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- PDB-5zji: Structure of photosystem I supercomplex with light-harvesting com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zji
タイトルStructure of photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 5
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 10
  • 16kDa membrane protein
  • Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
  • photosystem I subunit VII
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Photosystem / Antenna / Supercomplex / State transition
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II ...thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain ...Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Single helix bin / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / PHYLLOQUINONE ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit IV A / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / 16kDa membrane protein / Photosystem I reaction center subunit III / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
Zea mays subsp. mays (トウモロコシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pan, X.W. / Ma, J. / Su, X.D. / Cao, P. / Liu, Z.F. / Zhang, X.Z. / Li, M.
資金援助 中国, 10件
組織認可番号国
the National Key R&D Program of China2017YFA0503702 中国
the National Key R&D Program of China2017YFA0504700 中国
the National Key R&D Program of China2016YFA0502900 中国
the Strategic Priority Research Program of CASXDB08020302 中国
the Strategic Priority Research Program of CASXDB08030204 中国
the Key Research Program of Frontier Sciences of CASQYZDB-SSW-SMC005 中国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
National Natural Science Foundation of China31700649 中国
National Natural Science Foundation of China31600609 中国
National Thousand (Young) Talents Program 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the maize photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II.
著者: Xiaowei Pan / Jun Ma / Xiaodong Su / Peng Cao / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light- ...Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light-harvesting complex II (LHCII), is phosphorylated and forms a supercomplex with PSI core and the PSI antenna, light-harvesting complex I (LHCI). Both LHCI and LHCII then transfer excitation energy to the PSI core. We report the structure of maize PSI-LHCI-LHCII solved by cryo-electron microscopy, revealing the recognition site between LHCII and PSI. The PSI subunits PsaN and PsaO are observed at the PSI-LHCI interface and the PSI-LHCII interface, respectively. Each subunit relays excitation to PSI core through a pair of chlorophyll molecules, thus revealing previously unseen paths for energy transfer between the antennas and the PSI core.
履歴
登録2018年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年6月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年6月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年6月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年6月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年6月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年6月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02018年6月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_validate_chiral
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 2.02025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Database references / Experimental summary / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 2.12025年7月2日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6932
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: photosystem I subunit VII
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV A
F: Photosystem I reaction center subunit III
G: Photosystem I reaction center subunit V
H: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit psaK
L: Photosystem I reaction center subunit XI
O: 16kDa membrane protein
N: Photosystem I reaction center subunit N
X: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
Y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Z: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)747,990292
ポリマ－526,26521
非ポリマー221,725271
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area383070 Å2
ΔGint-3480 kcal/mol
Surface area141810 Å2

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要素

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Chlorophyll a-b binding protein, ... , 5種, 5分子 1234Y

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 26335.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6SSN3
#2: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 29237.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6T892
#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 29011.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6SUC4
#4: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 27406.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6SZR1
#20: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / photosystem II light harvesting complex gene 2.1


分子量: 24780.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6T1H1, UniProt: B6SZT9*PLUS

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#5: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 83193.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: P04966, photosystem I
#6: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82648.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays subsp. mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: A0A059Q6U2, photosystem I

-
タンパク質 , 3種, 4分子 COXZ

#7: タンパク質 photosystem I subunit VII


分子量: 8909.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays subsp. mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: A0A172FJJ4*PLUS
#17: タンパク質 16kDa membrane protein


分子量: 14381.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6SQZ7
#19: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / LHCII type I CAB-1 / LHCP


分子量: 24879.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: P12329

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 10種, 10分子 DEFGHIJKLN

#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit II-1 chloroplastic


分子量: 21603.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B4FAW3
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV A


分子量: 14429.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: A0A1D6HY75
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III


分子量: 23833.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6SRI3
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V


分子量: 15329.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6U534
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / PSI-H / Light-harvesting complex I 11 kDa protein


分子量: 14948.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: O65101
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 4029.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: P30980
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4747.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: P62596
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit psaK / Photosystem I reaction center6


分子量: 13668.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6TR16
#16: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI


分子量: 22347.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6STT2
#18: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit N


分子量: 15663.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: B6TXS5

-
糖 , 2種, 4分子

#31: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#32: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 11種, 267分子

#21: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#24: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#25: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#26: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#28: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#29: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#30: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#33: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Supercomplex of plant PSI-LHCI-LHCII from Zea Mays / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 635845 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01147570
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.17467792
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.8722073
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0925767
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0098965

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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