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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31537 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Thermostabilised full length human mGluR5-5M with orthosteric antagonist, LY341495 | ||||||||||||||||||
マップデータ | Post processed map from Relion, with a B-factor sharpening of -82 | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway ...A2A adenosine receptor binding / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / : / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein tyrosine kinase binding / learning / dendritic shaft / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / synapse organization / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of MAPK cascade / learning or memory / dendritic spine / glutamatergic synapse / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Vinothkumar KR / Cannone G / Lebon G | ||||||||||||||||||
資金援助 | インド, 英国, フランス, 5件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Agonists and allosteric modulators promote signaling from different metabotropic glutamate receptor 5 conformations. 著者: Chady Nasrallah / Giuseppe Cannone / Julie Briot / Karine Rottier / Alice E Berizzi / Chia-Ying Huang / Robert B Quast / Francois Hoh / Jean-Louis Banères / Fanny Malhaire / Ludovic Berto / ...著者: Chady Nasrallah / Giuseppe Cannone / Julie Briot / Karine Rottier / Alice E Berizzi / Chia-Ying Huang / Robert B Quast / Francois Hoh / Jean-Louis Banères / Fanny Malhaire / Ludovic Berto / Anaëlle Dumazer / Joan Font-Ingles / Xavier Gómez-Santacana / Juanlo Catena / Julie Kniazeff / Cyril Goudet / Amadeu Llebaria / Jean-Philippe Pin / Kutti R Vinothkumar / Guillaume Lebon / 要旨: Metabotropic glutamate receptors (mGluRs) are dimeric G-protein-coupled receptors activated by the main excitatory neurotransmitter, L-glutamate. mGluR activation by agonists binding in the venus ...Metabotropic glutamate receptors (mGluRs) are dimeric G-protein-coupled receptors activated by the main excitatory neurotransmitter, L-glutamate. mGluR activation by agonists binding in the venus flytrap domain is regulated by positive (PAM) or negative (NAM) allosteric modulators binding to the 7-transmembrane domain (7TM). We report the cryo-electron microscopy structures of fully inactive and intermediate-active conformations of mGlu receptor bound to an antagonist and a NAM or an agonist and a PAM, respectively, as well as the crystal structure of the 7TM bound to a photoswitchable NAM. The agonist induces a large movement between the subunits, bringing the 7TMs together and stabilizing a 7TM conformation structurally similar to the inactive state. Using functional approaches, we demonstrate that the PAM stabilizes a 7TM active conformation independent of the conformational changes induced by agonists, representing an alternative mode of mGlu activation. These findings provide a structural basis for different mGluR activation modes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31537.map.gz | 93.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31537-v30.xml emd-31537.xml | 27.7 KB 27.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31537_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31537.png | 44.1 KB | ||
その他 | emd_31537_additional_1.map.gz emd_31537_additional_2.map.gz emd_31537_half_map_1.map.gz emd_31537_half_map_2.map.gz | 92 MB 95 MB 79.3 MB 79.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31537 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31537 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31537_validation.pdf.gz | 766.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31537_full_validation.pdf.gz | 766.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31537_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31537_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31537 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31537 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31537.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post processed map from Relion, with a B-factor sharpening of -82 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Postprocessed map sharpened with a B factor of...
ファイル | emd_31537_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map sharpened with a B factor of -20, used in model building | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Postprocessed map sharpened with a B factor of...
ファイル | emd_31537_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessed map sharpened with a B factor of -164, used in model building | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: One of the half map from refinement
ファイル | emd_31537_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | One of the half map from refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: One of the half map from refinement
ファイル | emd_31537_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | One of the half map from refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human FL mGluR5-5M with orthosteric antagonist LY341495 and NAM MPEP
全体 | 名称: Human FL mGluR5-5M with orthosteric antagonist LY341495 and NAM MPEP |
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要素 |
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-超分子 #1: Human FL mGluR5-5M with orthosteric antagonist LY341495 and NAM MPEP
超分子 | 名称: Human FL mGluR5-5M with orthosteric antagonist LY341495 and NAM MPEP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S GnTI- |
分子量 | 理論値: 194 KDa |
-分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 5
分子 | 名称: Metabotropic glutamate receptor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 96.953977 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DYKDDDDKHH HHHHHHHHLE VLFQGPQSSE RRVVAHMPGD IIIGALFSVH HQPTVDKVHE RKCGAVREQY GIQRVEAMLH TLERINSDP TLLPNITLGC EIRDSCWHSA VALEQSIEFI RDSLISSEEE EGLVRCVDGS SSSFRSKKPI VGVIGPGSSS V AIQVQNLL ...文字列: DYKDDDDKHH HHHHHHHHLE VLFQGPQSSE RRVVAHMPGD IIIGALFSVH HQPTVDKVHE RKCGAVREQY GIQRVEAMLH TLERINSDP TLLPNITLGC EIRDSCWHSA VALEQSIEFI RDSLISSEEE EGLVRCVDGS SSSFRSKKPI VGVIGPGSSS V AIQVQNLL QLFNIPQIAY SATSMDLSDK TLFKYFMRVV PSDAQQARAM VDIVKRYNWT YVSAVHTEGN YGESGMEAFK DM SAKEGIC IAHSYKIYSN AGEQSFDKLL KKLTSHLPKA RVVACFCEGM TVRGLLMAMR RLGLAGEFLL LGSDGWADRY DVT DGYQRE AVGGITIKLQ SPDVKWFDDY YLKLRPETNL RNPWFQEFWQ HRFQCRLEGF PQENSKYNKT CNSSLTLKTH HVQD SKMGF VINAIYSMAY GLHNMQMSLC PGYAGLCDAM KPIDGRKLLE SLMKTAFTGV SGDTILFDEN GDSPGRYEIM NFKEM GKDY FDYINVGSWD NGELKMDDDE VWSKKSNIIR SVCSEPCEKG QIKVIRKGEV SCCWTCTPCK ENEYVFDEYT CKACQL GSW PTDDLTGCDL IPVQYLRWGD PEPIAAVVFA CLGLLATLFV TVVFIIYRDT PVVKSSSREL CYIILAGICL GYLCTFC LI AKPKQIYCYL QRIGIGLSPA MSYSALVTKT NRIARILAGS KKKICTKKPR FMSACAQLVI AFILICIQLG IIVALFIM E PPDIMHDYPS IREVYLICNT TNLGVVAPLG YNGLLILACT FYAFKTRNVP ANFNEAKYIA FAMYTTCIIW LAFVPIYFG SNYKAITMCF SVSLSATVLL GCMFVPKVYI ILAKPERNVR SAFTTSTVVR MHVGDGKSSS AA |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #3: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine
分子 | 名称: 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: Z99 |
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分子量 | 理論値: 353.369 Da |
Chemical component information | ChemComp-Z99: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force was 10, 3.5 seconds blotting time. | |||||||||
詳細 | mGluR5 with orthosteric antagonist LY341495 and NAM (MPEP) purified in DDM/CHS |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV 詳細: Imaging was done in EFTEM mode. Images were collected using beam shift in a series of 3x3 holes before stage shift. Active beam tilt compensation was turned on during the acquisition. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16668 / 平均露光時間: 5.2 sec. / 平均電子線量: 49.9 e/Å2 詳細: Dose rate was 7.6 e/p/s. Total number of frames is 32 and each frame has a dose of 1.56 e/A2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 44500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |