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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32463 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Right PSI in the cyclic electron transfer supercomplex NDH-PSI from Arabidopsis | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem I antenna complex / photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast stromal thylakoid / chloroplast photosystem I / response to low light intensity stimulus / pigment binding / chloroplast membrane / response to high light intensity / plastoglobule ...photosystem I antenna complex / photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast stromal thylakoid / chloroplast photosystem I / response to low light intensity stimulus / pigment binding / chloroplast membrane / response to high light intensity / plastoglobule / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / thale cress (シロイヌナズナ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Pan XW / Li M | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Mol Plant / 年: 2022 タイトル: Supramolecular assembly of chloroplast NADH dehydrogenase-like complex with photosystem I from Arabidopsis thaliana. 著者: Xiaodong Su / Duanfang Cao / Xiaowei Pan / Lifang Shi / Zhenfeng Liu / Luca Dall'Osto / Roberto Bassi / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane- ...Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane-embedded NADH dehydrogenase-like (NDH) complex that contains at least 29 protein subunits and associates with photosystem I (PSI) to form the NDH-PSI supercomplex. Here, we report the 3.9 Å resolution structure of the Arabidopsis thaliana NDH-PSI (AtNDH-PSI) supercomplex. We constructed structural models for 26 AtNDH subunits, among which 11 are unique to chloroplasts and stabilize the core part of the NDH complex. In the supercomplex, one NDH can bind up to two PSI-light-harvesting complex I (PSI-LHCI) complexes at both sides of its membrane arm. Two minor LHCIs, Lhca5 and Lhca6, each present in one PSI-LHCI, interact with NDH and contribute to supercomplex formation and stabilization. Collectively, our study reveals the structural details of the AtNDH-PSI supercomplex assembly and provides a molecular basis for further investigation of the regulatory mechanism of CEF in plants. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32463.map.gz | 226.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32463-v30.xml emd-32463.xml | 29.9 KB 29.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32463.png | 50.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32463 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32463 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32463_validation.pdf.gz | 498.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32463_full_validation.pdf.gz | 498.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32463_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32463_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32463 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32463 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32463.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : PSI complex in the NDH-PSI supercomplex of Arabidopsis
+超分子 #1: PSI complex in the NDH-PSI supercomplex of Arabidopsis
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II-2, chloroplastic
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VI-2, chloroplastic
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
+分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein 6, chloroplastic
+分子 #14: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 2, chloroplastic
+分子 #15: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 3-1, chloroplastic
+分子 #16: Photosystem I chlorophyll a/b-binding protein 5, chloroplastic
+分子 #17: CHLOROPHYLL A
+分子 #18: PHYLLOQUINONE
+分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #20: BETA-CAROTENE
+分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #22: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #23: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #24: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #25: CHLOROPHYLL B
+分子 #26: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #27: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
+分子 #28: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136022 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |