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Yorodumi- PDB-6fah: Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6fah | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-CoA reductase reaction | ||||||
Components | (Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit ...) x 3 | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / Acetogenic bacteria / bioenergetics / flavin-based electron bifurcation / electron-transfer protein/acyl-CoA dehydrogenase / ferredoxin | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationcaffeoyl-CoA reductase / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / FAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Acetobacterium woodii (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.133 Å | ||||||
Authors | Demmer, J.K. / Bertsch, J. / Oeppinger, C. / Wohlers, H. / Kayastha, K. / Demmer, U. / Ermler, U. / Mueller, V. | ||||||
| Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: FEBS Lett. / Year: 2018Title: Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-CoA reductase reaction. Authors: Demmer, J.K. / Bertsch, J. / Oppinger, C. / Wohlers, H. / Kayastha, K. / Demmer, U. / Ermler, U. / Muller, V. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6fah.cif.gz | 790.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6fah.ent.gz | 661.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6fah.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6fah_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6fah_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
| Data in XML | 6fah_validation.xml.gz | 91.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 6fah_validation.cif.gz | 115.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fah | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Caffeyl-CoA reductase-Etf complex subunit ... , 3 types, 6 molecules AEBFCD
| #1: Protein | Mass: 42530.805 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: 1 FAD; 2 Fe-S clusters Source: (natural) Acetobacterium woodii (strain ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1) (bacteria)Strain: ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1 / References: UniProt: H6LGM8, caffeoyl-CoA reductase #2: Protein | Mass: 28265.518 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: 1 FAD Source: (natural) Acetobacterium woodii (strain ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1) (bacteria)Strain: ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1 / References: UniProt: H6LGM7, caffeoyl-CoA reductase #3: Protein | Mass: 41487.980 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: 1 FAD Source: (natural) Acetobacterium woodii (strain ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1) (bacteria)Strain: ATCC 29683 / DSM 1030 / JCM 2381 / KCTC 1655 / WB1 / References: UniProt: H6LGM6, caffeoyl-CoA reductase |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 17 molecules 




| #4: Chemical | ChemComp-FAD / #5: Chemical | ChemComp-SF4 / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.49 Å3/Da / Density % sol: 64.73 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: PEG 4000, Tris/HCl, Lithium sulphate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: 100 |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 40990 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.3 % / Net I/σ(I): 8.1 |
| Reflection shell | Resolution: 3→3.1 Å |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4KPU, 4L1F Resolution: 3.133→49.522 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.21
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.133→49.522 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Acetobacterium woodii (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Germany, 1items
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