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- EMDB-31595: Cryo-EM structure of the hedgehog release protein Disp from water... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31595
タイトルCryo-EM structure of the hedgehog release protein Disp from water bear (Hypsibius dujardini)
マップデータ
試料
  • 複合体: Dispatched
    • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched-like protein 1
キーワードcryo-EM / Dispatched / Hedgehog release / Hedgehog signaling / membrane protein / setrol sensing domain / water bear
機能・相同性Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / Protein dispatched-like protein 1
機能・相同性情報
生物種Hypsibius dujardini (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Luo Y / Wan G
資金援助 中国, 6件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37020204 中国
Chinese Academy of SciencesXDB19020100 中国
Chinese Academy of SciencesQYZDB SSW SMC037 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870726 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31630047 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31771610 中国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Architecture of Dispatched, a Transmembrane Protein Responsible for Hedgehog Release.
著者: Yitian Luo / Guoyue Wan / Xuan Zhou / Qiuwen Wang / Yunbin Zhang / Juan Bao / Yao Cong / Yun Zhao / Dianfan Li /
要旨: The evolutionarily conserved Hedgehog (Hh) signaling pathway is crucial for programmed cell differentiation and proliferation. Dispatched (Disp) is a 12-transmembrane protein that plays a critical ...The evolutionarily conserved Hedgehog (Hh) signaling pathway is crucial for programmed cell differentiation and proliferation. Dispatched (Disp) is a 12-transmembrane protein that plays a critical role in the Hedgehog (Hh) signaling pathway by releasing the dually lipidated ligand HhN from the membrane, a prerequisite step to the downstream signaling cascade. In this study, we focus on the Disp from water bear, a primitive animal known as the most indestructible on Earth. Using a zebrafish model, we show that the water bear homolog possesses the function of Disp. We have solved its structure to a 6.5-Å resolution using single-particle cryogenic electron microscopy. Consistent with the evolutional conservation of the pathway, the water bear Disp structure is overall similar to the previously reported structures of the fruit fly and human homologs. Although not revealing much detail at this resolution, the water bear Disp shows a different conformation compared to published structures, suggesting that they represent different functional snapshots.
履歴
登録2021年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月8日-
マップ公開2021年9月8日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7fif
  • 表面レベル: 0.023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31595.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31595.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.023
最小 - 最大-0.056659244 - 0.08685326
平均 (標準偏差)0.00023536137 (±0.002803333)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z208208208
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000208.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-40-113-15
NX/NY/NZ10616274
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS208208208
D min/max/mean-0.0570.0870.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_31595_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_31595_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dispatched

全体名称: Dispatched
要素
  • 複合体: Dispatched
    • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched-like protein 1

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超分子 #1: Dispatched

超分子名称: Dispatched / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Hypsibius dujardini (無脊椎動物)
分子量理論値: 130 kDa/nm

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分子 #1: Protein dispatched-like protein 1

分子名称: Protein dispatched-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hypsibius dujardini (無脊椎動物)
分子量理論値: 124.943414 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSHHHHHHH HHHHHGSPRQ LVRRRKKTVM QRYAHFLAHH PFLILTLTFC ANIVLLLVIV CTDSLPAFDD PQAGFEPRGS LINQRAQAW RNFLERDGVV QPSTRRKATT TKPVAARQNA PVQEIGTGLR NSTVKENVFS SSGMASLGPI TQPRGFFCSR P LLGHAKLI ...文字列:
MGSHHHHHHH HHHHHGSPRQ LVRRRKKTVM QRYAHFLAHH PFLILTLTFC ANIVLLLVIV CTDSLPAFDD PQAGFEPRGS LINQRAQAW RNFLERDGVV QPSTRRKATT TKPVAARQNA PVQEIGTGLR NSTVKENVFS SSGMASLGPI TQPRGFFCSR P LLGHAKLI LRRKDAGNLL NLEGIRELCQ LDADIRRLDE FQSCSEESAD TGRLCRTWNL PNYVAVLAGK TSCHQLEEHD IR NVLNLTA TCLPFYRSGQ LKADCSTSED DGKTMQEDTI TCPGVPTDCI KDSSIYHLLY FISDKESRET GYSSMKHTLA VLP VWSSPA ALPLYRALQW GNFTRPDDDG PIQVIGMEMG LGDRLFNTAL LEDTLYVGVA AGVVVVVLWL YTGSLFVTLM NLMA IFFSL VVSYFLYVFV FRLTFFPFMN LLTCVIIVAI GADALVIFAR LWHLAKTEKD DGRFEKVVHA TFRHAAQAIL VSSLT ASAA LFSDIVNPII AIRCFSIFAG LTVLVHLFFA VTWMPACFVV ADKWGSSVYV CTKSPVCRLL YRCRCLHSGL RQYCDY FRI FFEKLLPCLV IRLKWMWMAS FVLLTVGACV VVFVFPGLQL ASGRTFSLWN SGHPSEQYRL LKDRFAFEEN RNLNNNE KV SLHFVWGVLA LNQAALLDPT DTGITTMDGR FNMSDPLSQI WMLKFCADLR QQTFFDNSTQ SDNACYFDSF MLWMETGA C SGHSQFPYPP ATFIRCVHTF SNSFPQAKHF GPNFNSLHQI DSFVLRLQTS QLFSHSYTAM QQLHQHVDQW FTAALRTAP PSLQGAWFTG DFAFFDLQQS LISGTALSLI VSLFVAFLVL FFTTLNVGVS LIAITVIAGI MLATTAALVL MEWQLSVFES TIIGLAIGL SVDFTLHYAV SYCCAESYEE RELKTNIVIS EMASCVTMSA VTTFLAGALM IPSDILFYRQ LGLFIITVTA I SLLYATIF LPACLAVLGP QGAFLQFHYP SCRPLCCRPD PSKLVEKSMH SSAEFDTTYT TGGTYDHHRE TKQCFHQSIN QP YQGKALR SPSAAANNHH VVVISATPEQ PPKTHPALLL DVDPDLADEE TDSVGELGSV PTSRGPSRGT SLIGTLEVLF Q

UniProtKB: Protein dispatched-like protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
0.1 %C56H92O29digitonin
0.5 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5380 / 平均露光時間: 7.6 sec. / 平均電子線量: 60.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 62850
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 1
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 31425 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6tbu


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7fif:
Cryo-EM structure of the hedgehog release protein Disp from water bear (Hypsibius dujardini)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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