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万見
- PDB-7p2l: thermostabilised 7TM domain of human mGlu5 receptor bound to phot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p2l
タイトルthermostabilised 7TM domain of human mGlu5 receptor bound to photoswitchable ligand alloswitch-1
要素Metabotropic glutamate receptor 5,Endolysin,Metabotropic glutamate receptor 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein coupled receptor / mGlu5 7TM / photoswitchable ligand / allosteric modulator
機能・相同性
機能・相同性情報


A2A adenosine receptor binding / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity ...A2A adenosine receptor binding / neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / Neurexins and neuroligins / astrocyte projection / protein tyrosine kinase activator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein tyrosine kinase binding / dendritic shaft / learning / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / synapse organization / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / cognition / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / dendritic spine / host cell cytoplasm / learning or memory / positive regulation of MAPK cascade / defense response to bacterium / neuronal cell body / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 5 / Metabotropic glutamate receptor, Homer-binding domain / Homer-binding domain of metabotropic glutamate receptor / GluR_Homer-bdg / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4YI / Endolysin / Metabotropic glutamate receptor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Huang, C.Y. / Vinothkumar, K.R. / Lebon, G.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)ATIP AVENIR フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE11-0019 フランス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Agonists and allosteric modulators promote signaling from different metabotropic glutamate receptor 5 conformations.
著者: Chady Nasrallah / Giuseppe Cannone / Julie Briot / Karine Rottier / Alice E Berizzi / Chia-Ying Huang / Robert B Quast / Francois Hoh / Jean-Louis Banères / Fanny Malhaire / Ludovic Berto / ...著者: Chady Nasrallah / Giuseppe Cannone / Julie Briot / Karine Rottier / Alice E Berizzi / Chia-Ying Huang / Robert B Quast / Francois Hoh / Jean-Louis Banères / Fanny Malhaire / Ludovic Berto / Anaëlle Dumazer / Joan Font-Ingles / Xavier Gómez-Santacana / Juanlo Catena / Julie Kniazeff / Cyril Goudet / Amadeu Llebaria / Jean-Philippe Pin / Kutti R Vinothkumar / Guillaume Lebon /
要旨: Metabotropic glutamate receptors (mGluRs) are dimeric G-protein-coupled receptors activated by the main excitatory neurotransmitter, L-glutamate. mGluR activation by agonists binding in the venus ...Metabotropic glutamate receptors (mGluRs) are dimeric G-protein-coupled receptors activated by the main excitatory neurotransmitter, L-glutamate. mGluR activation by agonists binding in the venus flytrap domain is regulated by positive (PAM) or negative (NAM) allosteric modulators binding to the 7-transmembrane domain (7TM). We report the cryo-electron microscopy structures of fully inactive and intermediate-active conformations of mGlu receptor bound to an antagonist and a NAM or an agonist and a PAM, respectively, as well as the crystal structure of the 7TM bound to a photoswitchable NAM. The agonist induces a large movement between the subunits, bringing the 7TMs together and stabilizing a 7TM conformation structurally similar to the inactive state. Using functional approaches, we demonstrate that the PAM stabilizes a 7TM active conformation independent of the conformational changes induced by agonists, representing an alternative mode of mGlu activation. These findings provide a structural basis for different mGluR activation modes.
履歴
登録2021年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 5,Endolysin,Metabotropic glutamate receptor 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2852
ポリマ－51,9181
非ポリマー3671
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.690, 43.400, 82.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 5,Endolysin,Metabotropic glutamate receptor 5 / mGluR5 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / mGluR5


分子量: 51918.055 Da / 分子数: 1 / 変異: E579A,N667Y,I669A,G675M,T742A,S753A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The macromolecule is a chimera of mGluR TMD and T4 lysozyme. The Uniprot ID of mGluR5 is P41594 and the T4 lysozyme if P00720. The lysozyme sequence is inserted between residue 678 and 679 of ...詳細: The macromolecule is a chimera of mGluR TMD and T4 lysozyme. The Uniprot ID of mGluR5 is P41594 and the T4 lysozyme if P00720. The lysozyme sequence is inserted between residue 678 and 679 of mGluR5. In the PDB, the lysozyme is numbered from 1002-1162 (Asn & Tyr). The gaps are between 680-688 and 721-728. Residues 644 & 733 form a disuphide bond. The lysozyme has also been engineered and has the following mutations. C54T (in PDB it is 1054) and C97T (in PDB it is 1097).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GRM5, GPRC1E, MGLUR5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41594, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-4YI / 2-chloranyl-~{N}-[2-methoxy-4-[(~{E})-pyridin-2-yldiazenyl]phenyl]benzamide


分子量: 366.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15ClN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.15-0.25 M ammonium phosphate dibasic, 22-24 % polyethylene glycol 400, either with 0.10 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.7-6.8 or 0.1 M HEPES pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→49.11 Å / Num. obs: 16595 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.66 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.253 / Net I/σ(I): 6.35
反射 シェル解像度: 2.54→2.61 Å / 冗長度: 9.3 % / Num. unique obs: 1184 / CC1/2: 0.51 / Rrim(I) all: 2.685 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XSCALEVERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200417データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSVERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200417データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4oo9

4oo9


解像度: 2.54→49.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 17.497 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.647 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2853 830 5 %RANDOM
Rwork0.2267 ---
obs0.2298 15764 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.46 Å2 / Biso mean: 69.807 Å2 / Biso min: 46.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.72 Å20 Å2-2.45 Å2
2--8.63 Å20 Å2
3----3.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3238 0 26 7 3271
Biso mean--57.46 60.09 -
残基数----414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0133332
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3061.6494520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1151.5767534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9365411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.43820.903144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73315567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1621521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02787
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.606 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 59 -
Rwork0.387 1117 -
all-1176 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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