 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 145 through 158 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 159 through 187 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 188 through 213 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 214 through 231 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 232 through 256 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 12 through 42 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 43 through 59 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 60 through 76 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 77 through 96 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 97 through 123 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and (resid 124 through 142 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and (resid 143 through 329 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 1 through 75 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 76 through 93 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 94 through 105 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 106 through 144 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and (resid 145 through 158 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and (resid 159 through 187 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'B' and (resid 188 through 213 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and (resid 214 through 231 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'B' and (resid 232 through 256 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'C' and (resid 1 through 20 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'C' and (resid 21 through 47 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'C' and (resid 48 through 99 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'C' and (resid 100 through 163 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'C' and (resid 164 through 191 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'C' and (resid 192 through 229 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'C' and (resid 230 through 341 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'C' and (resid 342 through 378 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'D' and (resid 1 through 20 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'D' and (resid 21 through 47 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'D' and (resid 48 through 90 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'D' and (resid 91 through 191 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'D' and (resid 192 through 229 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'D' and (resid 230 through 341 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'D' and (resid 342 through 378 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit ... , 3種, 6分子 AEBFCD

-
非ポリマー , 3種, 17分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit ... , 3種, 6分子 AEBFCD

-非ポリマー , 3種, 17分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit ... , 3種, 6分子 AEBFCD

-
非ポリマー , 3種, 17分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)